在CRAN上：
测量员（Windows）：
连体衣：
超连续_50
VcfR是一个R包，旨在方便操作和可视化可变调用格式（VCF）数据。提供了快速读取和写入VCF文件的功能。一旦VCF数据被读取到R中，解析器函数就从VCF数据中提取矩阵用于典型的R函数。这些信息可以用于质量控制或其他目的。其他功能提供基因组数据的可视化。处理完成后，数据可以写入VCF文件或转换为其他常用的R对象（例如genlight、DNAbin）。VcfR在VCF数据和R环境之间提供链接，将熟悉的软件与基因组数据连接起来。
VcfR建立在两个数据结构之上。
真空断路器-S4类包含来自VCF文件的数据。
色度R-S4类包含变量信息（VCF）、可选序列（FASTA）和注释（GFF）信息。
vcfR中的函数提供了子集VCF数据以及提取和解析数据的能力。例如，可以很容易地访问单个基因型、序列深度或基因型可能性（当在VCF文件中提供时）。这些工具用于帮助研究人员快速测量作为VCF数据提供的数据的质量和其他特征。掌握了这些信息，研究人员应该能够确定硬过滤的标准，以尝试最大限度地提高生物变异性，并将技术变异性降至最低。
文档
现在可以在这里找到vcfR的文档：vcfR_文档.
我们也有R中的群体遗传学和基因组学它更通用，并提供了分析示例。
如果你认为你发现了一个错误，请看报告问题.
出版物
vcfR文章
Knaus、Brian J.和Niklaus J.Grunwald。2017.VCFR：R.Molecular Ecology Resources 17（1）：44-53中操纵和可视化不同调用格式数据的包。http://dx.doi.org/10.111/1755-0998.12549。
Knaus、Brian J.和Niklaus J.Grunwald。2016年。VcfR：一个R包，用于操作和可视化VCF格式数据。生物Rxiv:041277。http://dx.doi.org/10.101/1277。
拷贝号变更文章
Knaus、Brian和Niklaus J.Grünwald。2018.使用高通量测序数据推断基因R.Frontiers中拷贝数的变异9:123。http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2018.00123。
下载
真空断路器CRAN提供。要安装，请使用：
install.packages（“vcfR”）
开发版本可以通过github安装：
devtools:：install_github（repo=“knausb/vcfR”）库（vcfR）
如果您想让小插曲使用：
devtools:：install_github（repo=“knaubs/vcfR”，build_vignettes=TRUE）
如果你已经制作了小插曲，你可以用以下方式浏览：
浏览幻影（package=“vcfR”）
如果您已将此软件包与devtools一起安装，则可能需要运行：
devtools:：install（build_vignettes=TRUE）
Devel分行
也可以安装devel分支（可能不稳定）：
devtools:：install_github（repo=“knausb/vcfR@开发")库（vcfR）
为了构建小插曲：
devtools:：install_github（repo=“knausb/vcfR@开发“，build_vignettes=真）
生成VCF文件的软件
这个项目的一个有趣的部分是学习人们如何使用vcfR。其中一个方面是学习创建VCF文件的软件。所以我决定列出这些软件。如果你知道我没有包括在这个列表中的一个软件，特别是如果你可以报告vcfR可以使用它的文件，请随时告诉我！
基因组变异呼叫者：
限制性位点相关DNA标记（例如RADseq、GBS）：
VCF数据操作：
读取VCF数据的R包
享受吧！