rSHAPE：模拟单倍体无性种群进化
在电子实验中，进化提供了一种成本和时间有效的方法来测试进化假说。现有的进化模拟工具侧重于在有限的实验框架中进行模拟，并且往往只报告工具设计者假定感兴趣的结果。模拟单倍体无性生殖种群进化（'SHAPE'）的R-package通过实现一个强大的模拟框架来解决这些问题，该框架为电子进化社区输出完整的人口统计和基因组信息。“rSHAPE”允许指定60多个参数，它模拟了具有二元状态基因组的单倍体无性生殖种群进化群落的离散时间步长的进化。这些设置适用于“rSHAPE”的当前状态，未来的步骤将是增加允许的进化条件的宽度。目前，大部分精力都放在允许模拟各种增长模型（如恒定规模、指数增长和逻辑增长）以及各种适应度景观模型上，以反映进化景观（例如：Additive，House of Cards-Stuart Kauffman和Simon Levin（1987）<doi:10.1016/S0022-5193（87）80029-2>，NK-斯图亚特·考夫曼（Stuart A.Kauffman）和爱德华·温伯格（Edward D.Weinberger）（1989）<doi:10.1016/S0022-5193（89）80019-0>《粗糙的富士山-奈德哈特》、《约翰内斯和森德罗》、《伊万·G》和《克鲁格》、《约阿希姆》（2014）<doi:10.1534/genetics.114.167668>). 尽管用户只需要defineSHAPE（）、runSHAPE（）、shapeExperiment（）和summareExperiment。所有其他函数都由这些主要函数调用，可能只对希望开发“rSHAPE”的人感兴趣。模拟结果将存储在文件中，这些文件将导出到shape_workDir选项引用的目录中（默认为tempdir（），但如果您计划在当前会话之外使用结果，请在调用defineSHAPE（）时传递workDir的folderpath参数来更改此设置）。”rSHAPE’将为您定义的实验参数范围生成大量重复模拟。实验将在实验工作目录下构建（即：由使用defineSHAPE（）设置的选项shape_workDir引用），其中将存储单个复制的仿真结果以及处理过的结果，我努力通过自动收集和处理可能创建的数千个文件来促进分析。在这一点上，“rSHAPE”实现了一个强大而灵活的框架，具有高度详细的输出，但以计算效率为代价，并且可能需要大量磁盘空间（通常为千兆字节，但对于非常大的模拟工作，最多可达千兆字节）。因此，虽然“rSHAPE”提供了一个单一的框架，我们可以在其中模拟进化并直接比较各种参数的影响，但它的运行速度不如其他专注于单一场景且输出有限的硅模拟工具快。在这里，与其他工具相比，“rSHAPE”为您提供了一个较少限制的电子进化平台，我希望您喜欢测试您的假设。
文档：
下载内容：
链接：
请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=rSHAPE链接到此页面。