dowser:B细胞受体系统发育工具包

提供一组用于推断、可视化和分析B细胞系统发育树的功能。提供方法以1)重建未突变的祖先序列,2) 使用多种方法构建B细胞系统发育树,3) 在提示处使用元数据可视化树,4) 重建中间序列,5) 检测元数据类型之间的有偏祖先-从属关系文档网站上提供的工作流示例(请参阅URL)。引文:Hoehn等人(2022年)<doi:10.1371/journal.pcbi.1009885>,Hoehn等人(2021年)<doi:10.1101/2021.01.06.425648>.

版本: 2.2.0
取决于: R(≥4.0),ggplot2(≥ 3.4.0)
进口: 胡地(≥ 1.1.0),(≥ 5.6),生物串,数字播放器(≥ 1.0),ggtree(ggtree)、图形、,额外网格,降价、方法、,潘戈恩(≥2.7.1),叶状的,R彩色啤酒,爱尔兰航空公司,沙扎姆(≥1.1.1),统计,字符串,潮汐选择,第三年,实用程序
建议: 针织物,rmarkdown公司,测试那个,pwalling(pwallign)
出版: 2024-05-09
内政部: 10.32614/CRAN.包装.推送器
作者: 肯尼思·霍恩,科尔·延森,苏珊娜·马尔克斯,杰森·范德·海登,史蒂文·克莱恩斯坦
维护人员: 肯尼思·霍恩(Kenneth Hoehn)<Kenneth.b.Hoehn at dartmouth.edu>
错误报告: https://bitbucket.org/kleinstein/dowser/issues
许可证: AGPL-3型
网址: https://dowser.readthedocs.io网站
需要编译:
引用: dowser引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: dowser结果

文档:

参考手册: 嫁妆.pdf
渐晕图: 构建世系树
离散性状分析
克隆生殖系的重建
可衡量的演变
绘制谱系树
快速启动
使用成对的重链和轻链数据构建树
重建中间序列

下载内容:

包源: 道瑟_2.2.0.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:嫁妆_2.2.0.zip,r版本:嫁妆_2.2.0.zip,r-oldrel:嫁妆_2.2.0.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):嫁妆_2.2.0.tgz,r-oldrel(arm64):嫁妆_2.2.0.tgz,r-release(x86_64):嫁妆_2.2.0.tgz,r-oldrel(x86_64):嫁妆_2.2.0.tgz
旧资料来源: dowser存档

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