弹出2.9.6

其他

• 当随机种子被附加时，Poppr本身将不再意外地修改它（由@蒂姆泰勒, https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/259)

爆裂2.9.5

起重机维护

• 这个用户名xcolor中的选项已从算法和方程式渐晕中删除。
• 已修复旧文档，以符合CRAN标准。

弹出2.9.4

起重机维护

• 为添加了函数声明SEXP omp_test（）
• 失败的测试被修复。
• 与对象类进行比较的代码==已固定使用继承（）

依赖关系

• {RClone}作为建议的包已被删除，因为它在一段时间前已在CRAN上存档。

弹出2.9.3

起重机维护

• 重新排列C标头以放置R特定标头之后OMP收割台，避免发出叮当声13(@兹坎瓦尔, https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/246).

弹出2.9.2

起重机维护

• 测试介于（）之间以肤浅的方式修复，以避免CRAN R-devel出现错误(@兹坎瓦尔, https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/242).

弹出2.9.1

相关性更新

• 不再导入{phangorn}包。我们只使用了包（upgma）中的一行代码，因此我们在获得作者许可的情况下复制了实现(@克劳斯·维戈, https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/237).

弹出2.9.0

新功能

• bruvo.中间（）将计算查询数据集和引用数据集之间的bruvo距离(@戴维福, #223)

折旧

• 争论黑名单已被否决而赞成排除用于以下功能：布鲁沃.msn（）,poppr.msn（）,clonecorrect（）,弹出（）,mlg.table（毫升表）,mlg.交叉点（）、和popsub（）。它将在poppr版本2.10中删除(@兹坎瓦尔, #218)

github

• 存储库的默认分支现在是“main”(@兹坎瓦尔, #218)

BUG修复

• genind2genalex（）不再在导出时将二倍体序列数据转换为零这修复了#231(@兹坎瓦尔, #233).
• 按位.ia（）Windows早期将不再有整数溢出(@兹卡姆瓦尔, #235)

爆裂2.8.7

起重机维护

• 指向其他包的链接现在格式正确。

爆裂2.8.6

BUG修复

• 读取.genalex（）现在可以将完全具有“T”等位基因的列导入为“T”而不是“TRUE”。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/214详细信息）。

新进口商品

• 进度条现在通过{进度}包，它让用户控制应该显示（或不显示）什么。例如，要获得听觉更新而不是进度条，可以使用“寻呼机”包并设置progressr:：处理程序（“蜂鸣器”）。这将为每个步骤（~50）和最后一个声音播放警报。要完全取消显示所有进度条，可以使用progressr:：handlers（“void”）。这些进度条已取代实用程序：：txtProgressBar（）和dplyr:：progress_estimated（）酒吧。

爆裂2.8.5

起重机维护

• 来自弹出（）函数将不再包含人口名称或文件名的因子列。这是因为R 4.0.0使用字符串作为因子默认为data.frame（）（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issue/212详细信息）。

弹出2.8.4

起重机维护

• 更新S4方法的文档

弹出2.8.3

BUG修复

• 读取.galex（）现在，当用户导入包含重复数据的数据，并且某些个体的命名为整数，小于数据中的样本数（前缀为零）时，可以正确解析地层（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/202).

新功能

• MSN功能：具有单个种群的节点显示为圆圈而不是饼图。(@fdchevalier公司, https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/203)

其他

• mlg.vector（）现在更安全了，因为它现在使用for循环，而不是带out-of-scope操作符的函数(<<-)（见#205）
• 洗牌（）现在更安全了，因为它现在使用for循环，而不是带out-of-scope操作符的函数(<<-)（见#205）
• MLG类获得了一个新的分发slot，它将存储存在距离函数或矩阵的环境。这伴随着一个同名的访问器（参见#206）。
• “mlg.filter<-”（）在计算距离函数或矩阵时，替换方法不再搜索全局环境（参见206）。
• 测试mlg.过滤器（）不再将对象指定给全局环境
• 出版物的DOI已添加到描述中

弹出2.8.2

其他

• 依赖随机化的测试在R3.6.0之前更新，这修复了有偏见的随机化。这对用户没有明显影响。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/198了解详细信息。

弹出2.8.1

BUG修复

• 修正了一些带有基于字符的等位基因的genind对象的AMOVA调用中出现的错误（参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/190详细信息）

