rMVP:内存高效、可视化增强、并行加速的GWAS工具

一种高效记忆、可视化增强、平行加速的全基因组关联研究(GWAS)工具。它可以(1) 有效处理大数据,(2) 快速评估人口结构,(3) 有效估计方差分量几种算法,(4) 实现标记的并行加速关联测试三种方法,(5) GWAS过程计算的全球高效设计,(6) 增强相关信息的可视化。“rMVP”包含三种型号GLM(Alkes Price(2006))<doi:10.1038/ng1847>),MLM(余建明(2006)<数字对象标识代码:10.1038/ng1702>) 和FarmCPU(刘晓蕾(2016)<doi:10.1371/journal.pgen.1005767>); 方差分量估计方法EMMAX(康贤民(2008)<doi:10.1534/genetics.107.080101>;), FaSTLMM(方法:Christoph Lippert(2011))<doi:10.1038/nmeth.1681>, 《GAPIT2》的R实现:You Tang和Xiaolei Liu(2016)<doi:10.1371/journal.pone.0107684>和《超级》:王岐山和冯田(2014)<doi:10.1371/journal.pone.0107684>)和HE回归(周翔(2017)<doi:10.1214/17-AOAS1052>).

版本: 1.1.1
取决于: R(≥3.3)
进口: utils、stats、methods、graphics、grDevices、,MASS(质量),大存储器
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司,RcppEigen基因,Rcpp进度,伯克希尔哈撒韦,大存储器
建议: 针织物,测试那个,rmarkdown公司
出版: 2024-08-31
内政部: 10.32614/CRAN.包装.rMVP
作者: 尹丽林[aut],张浩浩[aut],唐振双[aut],徐静雅[aut],董寅[aut],张志武〔aut〕,袁晓辉[aut],朱梦锦[aut],赵树红[aut],李新云[aut],王岐山[ctb],冯天[ctb],康贤民[ctb],周翔[ctb],刘晓蕾[cre,aut,cph]
维护人员: 刘晓雷<xll198708,gmail.com>
错误报告: https://github.com/xiaolei-lab/rMVP/issues(网址:https://github.com/xiaolei-lab/rMVP/issues)
许可证: Apache许可证2.0
网址: https://github.com/xiaolei-lab/rMVP
需要编译:
材料: 更改日志
在视图中: 农业
CRAN检查: rMVP结果

文档:

参考手册: rMVP.pdf公司

下载内容:

包源: rMVP_1.1.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:rMVP_1.1.1.zip文件,r版本:rMVP_1.1.1.zip文件,r-oldrel:rMVP_1.1.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):rMVP_1.1.1.tgz,r-oldrel(arm64):rMVP_1.1.1.tgz,r-release(x86_64):rMVP_1.1.1.tgz,r-oldrel(x86_64):rMVP_1.1.1.tgz
旧来源: rMVP存档

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=rMVP链接到此页面。