生存包的新闻文件

版本3.7-0中的更改

• 对于使用id参数

• 拆下集成组件。调查和统计。Surv公司；本质上，将Surv视为用于此目的的矩阵。as.numeric。Surv方法从来没有起过作用，因为它应该是一个双重的。Surv公司

• 运行所有测试并提交给CRAN

版本3.6-5中的更改

• 更新几乎所有部分匹配参数的用法，例如。，拟合$coef以拟合$系数。（迈克尔·奇里科）

• 修正考克斯模型与（time1，time2）的一致性误差数据和时间wt='S'。将新测试添加到测试/一致性3.R.错误Shaunson26指出。

• 开始将许多渐晕图移动到生存渐晕图包裹。更多信息，请参阅“其他小插曲”小插曲存根信息。

• 修复Julianna指出的predict.coxph中的错误哈伍德。向帮助文件中添加文本，以明确每个主题的预测与全球时间相比。添加新的测试文件predsurv。R（右）

• 将data.frame选项添加到summary.survfit和summary_survfitms；它使结果成为数据帧形式。

版本3.6-4中的更改

• 监督最终CRAN提交、更改版本号和重新提交

版本3.6-3中的更改

• 修复残差中的小错误。survfit wrt标记输出。更新帮助文件以描述dimnames。

• 提交给CRAN

版本3.6-2中的更改

• 更改survfitaj.c以避免编译器发出虚假警告使CRAN输入不满意

版本3.6-1中的更改

• 调查程序的重大更新。无限小折刀（IJ）现在主要使用residuals（）函数计算残差后拟合，强调从拟合，并进行大量工作以实现残差函数计算效率高。针对许多边缘情况的新测试。

• 在更完整的文档中添加“方法”小插曲公式和代码，开始远离noweb文档。

• 为“扩展知识管理”添加测试用例，其中主题发生变化武器在中游。（我不是粉丝，但有人提倡。）发现了n.risk和n.censor值中的一些不一致之处；生存估计本身是正确的。对于有数据的主题例如，在（1,5+），（5,7）中，第5个时间没有“审查员”；先前的代码有时会为此类行发出不需要的输出行。

• 将n.id添加到survfit对象=唯一id值的数量用于创建曲线；当survfit调用包含id参数。这在默认打印输出中用作“n”。当主题跨越多行时很有用。

• 向survfit添加新选项。如果entry=真输出将包含n.输入=此时的条目数；为每个唯一的输入时间添加新行。默认选项如果为FALSE，则仅在事件/审查时创建行；历史行为。

• 修复survfit.coxph中的错误。如果出现start.time选项在曲线的0个受试者中，它没有正确地捕捉到曲线。

• 更新美国和明尼苏达州费率表，将年数增加至2020

• Aalen-Johansen的更新，即当“状态”为一个因子变量。1.如果案例权重在同样的集群，无穷小的折刀可能是错误的，因此方差不正确。2.现在每个州都报告了n.censor。新的n个转换和计数的元素。

版本3.5-7中的更改

• 将分数残差算法从O（ndp）改进为O（（n+d）p），其中n=观测次数，d=事件次数，p=协变量的数量。对于大型数据集，这可能会有大量影响。（分数残差用于稳健方差。）

• 添加关于我们如何计算多状态考克斯模型的简短小插曲曲线。

• 8月23日，检查相关CRAN包（860）并提交至CRAN

版本3.5-6中的更改

• 修正（time1，time2）coxph模型中的误差tt（）术语；皮埃尔·乔利指出。为添加新测试用例将其发送到tests目录。

• 用户查询提示对coxph进行小更新：针对模型对于偏移量，平均偏移量不再从linear.prector组件。这使其符合预测的coxph。

• 添加brier函数，以及测试和新的vignette。更新rttright并加强测试。

• 更新coxph.detail；罗德论点现在适用于x，y、 和风险因素。

版本3.5-5中的更改

• 添加hoel数据集，发现辐照雄性小鼠的癌症在Kalbfleisch和Prentice。它有助于说明竞争风险。

• 更新NAMESPACE中的一些S3方法，并将内部术语。内部函数到内部术语。两者都在生成最新CRAN检查套件发出警告。

• 提交给CRAN

版本3.5-4中的更改

• 更新finegray命令的帮助文件。是的时间相关协变量不正确。

• 将model=作为选项添加到survfit，并添加model.frame.survfit方法。这些是调用另一个函数中的survfit/pseudo对。

• survfit中的小错误：如果存在start.time，则“type”元素输出对象中可能缺少。

• 增强协调命令：现在可以放置多个方程式右侧的预测；这会给调和集及其方差-方差矩阵。

• 将几个被忽视的S3方法添加到NAMESPACE

版本3.5-3中的更改

• 修复影响CRAN的最终编译器警告

• 恢复中ratetable（）调用的向后兼容性公式。该功能由relsurv软件包使用。

• 将有关信任区域的信息添加到失败目录。

版本3.5-2中的更改

• CRAN的新版本；（为我）找到一些挑战C代码内存问题

• 清理跌落专用测试用例

版本3.5-1中的更改

• 对survreg进行小编辑（将$coef拟合为$coeffits），以及summary.coxph（只有偏移量的模型）

• 修复fastkm.c中的错误（新例程，边缘情况，没有人有找到它了。）

• 修复新编译器链发现的.c代码中的一些小问题

• 删除中ratetable（）调用的向后兼容性配方；多年前，主代码中对此进行了更改。

版本3.5-0中的更改

• CRAN提交的最终检查和更新

3.4-2版本中的更改

• 对于多状态考克斯模型，默认值为ties='breslow'。当存在相同类型的绑定转换时，a:BA:B说，Efron近似值是合理的，并且计算正确。然而，不同类型的关系，如A:B和A:C（竞争风险）同时转换或A:B和C:D被有效忽略代码；这将很难改变。使用Breslow而不是部分埃夫隆被认为更容易辩护。

• 添加survcondense函数。

• 改进宽数据集的大规模处理并添加测试用例使用宽数据集为vignette wrt添加警告。

• 提高协调的速度（Frank H的要求）。更新并添加更多测试。

• 修复cox.zph中的错误：如果在考克斯拟合，用于绘图的残差也将为NA。

• 运行所有测试并提交给CRAN（2023-01-06）

版本3.4-1中的更改

• 向basehaz添加新数据参数，以及更多文档

• survfit.coxph将因newdata和a的组合而失败只有偏移项的模型，固定

• 向pseudo添加一个复选框。该算法不是为区间删失数据的survfit曲线，但仍产生结果（肯定是错误的）。现在区间删失曲线have type='interval'以帮助支持这一点。

• reference='zero'且缺少新数据的Predict.coxph错误地认为它可以简单地返回fit$residuals。指出由David Collett出局。

• 根据来自的请求，在几个.c例程中更改原型起重机。（例如，chinv.c使用了旧的K&R风格声明，这表明它是多久前写的。）

• 检查并提交给CRAN

版本3.4-0中的更改

• 更换。[terms使用drop.term（）在predict.coxph中调用；由于Jorge Menezes发现的[.term中的错误。添加删除项。R到测试套件。

• 修复R CMD检查中的所有错误，并提交给CRAN

版本3.3-2中的更改

• 如果缺少新数据，则出现一致性错误（fit，newdata）值：导出的x和y可以是不同的长度。

• 为预测的（相当困难的）用例添加测试用例具有共享风险的多状态coxph模型的生存

• nsk（…，Boundary.nots=FALSE）未正确处理。

• 修复terms.inner中的错误；没有的函数失败论据。丹尼尔·斯杰伯格和邓肯·默多克指出。

• 从C代码中删除Sint。

• anova.coxph有时使用P（>Chi）和有时Pr（>Cho）作为打印输出标签，取决于参数；所有基本包都使用“优先”。将此更改为一致。

版本3.3-1中的更改

• 更新保存的tests/Examples/survival-Ex.Route.save文件，以便按照CRAN的要求，取消计时。（软件包手册对此进行了讨论。）

版本3.3-0中的更改

• 将C代码中对Calloc或Free的任何调用更改为R_Calloc和R_Free，应R核心的要求。

• 修复aareg中的一个疏忽：当coxph和survreg从在公式中使用+cluster（）转换为cluster作为参数，需要在aareg中进行相同的更改。指出作者：zdgager。

• 累积危害标准现在存在，供选择coxph模型曲线案例。还有更多工作要做返回所有病例的std。

• 在帮助页面中添加一段以进行调查。Rd，指出这种稳健方差现在是区间删失数据的默认值，以及原因。

• 添加median.survfit方法

• 改进pseudo中的示例。道路

• 修正测量分布$gaussian$deviance中的错误。这个区间截尾观测的偏差是NA，这是由于一个符号这是向后的，导致对数为负值。（简单打字错误）

• predict.coxph中的错误：对于具有两个地层术语。Hanna Frick报道。

• 修复github问题130。如果新数据包含地层信息，只需要一条曲线，survfit.coxph会返回太多曲线。

版本3.2-15中的更改

• 修复与start.time参数的不一致。什么之中的一个Survifit路径将包括start.time的事件（曲线开始立即滴下）其他人没有。所有路径现在都这样做使start.time=0的行为与普通survfit相同，没有参数，当时间0处有死亡时。

版本3.2-14中的更改

• 更新royston函数以报告缩放的Cox-SnellR平方作为Nagelkerke估计值，并澄清文档。

• 在无限大的情况下，用ties=exact更新coxph信息矩阵奇异的系数。的代码该病例为coxfit6.c（Breslow/Efron）而非复制到coxexact中。c（c）