文档

• aboot（）更新了文档以添加引文，并明确其目的和限制。

其他

• doi已经超链接到doi.org，而不是dx.doi.org.（#188，@凯瑟琳琳韦伯)

罂粟2.8.0

BUG修复

• 赢.ia（）现在的行为与染色体结构更加一致，不再导致整数溢出。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/179). 多亏了@玛丽萨·米勒获取详细的错误报告。
• 绘图过滤器状态（）如果提供阈值列表，将绘制统计信息。

算法更改

• 赢.ia（）由于以下两个变化，可能会导致略有不同的结果：
  1. 窗口现在将始终从任何给定染色体上的位置1开始。这将导致染色体开头的某些窗口的值为不适用如果第一个变量从第一个窗口开始。
  2. 现在，每个染色体的窗口都是独立计算的。以前的版本首先连接染色体，染色体之间至少有一个窗口大小的间隙，但未能确保窗口总是从染色体的开头开始。此版本修复了该问题。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/179).

折旧

• 这个染色体缓冲区的论点赢.ia（）已永久设置为真的已弃用，因为它已不再使用。

新功能

• poppr.amova（）现在将处理genlight/snpclone对象。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/185了解详细信息。

• 按位.dist（）现在有两个新选项：欧几里得的和缩放_丢失。当这两者都设置为时真的，测量的距离将按照每次比较中缺失数据的数量进行欧几里得缩放。这与基本R的输出相匹配dist（）只需一小部分时间和内存即可运行。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/176详细信息。

• 标记单倍型（）现在是为genind和genlight定义的泛型。

• genind2genalex（）默认情况下将不再写入“genalex.csv”。相反，它将警告用户并写入临时文件。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/175了解详细信息。

• genind2genalex（）现在有一个覆盖参数设置为错误的以防止意外覆盖文件。

• 赢.ia（）有一个新论点名称窗口，它将为结果中的每个元素指定该窗口的终端位置。多亏了@玛丽萨·米勒谢谢你的建议！

• 对.ia（）现在可以通过排列来计算p值。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/180详细信息）

文档

• cutff_predictor（）被添加到MLG小插曲中

其他

• RClone包已添加到建议中（请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/187)

弹出2.7.1

其他

• 缺少的文档poppr.amova（）已添加。
• Polysat现在被列为进口产品。

弹出2.7.0

新功能

• 标记单倍型（）将您的数据拆分为伪染色体，用于类似AMOVA的分析。这是一个以前的内部功能，但在这个版本中已升级为用户界面功能。

• 作为.genambig（）将genind/genclone对象转换为Polysat的“genamig”类。请注意，必须安装聚酯薄膜才能正常工作。

算法变化

• AMOVA现在默认使用欧氏距离。这会影响使用进行的所有计算within=错误或过滤器=真没有用户提供的距离。这不会影响使用单倍体或二倍体数据的人范围=真对于单倍体基因型，差异距离等于平方欧几里德距离，但对于任何更高的倍性，差异距离都不等于平方欧氏距离。那些使用过滤器=真如果不指定距离，则应使用欧氏阈值。对于那些只想将缺失数据的分离株分组的人来说，这不应该是一个问题，但是对于欧几里德和相异性来说，零距离是相同的。感谢Patrick Meirmans提醒我这个错误。

新功能

• AMOVA现在将计算多倍体数据的个体内方差。

其他

• 打印AMOVA现在可以更好地处理pegas或ade4方法的任何更改。

第2.6.1条

BUG修复

• 中的内存访问越界错误按位.dist（）已修复。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/169了解详细信息。

弹出2.6.0

新功能

• 新功能引导.ia（）在概念上类似于重采样.ia（），但它使用替换重新采样。

新功能

• 功能重采样.ia（）现在可以根据Psex值对个体进行重采样。
• 最小跨度网络现在将按面积而不是半径缩放节点。这更准确地反映了MLG之间的差异。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/154了解详细信息。
• 样本/节点的图例现在添加到所有最小跨度网络。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/158详细信息。
• 节点大小比例的imsn（）选项已更改为滑块。

BUG修复

• 无法导入样本名称中包含撇号的数据的问题已得到修复（在中标识https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/156).
• 中的一个错误imsn（）自定义MLG将导致错误的位置已修复。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/155了解详细信息。
• 中的一个错误plot_popper_msn（）where设置scale.leg=错误将导致一个非常小的MSN图被修复。
• mlg（）现在适用于snpclone和genlight对象。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/155详细信息。

