oncPredict：药物反应模型和生物标记物发现

允许使用批量RNA-Seq和药物反应指标之间的筛选数据以及明尼苏达大学黄实验室开发的两个用于生物标记物发现的额外工具来构建药物反应模型。这个软件包有三个主要功能。（1） calcPhenotype用于在RNA-Seq数据上建立药物反应模型，并将其输入给模型的任何其他RNA-Seq数据集。（2） GLDS用于计算药物敏感性的总体水平，这可以提高生物标记物的发现。（3） IDWAS可以获取calcPhenotype的结果，并将输入的响应与可用的基因组（突变和CNV改变）联系起来，以识别生物标记物。每个函数都来自于黄研究实验室的一篇论文。下面给出了每个功能的相关文件。calcPhenotype-Geeleher等人，可以使用细胞系中的基线基因表达水平和体外药物敏感性来预测临床药物反应。GLDS-Geeleher等人，《癌症生物标记物发现》通过解释临床前模型中药物敏感性总体水平的变异性而得到改进。IDWAS-Geeleher等人，通过输入大型基因组学研究中癌症患者的药物反应，发现新的药物基因组生物标记物。

版本：	1.2
取决于：	R（≥4.1.0）
进口：	平行，脊,汽车,格尔姆奈特,请,特别行政区,预处理核心,基因组学特征,组织Hs.eg.db,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,潮韵诗,TCGA生物链接,生物遗传学,基因组范围,I范围,S4载体
建议：	针织物,rmarkdown公司,格达塔,基因过滤器,黑手党,读xl,测试那个(≥ 3.0.0)
出版：	2024-04-05
内政部：	10.32614/CRAN.package.onc预测
作者：	丹妮尔·梅瑟[aut]，罗伯特·格鲁纳[aut，cre]
维护人员：	罗伯特·格鲁纳（Robert Gruener）<rgruener at umn.edu>
错误报告：	https://github.com/HuangLabUMN/oncoPredict/issues
许可证：	GPL-2基因
网址：	https://github.com/HuangLabUMN/oncoPredict网站
需要编译：	不
材料：	自述文件
在视图中：	组学
CRAN检查：	onc预测结果

文档：

参考手册：	癌预测.pdf
渐晕图：	钙表型 中央电视台 全球导航卫星系统 多用途终端

下载内容：

包源：	oncPredict_1.2.tar.gz
Windows二进制文件：	r-devel公司：oncPredict_1.2.zip，r版本：oncPredict_1.2.zip，r-oldrel：oncPredict_1.2.zip
macOS二进制文件：	r-release（arm64）：不可用，r-oldrel（arm64）：oncPredict_0.2.tgz，r-release（x86_64）：不可用，r-oldrel（x86_ 64）：oncPredict_0.2.tgz
旧来源：	oncPredict存档

链接：

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