版本3.2-13中的更改

• 澄清大型帮助文件中的一些句子。

• 修复CRAN发现的conordance3.c中的内存访问错误。

• 添加drop.special函数（内部）以绕过偏移[术语]中的问题。

版本3.2-12中的更改

• 避免中的infinte系数产生下游错误考克斯。在特殊情况下，将NA代码传递给C代码会失败。

• cox.zph中的df列对于coxme可能不正确模型。

• 考克斯.zph将崩溃于随机效应的考克斯模型包含一个因素（model.frame的奇怪问题）。

• 具有阶层协变量的coxph模型的yates误差相互作用

• 澄清罗伊斯顿司令部的文件。

• 为应用于多状态模型的超凸添加错误。

• 使限制手段的标签在印刷和总结，用于单州和多州调查。

• 只要有正确的数据，coxexact.c例程就会执行计算效率很低：速度太慢，似乎是无限的循环。

• pspline中的错误。R： 我忽略了在makepredictcall的保留参数。

• 修复cholesky3.c中的比例因子错误，这可能会导致错误地将列标记为单数。通过survreg示例找到来自内森·亚当斯，在那里y值很大。

• 2021-08-12：更新CRAN

版本3.2-11中的更改

• yates（）中“成对”选项缺少标签，已修复。

• plot.survfit中存在错误–无法在中使用conf.int=T和xmax同一个调用。德克·拉尔森指出。

• 当应用于具有strata（）。已修复并将其添加为测试用例。

• 将seq（along=更改为seq（allow.with=），以匹配完整的参数名称。

• 在pyears（…，data.frame=TRUE）中，如果tcut的级别为numeric返回数字而不是因子。（2.4版功能已被无意中删除。）

• 修复survfit.coxphms中的错误（…，stype=1）：当我指pmax。（结果曲线甚至不接近。）添加测试案例。

• 更新anova.survreg以拥有类（“anova”、“data.table”）。Daniel Sjoberg指出的错误。

版本3.2-10中的更改

• CRAN valgrind检查发现一个未初始化的矢量C例程之一。现在已修复。CRAN上现在有更新版本。

版本3.2-9中的更改

• 对rttright函数进行更仔细的测试。

• 修复3.2-8中引入的mage中的错误。一个新的一致性检查过于激进，会标记合法的数据集。

• 修复E Lundt报告的大型错误：如果添加了两个或多个在主题时间表开始之前，tdc会选择第一个而不是最后一个。苏

• 添加residuals.survfit的最后一个测试用例（tstart的auc，tstop数据），是的，它发现了一个错误。

• 与地层、数组进行多状态拟合时survit.coxph中的错误尺寸错误（但内容正确）。它通向下游打印和打印的问题。马修·霍尔指出。

• 添加多州考克斯模型共享的功能过渡的（比例）基线。

• 髋关节常规不再对0/1预测因子进行校正（fit$mean将为0），根据新无中心参数。未指定coxph模型的survfit应用新数据仍然是一个糟糕的主意，但这一改变使它有点不那么糟糕，因为对于因子，曲线将参考参考级别。预测（拟合）结果现在对于因子变量。

• 为带有脆弱性的survreg（）添加显式错误消息术语。这种用法从未得到支持–它正在集成coxph模型的适当密度，这是错误的survreg–但由于代码会运行，我们发现尽管在生存小插曲。早该修复了。

版本3.2-8中的更改

• 在tmerge中，如果data2包含在data1中找不到的标识符这些行现在被计算在tcount的“missed”列中属性，而不是视为错误。

• 在带有start.time选项的survfit（）调用中，如果一条曲线如果没有受试者超过开始时间，结果的模糊度是错误的，导致多个下游故障。

• 向quantile.survfit添加一个scale参数。

• 还原对plot.survfit的更改，这是对保持行远离右边距。下游有一些未预见的情况后果，例如后来添加图例。

• survcheck的小修复：如果事件表只有一行，则矩阵属性丢失。Oleguer Plana-Ripoll指出。

• plot.survfit中的错误：忽略了noplot参数对于置信区间，错误的区间可能与每条曲线。

• neardate例程隐式假定数据集2位于排序顺序，如果不是错误消息，则从内部调用findInterval。现在修复并添加了新测试。指出由Bruce Macwilliams出局。

• 向survfit添加错误消息，以识别它不能但要处理共享基线的多州考克斯模型危害。

• 为psuedo-values添加伪函数。小插曲出现了vignette2，因为它使用svyglm（调查）来获得适当的标准错误（参见“其他”小品）。添加支持例程residuals.survfit（它执行实际工作）

• 添加nsk函数。

• 添加aggregate.survfit方法

• 正式剥夺survConcordance，替换为更有能力协调法，包括公式法、lm法、glm法和coxph法。

版本3.2-7中的更改

• 修复CRAN提交文件中显示的一个URL。

• 列标签在riskmat论点中丢失coxph.detail，它破坏了linERR包。反向找到CRAN的依赖性检查。

版本3.2-5中的更改

• 修复summary.coxph.penal中的错误；它复制错误se（协调）到新对象。

• survfit.coxphms中的微小错误；如果模型有NA系数。

• 放松核对一致性，以便比较两个模型受试者相同，但反应向量不同。

• 如果在考克斯模型中多个strata（）项是第一项，则标签分配组件的cox.zph结果（但数值是正确的）。

• coxph.detail命令的riskmat选项现在返回矩阵的数据顺序而不是时间排序顺序。

• summary.survfit函数忽略了std.chaz组件时根据times参数进行子设置。

• print.survfit的文档说明rmean=“common”将使用最大时间跨越曲线，代码具有中值。使代码与文档一致。陈庆霞指出。

• 添加rttright函数（重新分发到右侧）和Royston和Sauerbrei的R^2度量。

• 添加residuals.survfit，这对于伪值。仍不完整。

• 针对一种特殊的倾斜，加强髋关节的硬度变量，基于Michael Young的测试用例。这导致了“这不应该发生，请联系作者”留言。

版本3.2-4中的更改

• 将na.omit添加到survcheck的输出中。

• 撤销survevepm中的ifelse输入错误（添加在3.2-3中），该错误导致对于上三角速率矩阵，返回NULL，打破survfit对于多状态coxph模型。（上三角最简单算法，套件中的所有测试都是针对更复杂的当然是案例——aargh。）

版本3.2-3中的更改

• 修复survfit.coxphms中的错误：正在执行一个内部例程用错误顺序的参数调用。

• 为矩阵导数添加支持例程指数，生存曲线方差所需（后Cox模型）。

• 将显式错误消息添加到summary.survfit，当参数只要求超出曲线末端的时间，并且extend=FALSE。

• plot.survfit中的剪辑可能太紧。

版本3.2-2中的更改

• 添加对“时间轴”式生存数据的支持。我希望这将是在多状态可用性方面向前迈出的一步模型，因为数据集可以用标准的数据操作工具构建。

• 修复survfit.coxphms中的错误，权重向量可以是使用start.time选项时长度错误。

• 多州考克斯模型中的公式现在可以有“-x1”到删除次级公式中的变量x1。（现在使用Update.formula幕后）。

• 多州考克斯模型现在全面处理地层–一个阶层可以适用于所有过渡或仅适用于某些过渡。一个结果是返回的fit的cmap元素被破坏两部分：stratummap包含地层信息和cmap系数信息。

• 还原（部分）对tmerge的更改。使用tdc（）更新基线数据中已经存在的变量是一个问题，所以tdc已更改为替换而非更新。现在允许更新由之前的tdc创建的变量。

• 修复survfit中的错误，0/1状态变量：start.time只有当数据集按时间排序时，选项才能正确工作，不幸的是，tests/survtest中的测试数据也是如此。R。修复代码并加强测试。

• 多状态考克斯模型的多次更新+后续曲线。当前的一个临床项目正在提供压力测试。

版本3.1-12中的更改

• 更改稳健方差的默认值：如果存在cluster参数、非整数大小写权重或id语句，以及至少一个id具有多个事件。

• 如果coxph拟合具有NA系数，cox.zph将失败（过去有用的东西）。添加一个面向未来的测试用例这个。被Ville Ponkilainen抓获。

• 次要：pyears+data.frame选项不会保留顺序tcut操作员的因子水平。

• Andrea Jaensch的Edge案例：带地层的考克斯模型+psline项，加上包含观测值的（time1，time2）数据集如果没有重叠任何事件，在正确的位置，可能会导致agmart3.c中的无限循环。

• 将子集和na.action参数添加到survcheck。

• 对plot.survfit和survcheck进行了小更新。

• 添加cluster=option以替换公式中的+cluster（）。从文件中删除对后者的所有提及示例。使集群、id和健壮选项在所有功能。

• 使用xaxs='S'修复plot.survfit中的错误。在某一点上，一条线的代码丢失了。

版本3.1-11中的更改

• 将“n”向量添加到survcheck，更新测试。

• 改进多州考克斯打印输出

• 修复多重检查中的内存引用错误。c（c）

版本3.1-10中的更改

• 修复一致性中的错误（fit，newdata=xxx）：它使用旧的数据。Matjin van t Hooft指出。

• 对tmerge进行小更新–当用户尝试时打印警告使用tdc更新变量，即这将导致完成替换所述变量，不保留先前值。

• 当xlim和xaxs='S'都是明确规定。Heinz Tuechler的错误和建议修复。

• makepredictcall.spline中的两个失败，由两个不同的用户，这两种情况下的选项都应该结转。如果pspline具有“interm”或“组合”。

• 修复zph[12].c中的内存泄漏（忘记PROTECT）；被B Ripley抓到

版本3.1-9中的更改

• 对于分层模型，plot.cox.zph函数将失效，如果某个协变量在某一层中是常数。舵手zph例程通过NA正确地将这些点标记为无信息plot例程需要实际忽略它们。

版本3.1-8中的更改

• 对于没有协变量的多状态模型，start.time值（如果存在）被无意中从结果中忽略。这个影响默认打印。

• 根据用户请求，tmerge函数现在可以使用Dates作为合并的时间变量。

• 修复无效读取（超过向量末尾的一个元素）这可能发生在tmerge.c；由Brian Ripley报道。

• 带有分层的多状态考克斯模型在解析时会失败马丁·范特·霍夫特（Martin van’t Hooft）指出的公式。

版本3.1-7中的更改

• 对于具有协变量*地层相互作用的考克斯模型信息矩阵为块对角线，cox.zph函数缩放绘图时将生成0/0。这导致了一些架构上的BLAS错误（B.Ripley在24内报告第3.1-6小时发布在CRAN上）。测试未受影响，随后的绘图因无限轴而失败。修复，并向测试套件添加更多检查。