依赖关系

• igraph的最低版本已设置为1.0.0。

其他

• MSN现在最后绘制于plot_popper_msn（）因此，必要时可以添加其他图例。

弹出2.5.0

算法更改

• 在中标识https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/139Bruvo的距离现在将在缺失数据的基因组添加和丢失模型下的计算中考虑所有可能的有序等位基因组合。这将影响那些多倍体数据中包含任何基因型中一个以上缺失等位基因的人

  为了便于比较，创建了全局选项old.bruvo.model。默认设置为FALSE，表示poppr应该使用有序的等位基因组合。如果用户想使用考虑无序等位基因组合的方法，可以设置选项（old.bruvo.model=TRUE）

  必须重申的是，这不会影响单倍体或二倍体的比较，也不会影响那些使用无限等位基因模型的比较，或那些在任何基因型中没有超过一个缺失等位基因的比较。

折旧

• 对于Bruvo距离的短重复长度向量的警告已被弃用，将来将成为一个错误
• 为了清晰起见，jack.ia已被弃用，取而代之的是resample.ia。

BUG修复

• 已修复read.genalex（）中的一个错误，其中删除的样本将具有不正确的地层标签。感谢Hernán Dario Capador Barreto的确认。请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/147。

其他

• mlg.table的内部绘图函数现在对dplyr版本>0.5.0使用整齐求值
• 从导入中删除了包reformate2，并用基本函数替换了它（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/144详细信息）

新进口商品

• 由于迁移到了dplyr版本0.7.0，poppr现在从rlang包中导入了“！！”操作符

弹出2.4.1

BUG修复

• 一种拐角情况，其中无序的重复长度向量将被错误地子集为测试_填写（）和修复（_replen）已修复。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/136了解详细信息。
• 由于至少有两个线程的Fedora机器上出现错误，所有执行过滤的函数现在都将串行运行。有关详细信息，请访问https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/138。

弹出2.4.0

新功能

• jack.ia（）将随机将样本切割为指定的n（默认值是MLG的数量），并计算多次迭代的关联指数，给出给定样本大小下可能值的分布。

新功能

• 功能mlg.table（毫升表）获得新参数“颜色”和“背景”。“color”参数将创建一个用颜色表示总体的条形图，而“background”参数将生成一个背景图，显示面内总体的MLG丰度。
• 功能赢.ia（）现在在构建窗口时将考虑染色体坐标。它还获得了一个新参数染色体缓冲区，允许用户指定窗口是否应限制在染色体内。

值得注意的变更

• 默认情况下，snpclone和genlight对象的MLG计算将通过基于距离的方法执行。这与之前假设个体具有独特基因型的行为形成对比。参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/125了解详细信息。
• 尝试使用时将引发错误mlg.交叉点（）具有少于2个种群的对象。
• 基因型曲线（）默认情况下，将在计算之前删除单态轨迹，因为这些轨迹会误导曲线的形状。如果你有单态轨迹，这将改变曲线的形状。此更改是通过drop和dropna参数进行的可选更改，但不建议更改这些参数。
• 计算psex（）已更改为在使用method=“multiple”时更准确。它还可以使用多个G值，每个种群一个。文档psex（）也得到了改进。有关更改的详细信息，请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/101

BUG修复

• 将genlight对象传递给弹出（）现在正确地将替代函数标识为多样性_状态（）而非分集表（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/123).
• 使用重复基因座导入的GenAlEx文件将生成警告，告知用户重复基因座已重命名（通常为_1） （请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/122).
• 导入genalex文件的单倍体将得到正确处理（请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/124).
• 读取.genalex（）现在将隐式检查数据中的正确人数（请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/128).
• 功能弹出（）如果样本>0且数据没有填充，则不再抛出错误（请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/130).
• 用by_pop=TRUE计算的圆形等位基因频率对除第一个群体外的所有群体都不准确的错误被修复。有关详细信息，请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/132。
• 中修复了潜在的整数溢出SEXP关联_索引_单倍体这是一个来自https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/100。
• 在分配语句周围放置了PROTECT语句。有关详细信息，请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/133。

其他

• 以下文件按位.dist（）阐明了仅差异（_O）标志（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/119).
• C代码中的中断现在可以通过R_检查用户中断（）好处是，长时间运行的计算几乎立即中断，但代价是多了几毫秒的计算时间。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/86)
• 自commit 4e4fa40d16起，Bruvo的距离已经完成了递归测试

弹出2.3.0

新功能

• 功能bootgen2gennd（）将帮助用户利用来自其他需要genind对象的包的引导距离功能。有关详细信息，请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/112和https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/111

新功能

• 现在有一个情节用于启用或抑制绘图的基因型曲线的参数。
• 现在，当以非交互方式运行时，进度条会自动被抑制。要在非交互运行时打开它们，请使用选项（poppr.debug=TRUE）.
• 的进度条ia（）和弹出（）现在将显示估计时间。这是dplyr的进度_估计（）.

