whoa:基因型测序数据中基因分型错误的评估
这是一个小而轻的软件包,用户可以通过测序(GBS)数据来调查基因型在他们预期的(总的来说)Hardy-Weinberg平衡中的分布,以评估基因分型错误率以及这些错误率对阅读深度的依赖性。它使用“Rcpp”实现了马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)采样器,以计算限制相关摘要(RAD)测序数据和其他类型的简化表示GBS数据的杂合子误配率的贝叶斯估计。它还提供了生成预期和观察到的基因型频率图的功能。Hendricks等人(2018年)最近发表的一篇论文“保护和种群基因组数据分析的最新进展”中提供了有关这些主题的一些背景信息<doi:10.1111/eva.12659>另一篇描述MCMC方法的论文正在与Gordon Luikart和Thierry Gosselin共同编写中。
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