版本3.1-6中的更改

• 修复coxph.getdata和lines.survfit中的问题通过反向依赖性检查找到

• 提交给CRAN

版本3.1-5中的更改

• 更新coxph.getdata和coxph.detail以使用coxphms物体。第一个受影响cox.zph的缺陷导致多状态髋关节适合。

• 为cox.zph例程添加一个正式的测试套件。

版本3.1-4中的更改

• 将一些vignette移到vignette2目录，可以在github网站。为这些文件添加索引。

• 将timefix选项添加到coxph结果中，并确保下游survfit调用正确保留它。

• 扩展主要生存场景。

版本3.1-3中的更改

• anova.coxph的结果对于具有ties=“breslow”和并列事件时间的单一模型：未将选项传递给次要配合。

• 向anova.coxph添加更多健全性检查，例如，所有型号必须使用了相同的领带选项。

• 更新tmerge以允许更多变量类型作为上止点。一位用户指出，日期未被保留；现在已修复。

版本3.1-2中的更改

• 现在，cox.zph命令在之前拒绝使用tt（）项的模型它的计算不正确。

• 修正图中的2个错误，用于考克斯模型的拟合。（我没有扫描了小插曲中的pdf页面，这是唯一的方法验证绘图。）

• 修复pyears、tcut变量、，data.frame选项。（数值正确）。

版本3.1-1中的更改

• 修正应用于分层模型时[.cox.zph中的错误

版本3.1-0中的更改

• 回复一些CRAN查询并重新提交。

• 更好地记录监督程序

• 添加sas。Rnw vignette到inst/doc：花费太长时间运行以包含在vignettes目录中

• 修复github:coxph上指出的两个边案例错误具有0个事件的数据集，以及只有一个脆弱项的模型

• 更新residuals.coxph以处理更大的矩阵，即。，换两个。C呼叫。呼叫

版本3.0-11中的更改

• 在运行所有测试后进行多次小更新依赖颠倒

• 发送至CRAN

版本3.0-10中的更改

• 确保所有对data.frame的调用都显式地选择一个值用于stringsAsFactors选项。

• singledf选项的cox.zph更新

• 添加cox.zph统计量的正式测试

• 将sas vignette添加到vignettes2目录（它也需要长时间运行）。

版本3.0中的更改

• 主要修订了survfit例程，请参阅生存小插曲。

• 允许多状态考克斯模型。

• 重命名剩余项。S文件为。R（右）

• survreg对象的vcov现在包含dimnames（对于stats:：confint函数）

• 订阅survfit对象将删除na.action。这是一个打印输出不再告诉我们观察结果被删除，但有关哪些信息以及如何删除选择后删除的许多行不正确。

• 超凸函数，应用于带地层的考克斯模型，有时会在曲线。

• 多个小错误修复。

版本2.44-1中的更改

• 修复使用init参数时survreg中的错误。

• B.Ripley发现/修复了survfitkm.c中的错误大小可能导致内存覆盖和硬崩溃。

版本2.44-0中的更改

• 从可靠性文献中添加几个数据集已在tests目录中使用数据并添加“可靠性”帮助页。

• 修复残差中的错误。survreg，type=“matrix”，由指出阿希姆·泽利斯。测试中添加了另一项检查。

• survfit例程现在返回累积危险具有标准误差，并允许稳健方差。

• 对于（启动、停止）数据，监测结果仅包括独特的停止时间。

• 更新plot.survfit以绘制累积危险fun='cumhaz'，而不是绘制日志（surv）。

• Nagelkerke R^2已从summary.coxph中删除。这一措施的缺点是众所周知的，一致性是更好的措施。

• finegray函数中不允许使用cluster（）项；现在给出明确的错误信息。

• 追踪某个无限期发生的故障系数数据集。当迭代结束时，例程现在返回最后一次成功的迭代，而不是最后一次尝试，例如。，如果loglik在无穷大时最大化，则例程现在返回部分似然的最后一步，第一步和第二步导数都是有限的。这阻止了一些下游“非有限”消息。

• 添加conordancefit函数以帮助页面和导出，因此其他包可以更容易地调用它。

版本2.43-4中的更改

• 添加了一个六边形标签。它存在于人/人物中。

• 帮助页中的小语法更改。

• 修复A Ruten-Budde指出的错误。舵手常规是不将timefix选项转发给子查询一致性呼叫。

• 微调无限系数的检查。数据集从rehbergT成功地在第一和第二次溢出在同一迭代中派生，导致inf*0的更新。

• 将一些小的可靠性数据集正式添加到包中“可靠性”的帮助页。他们被用于测试。

版本2.43-2中的更改

• 为了协调一致，允许y是一个可排序因子（或者is.ordered=TRUE或它只有2个级别），而不是给出错误消息。修复小品中缺少的一些参考。

• 修复survSplit中缺少响应时的错误检查值。当出现以下情况时，例程将失败并显示错误消息没有错误。（Daniel Wollschläger指出。）

• 修复用调用finegray函数时出现的严重错误（启动、停止）数据，例如，具有与时间相关的协变量：审查分布G不正确，导致权重不正确，包括NA。郑德强指出，并举了一个例子。（在FG模型中使用时间相关协变量有严重的–I想想致命的——然而，统计问题。FG方法增加了每个受试者的额外“插补”随访；但未来是什么时间相关协变量在这个新区间的值？）

• 更新finegray函数以允许箱子重量。如果例如，原始数据具有采样权重将它们正确地添加到创建的fgwt变量。

版本2.43-1中的更改

• 为了更好地适应，对协调方法进行了微小的更改另一包；再添加一个测试用例。

• 更改coxph以使用concordance（）而不是survConcordance。请注意，这会将默认方差估计值更改为但更好的估计值）。

• 添加测试以验证tmerge是否与Date对象一起工作时间刻度

• 将timefix=TRUE选项添加到survdiff

• 将边缘案例的代码添加到coxph：没有事件的数据集。

版本2.43.0中的更改

• 完成测试套件和渐晕图以获得一致性。

• 对所有依赖生存的包运行测试。提交给CRAN

版本2.42-7中的更改

• 向survifit添加参数：survifit.matrix没有start.time和survfitCI没有p0。现在他们俩都有了两者兼而有之。

• 修复由新的使用检查触发的两个小错误&&或具有长度>1的参数的|。由指出马丁·梅克勒（Martin Maechler）。

• 添加协调功能，对旧版本进行升级survConcordance功能。后者将被剥夺。（草案小插曲仍需润色。）

• 更改survreg，使对象中返回的“y”是原始响应，而不是用于计算的变换后的y。这个由conordance.survreg方法提示，但也更多一致。它迫使残差发生变化指定y=FALSE的任何拟合的长期错误。

• 用“tdc（time，x）”修复C McCort:tmerge指出的错误如果x是模式字符，则会失败。将此案例添加到测试套件中。

版本2.42-6中的更改

• 删除cbind.Surv和rbind.Surf方法。问题是当使用混合参数调用某个函数时，例如。cbind（Surv（1:4），data.frame（x=6:9，z=c（'a'，'b'，'a'和'a'））在上面的cbind.Surv中从未被调用，但存在如果cbind.Surv方法弄乱了默认行为，请参见发送帮助部分（'bind'）。

版本2.42-5中的更改

• 添加绘图。根据Goran Brostram的建议进行调查。改进cbind.Surv和rbind.Surf方法以处理混合参数列表（当有一些Surv参数而有些没有时）。

• 添加Survmethods。记录添加方法的Rd页。

• 将“F”和“S”添加到plot.survfit的fun=参数列表中，它们分别是“事件”和“身份”的别名。

版本2.42-4中的更改

• 撤销2.42-3中tmerge中引入的一个错误；基本的行被注释掉，结果是如果连续的tmerge调用修改相同的变量，只保留最后的更改。添加检查测试套件以防止将来发生这种情况。

• 当输入数据有额外的删失行，例如，在时间2转换到状态1的主题和状态2在时间8，但数据为（0,2,1），（2,5,0），（5,8,2）；这个survSplit例程通常会生成这样的行。以前，输出中的转换表对于这种情况下，生命表将在时间5。估计的P（状态）及其se是正确的。

• 在使用cumevent和输入时，在tmerge中修复边缘情况数据有一个“审查”行。为此添加测试，并为另一条边添加测试在同一时间点重复更新的情况。

• 修复xtfrm。Surv：它已返回部分订单生存对象（如order（）），它需要是模拟的顺序（顺序（x）），与排序顺序相同的整数向量x.添加测试用例和手册页。

• 添加更多Surv方法：head、tail、rep、rbind、c、rev、t，平均值、中位数、图、点、线、水平。

版本2.42-3中的更改

• 删除考克斯警告“X矩阵视为单数”。系数是NA，就像之前一样，我们只是说更少。

• 修正考克斯的小错误：一个常量的协变量会如果（且仅当），其系数报告为0而不是NA它是模型中唯一的变量，例如。，髋关节（Surv（1:10）~ rep（4,10））。

版本2.42-1中的更改

• 为Surv对象添加xtfrm方法。

• 修复logLik.coxph.null中的错误（类不正确）

• 修复pyears中的错误，对于没有预测器和数据帧=真。

• 如果缺少id，tmerge将失败，请给出消息相反

• surveexp中更强的日期检查，即该列当且仅当匹配的费率表维度是一个日期。

• 恢复coxph对象元素的顺序；作为一些其他包取决于名称和顺序。它曾经是将剩余参数添加到coxph.fit时进行修改。

• 在coxph迭代中添加更严格的溢出检查：M Tsagris提供了一个边缘案例，其中信息矩阵在其他事情之前，一次迭代失败。

版本2.42-0中的更改

• 基于Ivo的数据集修复agfit4.c例程中的错误Sousa Ferreira和Marloes Derks。这是在2.39-1和导致所选数据集的解决方案不正确。此类数据集然而，这是一种罕见的边缘情况。具体如下：在带有strata的启停数据集中，假设两个相邻的事件时间例如，在d1和d2的一个层中，以及一组k个删失区间（a，b）也位于该地层中，使得a>=d1和b<d2。（此类间隔为从不存在事件风险，并且可以从数据集中消除无损失。）如果k>=重叠d1的间隔数d2，在先前的地层中，最小的时间是一个事件，跟踪风险集中的人的一些变量不同步，以及在d1对loglik，一阶和二阶导数的贡献将是不正确的。我预计这样的数据集极其罕见。然而，survSplit例程和mstate包可以生成数据设置了大量不需要的间隔。（中的数据集问题来自mstate。）

• 在更多打印中使用format.pval（）和printCoefmat功能。这使格式与基准R的格式对齐。

• 更新vcov函数以接受新的complete=参数。

• 更新statefig以接受颜色向量。

• [.survfit例程会抱怨fit[1]的使用当拟合包含一条曲线时。现在这是合法的。

• 根据R的建议，将NAMED（）更改为MAYBE_REFERRENCED（）核心

• 添加用于人口预测的yates（）例程，以及附带的小插曲。

• 更新存活率表（survevexp.mn、survevesp.us、，survevexp.usr），添加更多日历年的数据。

• 屈服于用户压力：标记现在出现在生存曲线上与事件时间相关的审查时间，绘制在垂直台阶的中点。此外，更换过时的作记号带有的选项多氯联苯.