其他

• 这个历史中的参数ia（）不赞成使用情节.
• 的x轴基因型曲线（）图现在是数字的，允许您在点上拟合平滑函数，而无需使用hackgeom_sooth（aes（组=1））。这要感谢Kara Woo在推特上指出这一点(https://twitter.com/kara_woo/status/783336540407685120).
• genclone对象的“show”方法现在用逗号分隔人口和阶层，避免与多单词人口名称混淆。多亏了@克纳乌布用于修复https://github.com/grunwaldlab/poppr/pull/116。
  
• 文档罂粟现在包含关于ade4函数重要性测试的注释兰德test.amova.

BUG修复

• 当使用样本名称来子集genclone和snpclone对象时，subsetting方法现在可以正确处理mlg。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/114了解详细信息。
• 的绘图错误mlg.table（毫升表）已修复，因此绘图现在显示最大值。
• 带有未指定基因座的子装配bootgen和bruvomat对象的Bug被修复。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/118详细信息。

弹出2.2.1

BUG修复

• 将单倍体序列数据导出为genalex格式时出现的问题已得到修复（请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/108)
• 没有人口结构的数据不再抛出错误imsn（）

新功能

• 现在可以在中指定布局参数imsn（）
• 现在，*.msn函数将考虑您的数据是否设置为折叠的MLG。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/107)

其他

• mlg.filter中的错误现在更有意义了。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/109)
• vignette poppr_manual已转换为HTML格式。（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/113)

爆裂2.2.0

新功能

• compal（）将检查您的数据，看看是否有任何不可比较的样本。

新功能

• 阈值参数已添加到过滤器状态（）（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/94)
• 管道操作员(%>%)现在从magrittr导出，以简化链接命令。
• mlg.过滤器（）现在可以返回多个统计信息。
• 用户现在可以使用plot方法中的labsize和linesize参数控制关联图索引中标签的大小。
• private_alleles（）获得一个下降论点。
• 记录多倍体（）现在可以获取单倍体数据。

BUG修复

• 导致错误的问题imsn（）代码输出已修复（请参阅https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/93)
• 在mlg.过滤器（）分配方法正在使用内距离（）而不是diss.dist（）当没有指定距离时。
• 导致以下项的值显著为负值的错误按位.ia（）用大样本量固定。发现者@克纳乌布（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/100)
• 修复了以下问题绘图过滤器状态（）没有显示全部MLG
• 当传递给msn函数时，颜色向量现在可以正确解析（请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/55)了解详细信息。长颜色载体现在已被接受，白化警告。
• 一个问题，其中mll.reset（）未重置MLG插槽中的非MLG类对象已修复。

其他

• 文档mlg.filter（）通过更多示例进行了澄清和更新。
• 删除了小插曲“从poppr版本1迁移”。
• 以前已弃用*层次结构（）函数已被删除。

弹出2.1.1

新功能

• imsn（）现在有可折叠的侧板
• nmll（）和mll（）现在将处理genind和genlight对象
• rraf（）现在给出了包含在内部功能中的微小等位基因校正选项稀薄的allele_correction（）。这也延伸到第页（）和psex（），默认情况下必须校正次要等位基因频率。请参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/81了解详细信息。

其他

• mlg.过滤器（）现在默认为使用diss.dist（）
• 默认阈值过滤器状态（）现在是1e+6
• mlg.过滤器（）现在返回列表而不是对列表
• 的“hist”参数弹出（）现在反对使用“阴谋”
• 文档改进
• snpclone对象的show方法现在看起来与genlight不同
• genlight对象不再传递给missingno（）在里面过滤器状态（）
• 过滤器状态（）现在，当plot=TRUE时，将不可见地返回；参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/87了解详细信息。

