命令行参数

重组

• -r<r><L>：将复合速率设置为R=4无第页所有位点到L碱基对的长度。第页是每个位点上的预期重组数生成。
• -l<l>：使用近似而不是模拟确切的ARG。在长度为的滑动窗口内我碱基对建立谱系时考虑了所有的连锁信息。收件人位置超出此窗口时，某些链接将被忽略。设置l=0生产SMC’和l=-1停用近似值。由于v1.6.0，还可以指定窗口的重组数量的长度。为此，请使用-l<x>r，其中x是重组数（例如-100升对于跨越100个重组的窗口）。也从1.6.0版开始近似由启用违约使用500的保守窗口长度重组。对于大多数应用程序，可以减少这一点如果运行时是一个关键因素，则值为100-250次重组。

人口结构与迁移

在所有命令中，迁移速率M=4无米，其中米是人口中被替换为每一代都有来自其他人口的移民（展望未来时间）。

• -我<npop><s1><sn>[<M>]:将孤岛模型与非营利组织人口，其中第1页到锡单倍型分别从种群1到种群n取样。可选地假设对称迁移率为M（M）.
• -M<M>：假设对称迁移率为M/（npop-1）.
• -m<i><j><m>：设置迁移人口比率j个到人口我到M（M）（向前看）[自第1.3.1节起]。
• -ma＜M11＞＜M21＞<M21>。。。：设置迁移矩阵（维度为净功率x净功率). 对角线元素被忽略但却是必需的（您可以使用x个或0).

人口规模变化

对于人口的指数增长/下降，参数一根据公式改变人口数量N（s）=N（0）exp（-as），其中N（0）是命令发出时的人口数量（例如0对于-g<a>和-G＜a＞和t吨对于-例如<t><a>和-eG<t><a>)和N（秒）是的大小人口秒过去的时间单位。展望未来时间，一个积极的一导致人口增长，而其中之一是人口数量下降。

• -n<i><n>：设置当前大小人口我到_n*N0_。
• -G<a>：设置所有人口到一.
• -g＜i＞＜a＞：设置指数增长率人口总数我到一.

摘要统计信息

• -t<$\theta$>：将突变率设置为\（θ=4N_0u\），其中u个是每个基因座的中性突变率。如果提供了此选项，scrm生成隔离站点输出。
• -转座片段或--转座片段：如果给定，隔离位置为打印时，每行代表一个变异和每列代表单倍型，而不是相反。此外，报告发生突变的时间（单位：4 *无代）[自v1.7.0起]。
• -T型：以newick格式打印本地系谱。
• -O（运行）：在中打印本地系谱定向森林格式如中所述凯莱赫等。(2014)[自1.2版起]。
• -L（左）：打印每个树的TMRCA和本地树长度段（与ms的行为不同）。这两个值按合并比例缩放时间单位，例如in4*N0号几代人。
• -oSFS公司：打印站点频谱。需要这样做突变率\（\θ\）已给定使用“-t”选项。
• -SC[ms|rel|abs]：序列位置的缩放。要么相对于0到1之间的轨迹长度(相对),碱基对中的绝对值(防抱死制动系统)或毫秒的缩放比例（默认）其中隔离场地输出是相对的，树输出中的位置是绝对的(毫秒)[自1.3.0版起]。

其他选项

• -种子<seed>[<SEED2><SEED3>]:指定模拟的种子。您最多可以输入三个非负数。如果没有给定种子，scrm将使用操作系统提供的熵。复制上一个模拟时，使用输出第二行中的单个数字。
• -打印模型，--打印模型：打印有关的信息由命令行参数定义的模型，包括计算的人口规模。可用于调试或验证模型[自1.5.0版起]。
• -p<数字>：设置有效数量输出中使用的数字[自v1.4.0]以来]。
• -小时,--帮助：打印帮助文本。
• -v（v）,--版本：打印版本信息。

人口结构与迁移

• -eI<t><s1><sn>：示例第1页到锡单倍型来自人群1到n个分别在时间t吨.
• -eM<t><M>：假设对称迁移速率M/（npop-1）时间t吨.
• -em<t><i><j><M>：设置人口迁移率j个到人口我到M（M）（及时展望）t吨[自第1.3.1节]。
• -ema<t><M11><M12><M21>。。。:设置迁移矩阵t吨（尺寸为净功率x非营利组织). 对角线元素被忽略，但却是必需的（使用“x”或0）。费率从以后开始适用t吨.

人口规模变化

• -eN<t><n>：设置所有种群在时间上为_n*N0_t吨.
• -en＜t＞＜i＞＜n＞：设置大小人口我到n*N0_的时间t吨.
• -例如<t><i><a>：设置指数人口增长率我到一时间t吨.
• -eG<t><a>：设置指数增长所有人口的比率一时间t吨.

人口分裂与合并

• -es<t><i><p>：人口外加剂。替换分数1便士人口的我来自一个群体的单倍型npop+1技术上（和回顾过去），一个新的群体n+1具有大小无在时创建t吨.迁移（到和从）和这一人口的增长率最初为0。中的每一行人口我有可能被转移到新的人群中1便士.请排序倍数-秒他们的论点是时候避免混淆人口数量了。请给予影响整个人口的争论(-M（M）,-N个,-G公司&-马)在给予之前第一个-秒。此外，它们的定时等价物(-eM公司,-电子鼻,-eG公司,-电子标签&-电子邮箱)在命令行事件上的位置也必须按时间排序，至少相对于-秒参数。供应链风险管理如果不满足任何这些条件，则抛出错误。如果有疑问，只需按时间对所有命令行参数进行排序。
• -eps（每股收益）：部分外加剂。类似-秒但替换了一个分数1磅人口总数我来自群体的单倍体j个时间t吨。不同于-秒，人口j个是一个正常的种群，有时会继续存在最近比t吨。从时间的角度来看，这会移动一小部分1便士人口中的种族我到人口j个这不会改变人口数量任何形式的规模、增长或迁移率[自v1.5.0以来]。
• -ej<t><j><i>：添加人口专业化事件我创造人口j个（及时向前）。从技术上讲（并向后看时间），它从种群中移动所有行j个到人口中我时间t吨.人口迁移率j个设置为0，用于更早以前的时间。

当有多个锿,每股收益或电子工程师同时给出了参数t吨，迁移是按发出命令的顺序执行。例如，如果我们有-es 0.08 2.2-ej 0.08 3 1，流行音乐2的前80%转向一个新创建的pop3（向后看），然后每个人刚移动到弹出3移动到弹出1。这相当于-每股0.08 2 1.2，但后者不会创建空置人口3。