版本2.41-5中的更改

• 更新survexip.us和survexup.usr费率表。他们现在包含1940年至2012年。然而，他们失去了根据最近的美国人口普查数据，生命第一年的间隔变小缺少这些信息。更新费率表的代码：一个切入点属性向量现在可以是Date类，名称（dimnames）可以替换dimid属性。（只有费率表的创建者受到影响最后两个。）

• 将“1-pchisq（…）”的所有实例更改为使用lower.tail=FALSE参数。

版本2.41-4中的更改

• coxph程序没有检查无限预测因子（这些没有被na.action筛选出来），这些可能会导致迭代失败。添加了check和stop（）语句。这个例子由Glenn Tisdale提供。

• 当在plot.survfit中使用conf.times时，没有以目标值为中心

• 在coxph.fit和agreg.fit，应S Venkat的要求。这些加速了功能当调用例程只需要部分似然时。

• 修复survfit中的错误：如果指定timefix=FALSE，我们会忘记设置关键变量，则例程失败。萨拉指出斯特雷特。2017年4月8日。

• 更改summary.coxph的scale参数，使其影响系数和se（coef），而不仅仅是置信区间。

• 修复使用start.time参数时survfitCI中的错误，以及为它添加一个测试用例。

• 添加尾部。根据迈克尔·劳伦斯的要求，采用Surv方法。还可以添加重复的、anyDuplicated和唯一的方法。

版本2.41-3中的更改

• agfit4.c中对无限loglik的检查不正确，可能没有发现步骤减半的必要性。这需要一个非常触发此事件的异常数据集。

• 对于间隔审查数据，survfit例程将失败曲线上只有一步的组。（需要添加drop=FALSE到矩阵下标。）

• 对Surv进行微小更改，以确保其检查difftime对象不会在if（）内触发“length>1”警告。

• summary.survfit函数的n.censor错误为多条曲线，审查=TRUE（假NA值）。添加了更多到测试套件的行。

• Mikko Korpela指出：添加了动态符号检查2.41-0中要求R版本2.16或更高版本。将ifdef添加到init.c它检查R的版本，模仿MASS库中的类似行。

版本2.41-2中的更改

• 修复了B Ripley发现的两个内存泄漏和一个未初始化的数组。

• 当Surv（a，b，type='interval2'）和a或b无限时无限值被错误地保留，而不是转化为左或右审查。下游调查和/或survreg结果有时可能会出错。

• 更新cch，以正确处理几乎并列的时间版本2.40中有许多更改。

• 为没有阅读的github用户更新README.md文件noweb/Readme，然后获取R CMD构建错误。

版本2.41-0中的更改

• 如果是R-core，则根据请求添加R_useDynamicSymbols（dll，FALSE）初始化。这可以防止。从访问调用库的第一个参数是字符串时。原因是为了阻止意外链接到例程。

• 如果data2没有在id内按时间排序，请修复tmerge中的一个错误然后tdc（时间，x）调用的outcomte是不正确的。添加能力在tdc调用中使用因子作为第二个变量，并添加tdcstart选项。

• 暴露aeqSurv例程，该例程用于纠正绑定时间问题。

• survfit例程现在将start.time选项（如果使用）保存在输出对象。然后将其用作任何绘图中的x轴。

• 允许survfit.matrix对不同的p0值使用不同的曲线。

• 将type=“survivation”添加到predict.coxph

版本2.40-2中的更改

• 修复finegray例程中的错误：使用strata（）结果数据集的状态值可能不正确。指出马克·多诺霍。在测试/finegray中添加了地层测试。R。

• 删除许多“is.R”和“oldClass”调用（Splus的痕迹）。

• summary.pyears例程现在打印pandoc样式的表。

• 修复Rd文件中的多个拼写错误；出资人卢卡·布拉格里亚。

• 对于多状态曲线，cumhaz分量意外地最终状态已删除。所有值都是正确的，只是一个对最终结果的过分修饰。

• 添加一个简短的小插曲，描述带有舍入错误的问题并缩短了生存时间。

• survSplit中的错误：未传播因子状态缺少时间发出错误消息。

版本2.40-1中的更改

• 对于具有大数据集和影响=TRUE选项，生成的对象可能太长C代码中的整数计数器溢出。在R中添加支票帮助文件中的代码和警告。

版本2.40-0中的更改

• 代码更改以避免新的乘法警告向量*（1乘1矩阵）。

• 为多状态生存添加一个更彻底的测试用例：并非所有受试者都以相同的状态开始，进入延迟，以及案例权重在主题内变化。这揭示了一些错误。更仔细地记录影响选项。

• 始终如一地处理调查中“几乎并列”的生存时间考克斯常规。使用与all.equal相同的规则和容差函数来声明两个时间值相等。问题产生的原因是舍入错误，例如使用days/365.25计算得出的错误。

• 添加statefig函数和多状态vignette。

• rsurvreg函数未导出。NAMESPACE修复。

• 修复调整后的图形中的一些标记错误生存曲线渐晕图（xscale变化的后果2.38-5).

• 更新多状态生存，以使健壮（默认）加权数据集的方差将其视为采样权重而不是箱子重量。这使得它与考克斯的行为。（所有权重乘以一个常数现在保持方差不变。）(9/2016)

• 当状态是一个因素时，Surv（时间、状态）将失败只有两个级别。这是因为假设没有用户会曾经想要这样做，也就是说，曾经故意这样做，所以这一定是一个错误应该被抓住。这是一个错误的假设。

• 将start.time参数添加到survfit.coxph。2017年9月10日

版本2.39-5中的更改

• summary.survfit例程假定times参数排序与文档相反。Torsten指出霍霍恩。

• 如果时间变量是Date，那么tmerge函数将失败对象。这是因为as.Date（as.numberic（x））当x是日期时失败。（Date中的设计缺陷，IMHO）。当时有当第一个和第二个数据集都没有排序时也存在缺陷通过id；为此添加了一个更完整的测试用例。

• 之前dim.survfit中的一个更改已经破坏了survfit.matrix功能：当没有地层时，它错误地假设了地层。不幸的是，这并没有产生错误，而是产生了多个错误单个曲线的副本（以及对小插曲中的这条曲线）。E Lundt指出。

• 如果只有一次，print.summary.survfitms就会抱怨已返回。需要drop=FALSE的情况。

• 为survSplit添加一个测试，以确保它与基于公式的旧界面。在上添加文档如何在帮助文件中选择变量名。

• 生存曲线下标错误：如果fit是survfit左侧截断数据的曲线，fit[k]有一个不正确的n.enter组件。（一个旧错误，显示该组件是多么罕见已使用。）Beth Atkinson指出。

• 从summary.survfit的默认打印输出中删除n.enter，使打印输出更加紧凑。它保留在摘要对象中，但很少使用。

• 更新points.survfit函数以处理多种颜色和/或打印字符。如果曲面拟合对象有多条曲线我们以与matpoints相同的方式循环这些。

版本2.39-4中的更改

• 为summary.survfit创建一个更强大的测试套件，并使用它实际上修复了2.39-3声称要修复的错误。这个发现了一个长期存在的错误，中间风险为n时间点。

• 在样条曲线渐晕图中添加一节单调样条曲线。

版本2.39-3中的更改

• 对于多状态曲线，返回的n.event分量丢失如果任何曲线只有一个观察值，则为其尺寸。

• 修复summary.survreg中的错误。对于多条曲线和在数据中第一个时间点或之前请求的时间点，曲线1的值用于所有人。T Eigentler指出。

• 修复Brian Ripley指出的C代码中的单位化变量。

版本2.39-2中的更改

• 基于CRAN反馈的小更新

版本2.39-1中的更改

• 用变量名标记pyears的输出dimname从模型中。这使它更容易阅读。

• 将model.frame的所有引用替换为“stats:：model.frace”（全部38人）。model.frame函数使用非标准评估规则，并且像这样握住它的手是唯一的方法确保我们不会调用同名的用户函数。

• Surv函数几乎总是为生成的矩阵和glmnet函数依赖于此。现在就这样总是按照特雷弗·哈斯蒂的要求给它们贴上标签。

• 增加精细灰色功能，扩大竞争风险用小插曲记录。

• 为多状态的quantile.survfit函数添加检查模型；在这种情况下，分位数没有很好地定义。

• coxph迭代路径和收敛测试的更改具有（启动、停止）数据的模型，由两个用户示例驱动失败。数据集存在严重的统计问题共线性和/或异常值，以便最终拟合不是实际上是有用的，但现在例程优雅地结束了死亡。结果是更加关注进行大数的加减运算是为了避免取消错误。

• 使用times参数修复summary.survfit错误：for中间时间点有时会选择错误的值风险数字。（风险数字为左连续功能。）

版本2.38-5中的更改

• 向plot.cox.zph添加更多图形参数以响应用户请求。

• 清除收割台上最后残留的Splus支架C代码的文件，根据R core的请求删除S.h。

• 对tmerge函数进行多次更新和更正，包括对小插曲的改进。（由于在TA尝试各种组合的类。）

• 更新survSplit：它现在处理所有类型的状态变量（0/1，TRUE/FALSE，factors），id和插曲参数很有用对于启动/停止数据，数据保留其原始排序顺序（新观察结果被插入而不是放在末尾），并且功能在一个小插曲中进行了说明。

• 将conf.times参数添加到plot.survfit。这个允许在指定时间设置置信条，这很有用当情节拥挤时。

• 覆盖不向后兼容的更改！

  • 将mark.time的默认值更改为FALSE

  • 更改xscale的行为，使其与yscale，即它只更改标签，而不更改底层比例尺。图例或定位器等后续注释位于数据的原始规模。

  • 对于曲线矩阵，例如竞争风险，打印和按列主要顺序而非行主要顺序绘制它们，以便以匹配通常的R行为。

• 修复队列帮助页面中的错误卡尔·奥夫·赫夫特哈默（Karl Ove Hufthammer）指出的超凸论点。

• 当给定一个空模型（1的右侧或仅偏移）。指出被卡尔·奥夫·赫夫坦淘汰。

• 最近添加的代码在相同的情况下生成错误变量出现在coxph公式的两边（好主意）如果偏移量语句包含“-”，则导致失败阿布拉·杰斐斯指出的标志。

版本2.38-3中的更改

• 根据CRAN的请求向NAMESPACE文件添加更多导入

• 为Surv对象添加长度方法。Max Kuhn请求。(2015/6/17).

