snplinkage：单核苷酸多态性连锁不平衡可视化效果

多达数百个单核苷酸多态性（SNP）的连锁不平衡可视化，用染色体位置和基因名称注释。有两种类型的图可用于少量SNP（<40）和大量SNP（测试可达500）。两者都可以通过结合其他gg图进行扩展，例如关联研究结果，并且功能可以直接可视化SNP选择方法的效果，如次要等位基因频率过滤和TagSNP选择，以及第二个相关热图。SNP相关性是使用“SNPRelate”包在来自“GWASTools”包的基因型数据对象上计算的，这些图是可定制的“ggplot2”和“gtable”对象，并使用“biomoRt”包进行注释。使用方法详见附带示例数据的渐晕图，1200次扫描中多达500个SNP的结果见Charlon T（2019）<doi:10.13097/存档ouverte/unige:161795>.

版本：	1.2.0
取决于：	R（≥2.15），GWA工具(≥ 1.10.1)
进口：	生物反应器,奶牛场,数据表,gdsfmt公司,ggplot2,gg排斥、网格、gr设备、，gtable表,针织物,马格里特，方法，并行，重塑2,SNP关联，统计，实用程序
建议：	rmarkdown公司,测试那个
出版：	2024-09-09
内政部：	10.32614/CRAN.包装.悬挂
作者：	托马斯·查伦[aut，cre]，卡尔·福纳[aut]，亚历山德罗·迪卡拉[aut]，杰罗姆·沃伊西克[aut]
维护人员：	托马斯·查伦（Thomas Charlon）
错误报告：	https://gitlab.com/thomaschln/snplinkage/-/issues网站
许可证：	GPL-3公司
网址：	https://gitlab.com/thomaschln/snplinkage
需要编译：	不
材料：	新闻
CRAN检查：	snplinkage结果

文档：

参考手册：	snplinkage.pdf文件
渐晕图：	其他数据格式和自定义(来源,R代码) SNP连锁不平衡可视化(来源,R代码)

下载内容：

包源：	snplinkage_1.2.0.tar.gz
Windows二进制文件：	r-devel公司：snplinkage_1.2.0.zip，r版本：snplinkage_1.2.0.zip，r-oldrel：snplinkage_1.2.0.zip
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：snplinkage_1.2.0.tgz，r-oldrel（arm64）：不可用，r-release（x86_64）：snplinkage_1.2.0.tgz，r-oldrel（x86_64）：不可用
旧来源：	snplinkage存档

链接：

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