优化SuSiE模型

邹玉新

2023-02-17

在这个小插曲中，我们演示了一个帮助SuSiE脱身的程序局部最优。

我们使用英国生物银行50000个基因型模拟表型个人。有1001个SNP。它被模拟为正好有2个在234287处的非零效应。

图书馆（苏西埃）
图书馆（卷曲）
数据文件（_F）<- 临时文件(文件文本= “.RData”)
数据url<- 粘贴0("https://raw.githubusercontent.com/stephenslab/susieR/",
                   “主/inst/datafiles/FinemappingConvergence1k.RData”)
curl_download（卷曲_下载）（数据url，数据文件）
负载（数据文件）
b条<-精细映射收敛$真_系数
苏西埃广场（精细映射收敛$z、，年= “z”,b条=b）
&nbsp；

 

最强的边缘关联是非效应SNP。

由于样本量很大，我们使用了足够的统计数据(\（X插入X，X插入y，y插入是\）和样本大小\（n\）)至适合susie模型。它标识了2个可信集，其中一个为false积极的。这是因为可持续发展被困在当地最小值。

已安装<- 具有（精细映射收敛，
               susie_suff状态(XtX公司=XtX、，Xty公司=Xty、，伊提=yty、，n个=n） ）
可持续发展（已安装，年=“PIP”,b条=b、，主要=粘贴0(“ELBO=”,圆(可持续发展目标（已安装），2)))
&nbsp；

 

我们摆脱局部最优的优化过程是

  1. 适合苏茜模特，\（\）（假设有\（K\）CSs）。

  2. 对于CS in\（\），在CS中设置SNP要使之前的重量为0，适合susie型号–>我们有K个susie机型：\（t1，\cdots，t_K\）.

  3. 对于每个\（k=1，\cdots，k\）,为susie安装初始化\（_k\）(\（\阿尔法，\mu，\mu^2\）) –>\（_k\）

  4. 如果\（\max_k\text{elbo}（s_k）>\文本{elbo}\），套\（个）=s_｛kmax｝\）哪里\（kmax=\arg_k\max\文本{elbo}（s_k）\）并转至步骤2；如果没有，中断。

我们通过设置细化=真.

适合的_精细<- 具有（精细映射收敛，
                      susie_suff状态(XtX公司=XtX、，第十次=Xty、，伊提=yty、，
                                      n个=编号：，精炼=真的))
#警告：XtX不是对称的；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
#警告：XtX不对称；通过将XtX替换为（XtX+t（XtX））/2强制XtX对称
苏西埃广场（装配_精细，年=“PIP”,b条=b、，主要的=粘贴0(“ELBO=”,圆(susie获取对象（装配_精细），2)))
&nbsp；

 

通过细化程序，它用真实信号识别2个CS，并且所实现的证据下限（ELBO）更高。

会话信息

下面是有关计算环境的一些详细信息，包括用于生成这些结果的R版本和R包。

sessionInfo（会话信息）()
#R版本3.6.2（2019-12-12）
#平台：x86_64-apple-darwin15.6.0（64位）
#运行于：macOS Catalina 10.15.7
#
#矩阵产品：默认
#BLAS:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRblas.0.dylib
#LAPACK:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRlapack.dylib（LAPACK）
#
#区域设置：
#[1]en_US.UTF-8/en_US-UTF-8/en_US.UNTF-8/C/en_US。UTF-8/C/en_US
#
#附加的基本包：
#[1]stats graphics grDevices utils datasets方法库
#
#其他附加包：
#[1]卷曲_4.3矩阵_1.2-18 susieR_0.12.35
#
#通过命名空间加载（未附加）：
#[1]tidyselect_1.1.1 xfun_0.29 bslib_0.3.1 purr_0.3.4
#[5]lattice_0.20-38 colorspace_1.4-1 vctrs_0.3.8一般_0.0.2
#[9]htmltools_0.5.2 yaml_2.2.0 utf8_1.1.4 rlang_1.0.6
#[13]混合sqp_0.3-46 jquerylib_0.1.4柱_1.6.2胶_1.4.2
#[17]DBI_1.1.0 RcppZiggurat_0.1.5矩阵Stats_0.63.0生命周期_1.0.0
#[21]plyr_1.8.5字符串_1.4.0 munsell_0.5.0 gtable_0.3.0
#[25]评估0.14 knitr_1.37 fastmap_1.1.0 parallel_3.6.2
#[29]irlba_2.3.3风扇_0.4.0 Rfast_2.0.3高r_0.8
#[33]Rcpp_1.0.8比例_1.1.0 jsonlite_1.7.2 ggplot2_3.3.6
#[37]digest_0.6.23字符串_1.4.3 dplyr_1.0.7网格_3.6.2
#[41]cli_3.5.0工具_3.6.2 magrittr_2.0.1 sass_0.4.0
#[45]tibble_3.1.3蜡笔_1.4.1 pkgconfig_2.0.3省略号_0.3.2
#[49]断言_0.2.1 rmarkdown_2.11重塑_0.8.8 R6_2.4.1
#[53]编译器_3.6.2