• 修复neardate中的错误。当两个输入数据集未分类的最后一场比赛可能是错误的。

版本2.38-2中的更改

• 更改print.coxph以使用printCoefmat例程，该例程导致更好的p值。其他打印程序将遵循，除非有人大声疾呼。（但我强迫signif.stars=FALSE：我对不良行为有其局限性。）

• 制作竞争风险小插曲的那些部分，这取决于cmprsk库条件。否则，生成将失败那些没有契约的人。

• 对于一组非常共线的函数，coxph函数可能无法收敛使用（启动、停止）数据时的预测；在测试用例中显示由G Borstrom发送。这是由于检查中的缺陷近无限系数，已经为一些但并非所有情况。(2015/6/3)

• 更新anova.coxph以使用model.frame.coxph函数；这个如果嵌入到函数中，则当前代码具有范围错误。添加使用pspline正确处理模型的anova.coxph.penal函数条款。

• 修复tmerge函数中的错误。使用选项该参数将产生虚假错误。

• 由于deparse（）问题，Pyear可能无法处理很长的公式。

• 添加因缺失而使用和删除的观察数送给summary.pyears。

• 允许组合空考克斯模型（右侧~1）以及捆绑时间的精确计算。从来没有人要求过这之前。(2015/3/25)

• 缩短survfit的默认打印输出。记录，n.max和n.start列通常是相同的：如果是这样，则禁止重复。

• 将anova.coxphlist函数从生存包移到考克斯。(2015/3/3)

• 更改髋关节模型的logLik方法，使nobscomponent是事件数，而不是数据。这对于后续方法（如AIC）来说更为优越。

• 在coxect.c例程中添加一个测试，以测试数据集是否过大；太多的绑定时间可能会导致整数溢出。“修复”错误这是不明智的：这样一个数据集的计算需要几十年的时间。在帮助页面中添加更多说明。

版本2.38-1中的更改

• 修复CRAN发现的触发堆芯卸载的错误在特定的手册页面上（但对我来说永远不会）。线性脆弱模型的预测因子包含NA值（不正确），导致survConcorance.fit失败。(2015/2/16).

• 在mgus数据集中发现错误（之后的进展死亡）。现在进行了更正，并为一些科目。

• 添加内嵌权重或偏移的错误检查。这是相应的到一个错误报告，有人故意这样做，试图模仿固化部分，然后发现survfit.coxph失败。

• 具有的考克斯模型不支持稳健方差“精确”近似。（请求很少，需要添加大量工作。）向clogit（）添加一条错误消息，以便用户收到更有用的通知这是一个问题，而不是来自residuals.coxph的后期错误。

• 更新大鼠数据集：现在包括雌性和雄性乱丢垃圾，以便与文档匹配。

• 如果x是一个因素，脆弱性（x）一词就会失效，而不是全部出现水平。西奥多·巴兰指出。

• 修正agfit4.c代码中“abs”而不是“fabs”的错误；CRAN向我指出。

• 替换过时的prmatrix函数的所有实例。

• 修改pyears以允许cbind（time，count）作为响应，当每次观察的计数为可能不是0/1。

• lines.survfit函数对于以下数据集不正确使用了start.time选项和xscale（它忽略了重新缩放开始时间。）

• 一个越来越常见的错误是用户将时间错误信念中coxph方程两边的变量这是一种创建时间相关系数的方法。生成针对这种情况的警告消息。

• 将basehaz函数更新为“survfit”的简单别名。以前的版本称为surfit，但只返回了部分对象。更新2/2015：恢复更改。结果是6依赖于生存的不同软件包也依赖于旧行为。

• 为strata（）的shortlabel参数设置默认值更加微妙。如果论点是一个单一因素，假设我们不需要在变量名前面加上级别。

• 返回权重向量（如果存在），作为survreg的一部分对象。

• 对于区间删失点和对称分布（高斯和逻辑）响应类型残差不正确。愚蠢的错误：需要（x-mean）/刻度不是x/刻度-mean。

• 对于具有的模型，鞅残差可能不正确（开始、停止）数据和pspline项。重构代码，以便所有可能的代码路径都调用同一个C例程来进行残差计算。为此案例添加新测试，并进一步测试以验证预测（type='expected'）和残差一致。

• 修复D Dunker指出的错误：如果模型同时具有tt（）和cluster（）表示它将因长度错误而失败。

• 修复plot.survfit中的一个罕见错误：如果多状态曲线上升并且然后下降到完全相同的值，该行将是不正确。

• 将对R_CheckUserInterrupt的调用添加到多个例程中，因此用户可以中断长时间的计算。

• 如果原始调用具有子集参数。R Fisher指出。2014年5月11日

版本2.37-7中的更改

• 从调整后的生存曲线渐晕图，应CRAN的要求+所需的捆绑包需要能够独立构建。）

• 修复生存曲线y轴范围计算中的错误只要“有趣”的论点可以产生无限值，例如，补充日志-日志图将1转换为-Inf。指出Eva Boj del Val.（在range（）调用中添加finited=TRUE）。

版本2.37-6中的更改

• 竞争风险曲线图可能有虚假的段。（在向CRAN提交2.37-5后3小时内发现。）

• survexp对象的lines方法默认为步骤功能，恢复已连接的行。

• 为tcut对象添加levels方法。2014年1月14日

版本2.37-5中的更改

• 在调整后的生存曲线上添加渐晕。

• 添加有关“类型3”测试的小插曲。

• 使tt（）函数在coxph公式外不可见。有人投诉与另一个包裹发生冲突并没有充分的理由让它成为一个全球性的名字。一年多前的一次R-devel讨论展示了如何实现这一点。

• 建模例程分为两部分，例如coxph集合建立模型，由coxph.fit完成工作。导出更多的“.fit”例程使其他包更容易构建在这个。

• 更新的model.matrix和model.frame逻辑考克斯。F Harrell的一张便条表明我说得不对有地层因素时赋值属性的处理互动。这导致了我错过的其他案例的清理但这从来没有被证明是致命的。还添加了对tt（）术语的支持独立的model.matrix和model.frame函数。（tt模型的残差仍然不可用，但这是一个为此迈出必要的第一步。）2013年12月26日

• Surv函数现在可以记住输入的属性传递给它的变量；它们保存为“inputAttributes”。例如，这允许rms包通过通话保留标签和单位。

• 更新summary.coxph.critic以生成一个对象，该对象反过来具有打印方法，即使其成为“标准”汇总功能。

• 为coxph和survfit对象添加logLik方法。

• 允许Inf作为间隔的结束时间Surv函数中的审查数据。

• 如果predict.coxph函数同时具有两个新数据，则该函数将失败和一个崩溃的论点。朱利安·博特指出。2013年9月25日

• Survexp现在可以根据分层Cox生成预期值模型。添加“个人.s”和“个人.h”选项以返回个人生存率和累积危险估计。现在（有时）的调查结果包括累计危险。这将得到扩展。2013年7月29日

  2

• coxpenal.fit例程中的更改代码：使用符号作为我的参数。C呼叫让新CRAN感到困惑一致性检查。新旧都是合法的R；但是老的无可否认，这是一个不寻常的结构，而且更容易更改。

• 修复Chris Andrews指出的survfit.coxph中的一个错误，他的根本原因是使用id选项时曲线标签不正确。2013年6月27日

• 添加rsurvreg例程。

• 更改survfit.coxph例程，以便检测新数据包含或不包含地层变量和行为相应地。如果新数据确实包含地层，那么输出将只包含由用户。在coxph程序中保留地层水平以供使用在调查程序中，正确重建地层水平。警告曲线与交互。2013年6月18日

• 为生存曲线添加暗淡方法。

• 对于使用istate选项的竞争风险曲线绘制的曲线现在以正确的（初始）流行率开始每个州。2013年5月22日

• survreg函数失败，“robust=T”选项。乔恩·佩克指出。添加了测试用例。2013年5月6日

• Kazuki Yoshida指出rep（）对Surv没有方法物体。这导致survSplit例程失败，如果数据框架包含Surv对象。2013年5月3日

• 根据Milan Bouchet-Valet的请求，解决survfit中的问题当OutDec选项设置为“，”时出现：它没有正确地将时间从字符转换回数字。

• plot.survfit函数现在遵循“cex”来确定用于审查观察的标记。

版本2.37-4中的更改

• type=expected，se=T，predict.coxph中的订阅错误，模型中的层、新数据和新数据中的多个层设置。克里斯·安德鲁斯指出。测试程序已经调整以在newdata中包含多个层。

版本2.37-3中的更改

• [.survfit中的小缺陷。如果“fit”有多条曲线fit$surv是一个矩阵，其中一条曲线只有一个观察值当“i”选择该曲线时，time，fit[i，]会折叠列，虽然它不应该。

• 更改了所有。C和。调用语句以使用每个R-core请求的“注册本机例程”。添加文件src/init。c（c）

• K Hoggart指出的plot.survfit中的错误–“+”审查观察的标志是打印一个生存时间正确位置的左侧。Eik Vettorazi发现另一个错误，如果时间是数字的矢量。这些是合并的结果由于图、线和点之间的一些差异此外，在测试套件中没有任何图形检查。

• 修复在survfitms中使用双下标的错误物体。

• 添加美国人口数据集，按年龄和性别列出年度总数2000年以后。它被命名为uspop2，因为已经有一个“uspop”包含1790年至1970年十年一次的总数的数据集。

• 并非所有地层Y/N和CI Y/N组合都在Daniel Wallschlaeger指出的quantile.survfit函数（一个if-else组合中缺少函数参数）。添加了一个新的测试例程，用于验证所有路径。

• predict.survreg帮助文件中的第一个示例需要I（^2岁）而不是年龄^2在模型中：R忽略第二种形式。（我几乎可以肯定这曾经奏效，也许在Splus中）。它还需要不同的绘图符号来实际匹配参考图。Evan Newell指出。

• 修复Ornulf Borgan指出的cch长期存在的问题导致不正确的标准错误。基础检查添加了coxph例程来处理越界指数版本2.36-6，与cch中使用的-100偏移量交互不良。它只影响使用（开始、停止）生存时间的模型。

