主动路径:多变量Omics的综合路径丰富分析数据

在分子途径、生物过程和其他类型基因集的背景下分析多组学数据集的框架。该软件包使用p值合并来组合基因或蛋白质水平的信号,然后通过分级超几何测试来确定丰富的路径和过程。这种方法使研究人员能够在已知生物学和基因功能的背景下解释一系列组学数据集,并发现只有在组合多个数据集时才明显存在的关联。该软件包的第一个版本是以下出版物的一部分:多元Omics数据的综合路径丰富分析。Paczkowska M^、Barenboim J^、Sintupisut N、Fox NS、Zhu H、Abd-Rabbo D、Mee MW、Boutros PC、PCAWG驱动程序和功能解释工作组;Reimand J,PCAWG财团。自然通信(2020)<doi:10.1038/s41467-019-13983-9>.

版本: 2.0.4
取决于: R(≥3.6)
进口: 数据表,ggplot2
建议: 测试那个,针织物,rmarkdown公司,RColorBrewer公司
出版: 2024-06-21
DOI(操作界面): 10.32614/CRAN.包装。活动路径
作者: 尤里·赖曼德〔aut,cre〕,乔纳森·巴伦博伊姆,Mykhaylo Slobodyanyuk[作者]
维护人员: 尤里·雷曼德(Juri Reimand)
错误报告: https://github.com/reimandlab/ActivePathways/issues
许可证: GPL-3公司
需要编译:
材料: 新闻
在视图中: 组学
CRAN检查: ActivePathways结果

文档:

参考手册: ActivePathways.pdf
渐晕图: 活动路径

下载内容:

包源: 活动路径_2.0.4.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:ActivePathways_2.0.4.zip,r版本:ActivePathways_2.0.4.zip,r-oldrel:ActivePathways_2.0.4.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):活动路径_2.0.4.tgz,r-oldrel(arm64):活动路径_2.0.4.tgz,r-release(x86_64):活动路径_2.0.4.tgz,r-oldrel(x86_64):活动路径_2.0.4.tgz
旧来源: ActivePathways存档

反向依赖关系:

反向进口: DEET公司,scapeGNN(图GNN)

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