scaper:单细胞转录组学-细胞因子活性预测和估算

使用“CytoSig”和“Reactome”数据库构建的基因集的相关信息生成细胞级细胞因子活性估计,并使用修改的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的“方差调整马氏体(VAM)”框架进行评分CytoSig数据库描述见:Jiang at al.(2021)<doi:10.1038/s41592-021-01274-5>. 'Reactome数据库描述见:Gillespie等人(2021)<doi:10.1093/nar/gkab1028>. “VAM”方法概述于:Frost(2020)<doi:10.1093/nar/gkaa582>.

版本: 0.1.0
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 马格里特,xml语言2,字符串,数字播放器,修拉,Seurat对象,VAM公司,实用程序
建议: 针织物,情势图,rmarkdown公司,用这个
出版: 2023-10-19
内政部: 10.32614/CRAN.包装.吊钩
作者: H.罗伯特·弗罗斯特[aut],阿兹卡·贾瓦德[aut,cre]
维护人员: 阿兹卡·爪哇语<Azka.javid.gr at dartmouth.edu>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译:
CRAN检查: scaper结果

文档:

参考手册: 风景.pdf
渐晕图: scaper-vignette-CytolSig公司
scaper-vignette反应组

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