版本2.37-2中的更改

• 通过对所有依赖于生存的软件包（其中158个）。

版本2.37-1中的更改

• 向Surv对象添加新的多状态类型。更新survfit例程来使用它。主要更改是添加在这种情况下有适当的方差。计划提供更多功能。

• 拆下fr_colon。R测试程序。它测试的能力在一个数字敏感的数据集上，已经被coxme取代，并且而且速度很慢。对于产生警告的其他几个测试消息，并且应该生成所述消息，添加额外的这样测试人员就会知道这是预期的。

• 该代码有几个“if.R”子句来适应Splus与R差异，主要是类与旧类的差异。这些现在正在当我遇到他们时，我会把他们移开；因为我们的机构不再使用Splus我再也不能测试这些条款的有效性了。

• 快速子集例程coxect.fit错误地返回了线性预测向量按（内部）排序，而不是数据集顺序。Koyama Tatsuki指出，影响了结果一个克洛吉特电话。2012年11月6日

• 杰森·劳指出，样本数据集“老鼠”来自Mantel等人的论文，但文档是用于数据的由盖尔、桑特纳和布朗拍摄。将Gail数据添加为rats2和修复了老鼠的文档。

• 对于type=“terms”的predict.coxph，使用“sample”作为引用选项的默认值。对于所有其他的默认值保留“地层”，即当前值。几乎总是传递类型术语进一步操作和每层定心可能会造成混乱向上：例如，termplot（）将不再显示平滑如果结果在地层中重新居中。

• 修复summary.aareg中的错误，如果maxtime选项用于不包括dfbeta选项。阿萨·约翰内森指出。

• 考克斯拟合函数将报告空模型的错误（没有X变量），如果init被指定为数字（0）而不是NULL。

• 更新描述和引文文件以使用新的R Journal中描述的“person”功能。同时添加根据R核心建议的ByteCompile指令。

• 允许一个普通向量作为survConcordance的左侧。

• 更新anova.coxphlist以拒绝具有稳健方差的模型。

• survfit函数具有未记录的向后兼容性它允许newdata参数是一个没有名称的向量。安Damon Krstajic的例子表明，当原始模型在公式中有一个矩阵。已删除该功能。（这是为了survfit.coxph。）还澄清了代码及其有关在何处发现的内容的文档–环境、公式、，以及eval的参数，它修复了xxx指出的问题其中，Surv调用的结果用于coxph公式。

• 修复Frank Harrell指出的summary.survfit中的一个问题。这个输出的阶层变量总是按排序顺序具有其标签，即使创造生存曲线的因素并非如此。（这是由于代码中调用了factor（）。）然后打印例程将按排序顺序列出曲线，这可能与用户的祝愿。曲线在数值上是正确的。

• 将anova.coxmelist函数添加到命名空间中，以便可见。如果某人有一个模型列表，其中第一个是coxph拟合，列表中包含coxme拟合，然后anova。coxph将是R调用的函数，它将调用anova.oxmelist。

• 修复一个由Yi Zhang和Mickael Hartweg指出的错误。如果考克斯模型使用了偏移量，那么预测的生存曲线使用newdata（当然还有offset变量）的错误，例如生存值>1。原因是括号放错了位置。Langholz最近的一篇论文展示了如何从使用偏移量的病例对照数据，似乎突然出现了这种情况功能流行。

• 根据与Yi Zhang的进一步互动NAMESPACE文件中的S3methods中缺少：as.matrix.Surv，model.matrix.coxph、model.matricx.survreg、model.frame.survreg。

版本2.36-14中的更改

• 在上一个版本中，考克斯被认为是一个修饰性的改变导致右侧带有“.”的公式失败。修复此问题并将带有“.”的案例添加到测试套件中。

版本2.36-13中的更改

• 添加anova.coxmelist函数。这是生存之道因为“anova（fit1，fit2）”在以下情况下有效fit1是coxph，fit2是coxme对象，这种情况会导致通过anova.coxph调用的函数。

• 关于pspline函数的“predvars”处理的更多工作，用于预测调用时。将此项的新测试添加到套件中，和命名空间的makepredictcall方法。修复了C Crowson指出的一个错误。

• 反对考克斯的“稳健”选择。当有每个受试者进行多次观察几乎肯定是错误的要做的事情是，在添加“集群（id）”术语时执行正确的操作事情。当每个主题只有一个obs时，这两种方法都有效正确地。

• 将输出结构的文档添加到aareg帮助中文件。

• 更改ratetableDate，使其仍然允许使用chron对象，但不需要chron库。这消除了来自包检查的警告消息，但也是合理的对垂死挣扎的一揽子计划的支持策略。（一些本地用户保留数据集。）

• 修复summary.survfit中的一个bug以实现多比例生存对象。如果其中一条曲线在应用times参数，输出标签的长度错误。

• 修正查尔斯·贝里指出的错误：预测考克斯模型具有分层，并且分层是一个不包含所有分层的因素数据中表示的级别。我在订阅时出错了逻辑：组数不等于max（as.integer（strata））。

• 为避免2.36-6中的指数溢出而进行的更改一种特殊用途的失败：以防队列设计假人一些观测值可以加上-100的偏移量。这就是四舍五入。解决方法是1：使coxsafe不截断小指数和2：不要重新输入用户提供的偏移值。

• 修复survfit.coxph中的错误。由于索引错误，我会有时在中间创建一个巨大的抓取向量计算（大小=“id”的最大值）；最终结果总是但是，请更正。Cindy Crowson提供的数据集用户id以十亿计。

• 修复Nicholas Horton指出的错误：预测从没有地层的考克斯模型中期望的类型（带有新数据）语句将失败，并显示“找不到x”。括号放错位置之前的更新导致它甚至无法重新创建X矩阵尽管后来需要它。还要向添加更多信息预测手册页面，用脆弱的术语澄清问题。

版本2.36-12中的更改

• 修复新快速子集代码中的错误。测试套件没有地层+很多平局时间的例子，所以这当然是我出现索引错误的情况。使用clogit函数，用于执行此操作。

• survexip的进一步内存调整。

版本2.36-11中的更改

• 提高survevexp的效率。正在修改X矩阵在多个位置，导致数据的多个副本。当数据集很大，这将导致内存不足。

• 使anova.coxph在模型列表中调用anova.come同时具有coxph和coxme对象。

• 添加quantile.survfit函数。这允许用户从拟合曲线中提取任意分位数（和标准误差）。

• 修复predict.coxph中的错误。当模型有地层时并且使用了newdata和reference=“sample”参数会（错误地）要求在新数据集中输入地层变量。

• 结合Gail等人的快速子集算法，当使用带有“精确”选项的考克斯。速度的提高是深刻的尽管这是以牺牲一些内存为代价的。在clogit例程的文档。注意，快速计算尚未实现（启动、停止）考克斯模型。

• 将舵手使用的C程序从更改为。C至。呼叫语义以提高内存效率，尤其是减少副本X矩阵的。

• 将缩放添加到上述例程中。这是由用户提示的其中一些变量的范围为0-1，其他变量为0-10^7，导致方差矩阵中的精度为0位数。（经济数据）。

• 注释掉一些特定于Splus的代码部分。这减少了R CMD检查中“找不到功能”警告的数量。

版本2.36-10中的更改

• 2011年9月30日：na.action参数在中被忽略预测羰基化；辛迪·克劳森指出。

• 当有模型中的事例权重。对于任何给定数据集，因此对测试或推断没有影响。错误Robert Kusher指出了纠正措施。

• survpenal.fit中的变量名不正确。这是在一个使用Carina Salt之前从未遍历的程序路径survreg使用psline（…，method='aic'）调用，导致“未找到变量”消息。

• psline中的标点错误使用户无法指定boundary.nots参数。布兰登指出斯图尔特。

• 将“id”变量添加到survobrien的输出中。

• 对于只有一条曲线的曲线，survfitCI例程将失败跳点（矩阵折叠成向量）。

• 修复coxph模型同时具有通过协变量交互作用和聚类语句进行分层。这个未按应有的方式从Terms对象中删除群集术语已导致虚假的“找不到变量”错误。指出Eva Bouguen著。

• 如果一个带有惩罚项（虚弱，pspline）的髋关节模型如果有多余的协变量，则线性预测值将返回为不适用。Pavel Krivitsky指出。

版本2.36-9中的更改

• 由于我提交给CRAN的脚本中的一个错误下面的2.36-8实际上并未提交给CRAN。

• 修复survreg.distributions中的Cauchy示例中的错误詹姆斯·普莱斯（James Price）指出的帮助页面。

• 更新coxph.getdata例程以使用model.frame.coxph和model.matrix.coxph方法。

• 将不合格模型的一致性统计数据添加到打印输出中。

版本2.36-8中的更改

• 方差计算中的单位化变量一致性。Brian Ripley在平台上交叉检查发现。

• 将testci更改为使用cmprsk结果的固定文件而不是动态调用该程序包。CRAN建议维护人员。

版本2.36-7中的更改

• 由于R 2.13默认打印输出的更改测试程序以微不足道的方式改变（增加或减少一个数字）。更新必要的测试/___。Route.save文件。根据核心团队的建议将包的依赖项标记为>=2.13。

版本2.36-6中的更改

• A Drummond中的一个例子导致了考克斯：x=c（1,1,1,0,1，rep（0,35）），时间=1:40，状态=1。第一个迭代超越了解决方案，并到达了一个几乎完美的loglik曲面的线性部分，进行了第二次迭代转到一个很大的数字，exp（）就会溢出。健全性检查例行程序coxsafe现在在线性预测器的所有值上被调用。

• 4月1日：修复survfit中的小错误。对于左删失数据如果所有被审查的左翼都在最左边，那么它会给出一个尝试创建0行矩阵时出现虚假警告消息它不需要也不使用。Steve Su指出。

• 2011年3月31日：r_sas测试中的一个图是错误的（我已经有很长一段时间没有目测这些了）。错误处于predict.survreg状态；它没有考虑到R2.7.1：只要一个截距属性重置为1为terms对象下标，导致模型的结果不正确公式中带“-1”和strata（）：返回截距移除地层时。我利用这个机会将逻辑转换为model.frame.survreg和model.matrix.survreg功能。对model.frame.coxph和由于更好地理解了xlevels处理。

• survfit中的舍入错误问题：它使用了唯一（时间）和表（时间），而得到的唯一值的数量不是保证在相差很小的时间内保持一致。现在，时间首先被转换为一个因素。来自R的彼得·萨维基核心团队对这个问题进行了很好的讨论，并帮助了我阐明如何最好地处理它。第一次舍入的优先修正对于几乎所有的数据集来说，15位数就足够了，除了上周一位本地用户发现了一个。

• Micheal Faye指出的print.survfit中的舍入错误。如果生存值真的是.5，但由于四舍五入，则为.5 eps打印出来的中位数是错误的。但对于0.5+每股收益来说，这还可以。简单if-then逻辑错误。

• 修复survfit中的错误。它在中使用unique和table不同的地方，它们的周围不一样；我添加了一个代码的预舍入步骤。范春的数据集表明我绕得不够远。但之前的四舍五入确实对时间2vs（sqrt（2））^2：这个错误很难产生。我现在使用as.numberic（as.character（factor（x））），它会精确地导出与表相同的舍入，因为它是相同的计算路径。

• 对pspline的进一步更改。新的Boundary.knots参数允许用户在数据范围内设置边界节点。需要该范围外的外推代码，本质上是在ns（）中为同一问题找到的代码的副本。还添加了psplineinverse函数，它可能对coxph中的某些tt（）调用。

• 2011年3月10日：添加与时间相关的功能转换为coxph，以及描述用法的小插曲功能的。该代码尚未完全纳入模型有效，但其他方法（残差、预测等）尚未定义。

• 2011年3月8日：扩展surveConcordance功能。功能现在可以正确处理分层和时间相关协变量，以及计算估算的标准误差。所有计算都是基于关于平衡二叉树结构，它导致在O（n \ log_2（n））时间。这个考克斯函数现在将一致性添加到其输出中，并且汇总.coxph显示结果。

• 2011年3月8日：将“reference”选项添加到predict.coxph，a斯蒂芬·邦德指出的特点和需要。

• 2011年3月4日：为pspline（）添加makepredictcall方法，该方法反过来，需要将Boundary.knots参数添加到功能。

• 2011年2月25日：Norm Phillips指出了阴蒂虫。如果受试者开始的时候是“不在桌上”的时间，他们的年龄不是当他们前进到下一个“in表”单元格。这可能导致使用错误的费率表中的预期费率。

版本2.36-5中的更改

• 2011年2月20日：更新survConcordance以正确处理案件权重、时间相关协变量和层次。

• 2011年2月18日：用户在predict.coxph中发现错误（1天后36-4!). 如果coxph调用有一个子集并预测使用的新数据，子集子句在newdata构造中被“记住”，这是不合适的。

版本2.36-4中的更改

• 2011年2月17日：修复为predict.coxph。只是一个小错误如果考克斯模型的x=T，则进行测试rankhazard包。向测试套件中添加了要测试的行这是将来的事。

• 从测试和src中删除了一些不再需要的文件。

• 根据Kurt H的建议更新配置脚本。

版本2.36-3中的更改

• 2011年2月13日：将rmap参数添加到pyears，就像对surveexp，并更新手册页面和示例。修复最后一个错误在predict.coxph中（na.action用法）。通过所有测试是否包含在下一个R版本中。

• 2011年2月8日：将新survfit.coxph.fit例程的名称更改为survfitcoxph.fit；R把它误认为是一种调查方法。修复predict.coxph中存在新数据参数时的错误，包括添加另一个测试程序。

• 2011年2月1日：修复Heinz指出的coxph和survreg中的漏洞Tuechler和dtdenes@cogpsyphy.hu独立地，这是相同的两个程序中的错误行。通过相互作用，非enalized由于矢量长度不匹配，该术语可能被标记为惩罚，导致代码稍后出现虚假错误消息。

• 2011年2月1日：更新survfit.coxph以处理地层情况协变量相互作用。所有以前的代码版本都做到了这一点错了，但这是一个非常罕见的案例（由Frank Harrell发现）。添加了一个新的测试程序coxsurv4。在[.survfit；中还发现了一个bug，用于由survfit.coxph，它可以在订阅时删除n.centered项。修复了coxph中的一个小问题：当iter=0时，输出系数即使方差为单数。

• 2011年1月30日：将noweb文件移至顶层目录安装/。它们不需要复制到二进制安装。

• 2011年1月22日：将Changelog文件转换为新的inst/NEWS。道路格式。

• 2011年1月1日：match.ratetable在传递数据时将失败带有字符变量的帧。Heinz指出了这一点图奇勒，他也做了大部分跑腿工作来找到它由前几行测试/jasa触发。R（预计<-….）设置选项（stringsAsFactors=FALSE）时。

版本2.36-2中的更改

• 2010年12月20日：为survfit.coxph添加更多测试用例，这导致了代码的重大更新。

• 2010年11月18日：在考克斯输出和打印输出中添加nevent对长期用户请求的响应。

• 2010年12月14日：为Surv对象添加as.matrix方法。

• 2010年11月11日：之前的更改打破了5个包：依赖关系形成了更大的测试套件比我的好！1.稀疏coxph模型的生存曲线脆弱适应；修复并添加了一个新的测试用例。2.survexip可能失败，如果由于作用域错误，从函数内调用。3.“Tsiatis”曾经是survfit.coxph的有效类型（“aalen”的别名）；现在已从中删除文档，但代码需要向后兼容。其他两个在调用生存的程序包中解决了冲突。还有与Frank H一起制定的rms包存在问题。

版本2.36-1中的更改

• 2010年10月27日：完成对新代码的更正和测试。现在一切都过去了支票。predict.coxph例程现在执行分层和标准错误正确地说，各种因素都会影响预测解决了错误。Cox模型的预测生存曲线在noweb中重写并扩展。将版本号更改为2.36-1。

• 2010年10月17日：根据Frank Harrell的请求（与他的图书馆互动），survfit.coxph不再重建模型框架，除非它确实需要它：在某些情况下，“x”和“y”矩阵可能就足够了保存在结果中。将参数“mf”添加到model.matrix.coxph以了解更多信息父例程已恢复模型时的有效交互框架。一般来说，我们试图在许多例程，以便其中包含的逻辑（移除cluster（）调用）在地层外，如何处理拦截）不需要复制到多个地点。

• 2010年10月12日：修复修改后的survfit下限中的一个错误（Dory&Korn）。逻辑向量被无意中转换为数字。指出安迪·马克林（Andy Mugglin）。测试套件中添加了一个新案例。

版本2.35中的更改

• 2010年7月15日：为logLik函数添加coxph方法。这由使用AIC功能，并由用户请求。

• 2010年7月29日：修复pyears中的2个错误。美国汇率表的检查被取消（对计算有轻微影响），有人打电话给朱利安原点参数可以是向量。

• 2010年7月21日：修复用户指出的问题：调用survfit绑定时间，例如c（2，sqrt（2）^2），可能会导致不一致的结果。一些部分代码将这些视为每个unique（）函数的两个唯一值，其中一些使用table（）的结果作为单个值。我们现在对输入进行预舍入乘以最大值的小数位数。机器$double.digits。还添加了noweb。来自coxme包的R处理函数，以便可以在安装过程中使用“动态”提取noweb代码配置和清理脚本中的命令。

• 2010年7月11日：重写了survfit.coxph的大部分代码。主要好处是1：最终跟踪并消除了标准错误的bug病例权重+Cox生存+Efron方法；2：个人=真和假选项现在对曲线使用相同的底层代码，之前有一些选项仅对其中一个有效；3：使用noweb重写代码文件数量大幅度增加；4：验证期间过程在测试套件中发现了一些错误并进行了更正，例如我书中的输入错误导致了第4.R卷中的全等式测试的失败。类似对于几年前为survfit重写的代码来说，新代码的用途要少得多第个，共个。C有助于提高透明度。

• 2010年5月21日：修复summary.survfit中的错误。对于Cox模型的生存曲线对于start、stop数据，times参数将生成错误。

• 2010年5月24日：修复summary.survfit中的一个烦恼。当生存数据在时间0发生了事件或审查，并使用times参数调用summary，那么我对approx（）的构造调用将具有重复的x值。答案一直都是对的，但approx已经开始打印一条令人讨厌的警告消息。对构造的参数向量进行一点更改就可以避免这种情况。

• 2010年4月7日：Fredrik Lundgren指出了一个小错误。如果方法是KM（默认），error=Tsiatis是错误消息结果。简单修复：代码进入错误的分支。

• 2010年2月24日：Kevin Buhr指出了严重的错误。In Surv（时间1，时间2，统计）如果i）时间1和/或时间2中存在缺失值，ii）非法值time1>=time2的集合，以及iii）ii的所有实例都不在前面如果是i的实例，那么错误的观察结果（不是非法的）将是被扔掉了。已修复，并添加了新测试。对3个测试文件进行了小更新：survreg2、testci、ratetable。

• 2010年2月8日：Heinz Tuechler指出Bug–如果从删除了“type”属性的费率表，例如survevexp.usr[，1，，]。

• 2010年1月26日：应亚历克斯·博科夫的要求，添加了xmax、xscale和fun指向点survfit的参数。

• 2010年1月26日：修复Thomas Lumley指出的错误–案例权重<1 a Cox带有（启动、停止）输入的模型将不恰当地决定它需要做什么步骤减半以找到解决方案，最终未能收敛将loglik>0视为故障指示，但对于小箱重量。设L（w）是每个人都在的数据集的对数给定w的权重，则L（w）=wL（1）-d log（w），其中d=年死亡人数数据。对于足够小的w，L（w）的正性是确定的。

• 2010年1月25日：修复Heinze Tuechler指出的汇总表中的错误。补充对测试套件的函数调用。

• 2009年12月15日：两名用户指出了一个bug，该bug通过一个集群语句，当t（x）修复，但作为回应，我添加了另一个测试，更正式地检查dfbeta残差，并发现了多重情况下的主要疏忽地层。

• 2009年12月14日：1.如果级别中缺少值，则修复脆弱.xxx中的错误它以“长度（唯一（x）”计算（脆弱性在NA之前被称为脆弱拆卸。）2.SurvfitCI的病例权重CI不正确，3。在里面survreg调用resid而不是residuals.survreg.在类之前已附加。

• 2009年11月11日：“type”参数对plot.survfit没有意义。（如果type='p'，应该绘制step函数的顶部、底部或两者？）。在响应R-help查询时明确禁止，而不是当前出现的令人困惑的错误消息。

• 2009年10月28日：basehaz函数将重新排序地层标签因素。实际上不是一个bug，而是一个“为什么这样做？”字符->因子转换。

• 2009年10月1日：修复Ben Domingue指出的错误。有一个if-then-else在weighty.controldf例行程序中逐步牵手的途径不存在的变量。很明显，这是一条很少走的路明显的修复。更新的数学很好。

• 2009年9月30日：对于coxph和model.matrix.coxph，重新连接删除截距时，X矩阵中的属性丢失，即X<-X[，1]。特别是，一些下游库依赖于assign属性。对于predict.coxph，删除先前的编辑，以便使用单个变量模型+type='terms'返回矩阵，而不是向量。这是预期的termplot（）函数。它导致了测试套件中的大量更改然而，由于更多的“矩阵”打印结果。

• 2009年9月4日：添加了model.matrix.coxph和model.frame.coxph方法。这个model.matrix.default函数有时不再适用于coxph模型介于R 2.9和2.9.2之间（最佳猜测）。这不是在测试中发现的套件，而不是3个依赖于生存的包的失败。还添加了测试。更新CRAN，因为这破坏了其他人的程序包。

• 2009年8月20日：对predict.coxph的又一个修复。它需要使用delete.response（Terms）而不是Terms，以便不查找（不必要的）使用newdata参数时的响应变量。迈克尔指出康克林。

• 2009年8月17日：Frank Harrell指出survfit.coxph.null中的小错误。这个如果输入数据包括地层，即最初的模型使用了x=TRUE。他还指出了解决办法。

• 2009年6月10日：修复Nick Reich指出的错误，他是第一个使用间隔删失数据+survreg中用户定义的分布。那里没有测试用例，创建一个测试用例就发现了几个错误（但仅限于此组合）。所有错误案例都导致了灾难性故障很少有用户请求这种组合。

• 2009年6月2日：NA的Surv（time1，time2，status，type='interval'）将失败状态代码。阿希姆·泽卢斯指出。

• 2009年5月22日：允许单下标评分表，例如survevip[1:10:。返回一个简单的值向量。str（）函数这样做是为了打印简短的总结。Heinz Tuechler指出的问题。

• 2009年5月21日：创建因子变量测试用例/newdata/predict for coxph和survreg。这导致了一系列小的修复；代码现在符合模型功能的R标准。一个结果是model.frame.coxph和model.frame.survreg不再需要，因此已被删除。

• 2009年5月20日：survfit的手册页令人困惑，因为它试图记录标准KM（公式法）和coxph法。我已经把它们分开，以便survfit只记录基本方法和要点适当的专用页面。

• 2009年5月1日：anova.coxph函数对于具有地层的模型不正确术语。修正了这个问题，并使chisquare测试成为默认测试。

• 2009年4月22日：coxph代码覆盖了iter和eps，使得对于受到惩罚的模型，它们会更加严格。然而，总体默认值随着时间的推移发生了变化，因此这些线实际上降低了精确度与他们的意图相反。拆下管路。还删除了iter.miss和来自coxph.control的eps.miss组件（此检查依赖于该组件）使该函数与其文档匹配。

版本2.34及更早版本中的更改

TMT源代码树与Lumley代码树的合并

• 重新整合梅奥和R代码的问题/决定：对于大多数例程，从Lumley代码开始并添加塞尔诺修好了。这是因为汤姆扩大了很多部分匹配，例如，TT代码中的fit$coef与fit$系数。使用的例程当然，重大变化是一个特例。最常见的更改是使用is.R（）构造来选择类与旧类。

• 额外费用。R： 将anova.coxph和anova.oxphlist移动到它们自己的位置源文件。代码的其余部分仅为R。

• surfsum:已从包中删除

• survreg.old：已从包中删除

• 调查：取消“无1配方”选项允许对曲线重新排序的梅奥代码将R“basehaz”函数作为单独的源文件分开

• survfit.km.s：的主要更改没有复制到R中，因此许多变化。对于同一个参数，R有“new.time”和Splus“start.time”。允许它们都是同义词。输出结构也发生了变化：适应新的结构。这主要是一些组件中的名称更改，删除由不同的程序员。

• coxph.s:TMT代码最终修复了“尚不能（尚未）使用案例权重”问题。意图和执行必须已经有10年了。

• survevexp.s：从R中添加“bareterms”函数，它取代了之前使用的terms.inter（在Splus中，但不在R中）。

• survdiff.s:R代码具有旧的（不正确的）预期<-sum（1-offset），因为已更正为总和（-log（偏移量））。

• 考克斯：这真是一团糟，因为我和汤姆独立完成了添加了print.summary.coxph函数。下面，TMT的意思是在Splus代码中的选择，TL意味着它是R中的选择1.将coef=T参数放在print函数中，而不是summary（TMT）2.将输出名称从coef更改为coefficients（建议Peter Dalgaard）。还将R的一个列名更改为Pr（>|z|）。3.删除“icc”组件（TMT）引用的最后痕迹4.结果（TL）中不包括score、rscore、naive.var5.在结果中包含loglik（TMT）6.计算摘要中的测试统计数据（loglik、Wald等）函数而不是在print.summary函数（TL）中7.从摘要中删除数字选项，它属于print.summary。（两者都不是）

• strata.s:R代码添加了一个sep参数，这没关系R将字符串NA更改为as.character（NA）。不太好1.无法使用Splus，2.这是一个设计用于打印的标签，所以它应该是一个字符串。

• residuals.coxph.s:R添加了type='partial'。（我不太喜欢，从它们的统计特性来看。但它们是合法的，我认为有人要求他们）。

• print.survfit.s：作为一般生存重写的一部分重写。创建功能“survemean”完成了大部分工作，并由印刷品和总结，以便“print”中的值现在可用。修复minmin函数：min（NULL）在Splus中给出NA，这是正确的答案是一个不可估计的中位数，但R中的Inf要明确处理这个问题案例，并添加一些评论。R有print.rmean选项，这已扩展为更通用的选项允许设置截止点的rmean选项。R添加了一个带有3个选项的print.n选项，我的代码包含了输出。

• lines.survfit.s：S版本有一个新的代码块，用于猜测更多“firstx”当它不见的时候。（或者，有人希望是更聪明！）

• 考克斯对照：R代码的公差（eps=1e-9）比Splus（1e-4）更严格迭代次数越高（20次对10次）。将eps设置为1e-8，iter设置为15，主要是向世界弯曲。越紧越好迭代是有道理的，但我仍然认为Cox模型需要大于10如果你给它100次，迭代就不会结束。似然面几乎是接近最小值的完美二次曲线。（根据调查，情况并非如此方式）。

• ：在Surv中，Mayo代码在无效状态值或启动、停止对，而不是停止和错误消息。这是为了例如，允许考克斯（Surv（时间1，时间2，状态），子集=（好线）成功，当“goodlines”是具有正确值的子集时。

较旧的更改

• 7月25日：真尴尬——有人指出我有戴夫Harrington的名字在survfit.coxph选项中拼写错误！

• 2007年7月9日：在一个有偏移量的模型中，survreg错误地忽略了偏移量从返回的linear.prector组件。

• 2007年5月10日：更改summary.coxph，使其返回类的对象summary.coxph，并为该对象添加打印方法。

• 2006年6月22日：更新match.ratetable，以便现在有更多自由匹配允许。例如，“F”、“F”、“female”、“FEMA”等现在，所有人都考虑与survevexp.us中的dimname“female”相匹配。

• 2006年4月26日：修复Bob Treder指出的summary.survfit中的错误。使用如果选择times选项，n风险的值对于“介于两者之间”是错误的次数；例如，数据在10倍时发生事件和/或审查，20,... 我们要求在15点打印出来。它应该给出n风险20，它在时间10返回值。有趣的是，代码对这个案例的非常仔细的处理，以及评论中的“正确答案是”部分评论是错误的！因此，代码正确地计算出了一个错误的答案。添加了另一个测试用例到测试套件，survtest2。

• 2006年4月21日：修复Thomas Lumley指出的[.survfit中的问题。如果fit<-survfit（Surv（时间，状态）~ph.ecog，肺部），然后fit[2:1]做了没有正确地对输出重新排序。我从未试过把以非递增顺序排列的下标。

• 2006年2月7日：修复coxph迭代中的一个问题（coxfit2.c、coxfit15、agfit3、，agfit5，agexact）。它很可能再也抓不到任何人了，即使我并没有解决这个问题。在特定的数据集中，β超调和步长减半已调用。在步骤减半期间，发生了一个loglik，它是在前一步loglik的eps内，程序错误地决定，它已经收敛了！（一条漂亮的二次曲线，对所需曲线最大值的左侧。下一个猜测b2出局并结束以较低的loglik向上，位于最大值的右侧b1和b2的中点，以及这个猜测，仍然在最大值的右边（仍然太大）具有与b1完全相同的y值，但在另一侧b1的最大值。“最后两次猜测给出了相同的答案，我完成了”例程）。

• 2005年9月27日：发现并修复了survfit中的一个严重错误。当方法='fh2'且有多个组，我有一个订阅错误，导致向量应该是相同的长度，但实际上并不是，传入C。结果曲线明显错误——存活率急剧下降到零。

• 5月5日：将drop=F arg添加到survfit.coxph中的一个订阅选项中。温度<-（矩阵（surv$y，ncol=3））[ntime，，drop=F]如果在最终输出中只选择了1个时间点（1行），则代码将失败。辛迪·克劳森指出。

• 2005年4月18日：survfit.turnbull中的Bug。地层变量不是填充（每条曲线的点数）。如果有多条曲线立即生成，即在~in的右侧公式，所有下游打印/绘图功能都将无法工作结果。

• 2005年2月8日：修复is.ratetable中的小错误，于2004年11月24日推出：（今天是我第一次添加到标准库，因此结束使用非冗余模式。）

• 2005年2月8日：将data.frame参数添加到pyears。这会导致输出包含一个数据帧而不是一组数组。它有助于使用泊松回归对数据进行进一步处理。

• 2005年2月7日：修改后的print.ratetable更加有用。现在它告诉我们关于费率表，而不是打印其所有值。

• 8月04日：修复survefit.turnbull中的一个小错误。如果还有人在第一次审查之前任何其他类型的时间点（间隔、精确或右删失），从“最右-左删失时间”开始绘制的曲线高度到“最左边的事件时间”，即左边的平尾，是在高度错误。为此向testreg/reliability.s添加了另一个测试。

• 2004年11月24日：更改is.ratetable以提供更长的消息