BUG修复

• 如果提供的对象没有分层，clonecorrect（）将默认为地层=NA.
• 读取.genalex（）如果缺失数据未编码为零，则不会再失败；参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/84有关详细信息
• missingno（）不再按规定阈值去除基因型；参见https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/90有关详细信息

罂粟花2.1.0

改进

• win.ia公司和桑皮亚由于Jonah Brooks在C语言中实现了代码，因此获得了显著的加速。
• 的内部代码基因型曲线已在C中实现，速度提高了10倍。

新功能

• poppr.msn（弹出.msn）,布鲁沃msn、和plot_popper_msn（打印弹出消息）获得为调色板获取字符向量的能力。参见第55期(https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/55)了解详细信息。
• plot_popper_msn（打印弹出消息）返回修改后的图形。
• 所有与Bruvo距离相关的函数现在都可以采用任意顺序的重复长度的命名向量。参见第61期(https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/61)了解详细信息。
• aboot的获得论点层次，以便您可以自动将genind转换为genpop。
• 基因型曲线现在可以从pegas获取locis对象。
• 现在可以指定要分析的最大位点数基因型曲线.
• 过滤器状态现在可以选择在背景中绘制直方图。
• 布鲁沃.dist现在可以选择按轨迹返回距离矩阵。这是在第60期中添加的(https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/60)
• aboot的现在可以处理文档中前面指定的矩阵。
• aboot的现在可以使用自定义函数来计算genlight对象的距离。
• 罂粟现在可以使用pegas实现执行amova了。

新功能

• rrmlg公司将计算每个基因座的圆形多点基因型。
• 无线电频率将计算每个基因座的圆形等位基因频率。
• 前列腺素将计算观察到的基因型的概率。
• 伪影将计算观察到的基因型被偶然观察到多次的概率。

新传统主义者

• 因为我们已经不再酷了。

其他

• genclone和snpclone类的文档更加连贯。
• 为内部MLG对象添加的访问器（适用于开发人员）。
• 基因型累积曲线显示迭代次数和位点数，而不是进度条。
• 基因型累积图现在从0缩放到观察到的mlg数。
• 文档罂粟不再引用“层次结构”插槽。

BUG修复

• 现在可以使用读取单轨迹数据集读取.启用这是有争议的#58（感谢Nick Wong的发现）。
• 中的一个错误informloci公司MAF参数未应用于P/A数据的位置已修复。
• 打印带有混合倍体的genclone对象之前由于排序错误而报告错误。这个问题已经解决了。
• 修复了genalex矩阵中缺少的单元格被解释为文字“NA”的边缘情况。
• msn函数现在返回正确命名的节点。参见第66期(https://github.com/grunwaldlab/poppr/issues/66)了解详细信息。

弹出2.0.2

BUG修复

• Hexp的定义已修复。它最初是计算错误的，导致公制膨胀。现在已正确计算并记录。有争议的更多信息#47

poppr 2.0.1版本

BUG修复

• Bruvo距离内存泄漏被修复@乔纳·布鲁克斯在90facb4中（第40期）
• 截止场现在适用于不同距离以外的距离国际货币基金组织（第41期）
• 在数据集之间切换不再显示错误国际货币基金组织
• 阅读.genealex现在可以正确导入缺少的二倍体数据（第42期）

新功能

• 启动消息现在告诉您poppr是否是在OMP支持下编译的。

弹出2.0.0

兼容性更新

• 由于adegenet最近的更新，poppr已经迁移到2.0版。版本1.1中引入的层次结构槽现在被移到adegenet并重命名地层。为了实现最大的向后兼容性，所有层次结构方法都仍然存在，但它们已被弃用，并将打印一条带有要使用的正确函数的警告。如果您在访问层次结构插槽时没有使用*层次结构（）方法时，您的代码将失败，因为层次结构槽现在应该只包含公式对象。

新的依赖项

• poppr现在从dplyr和shiwn导入元素
• 根据2015-06-29的要求，poppr现在显式导入：stats、graphics、grDevices和utils

新建议

• poppr现在建议使用cowplot、poweRlaw和polysat包。

新数据

• 一个名为婴儿车含有橡树猝死病原的SSR基因型橡树猝死病（Kamvar等人，2015年）

新款薄荷香精

• 清爽！

新功能

• 关联索引的默认绘图现在将是单个直方图。用户可以选择可视化标准化关联索引(index=“rbarD”，默认）或经典关联索引(索引=“Ia”). 如果用户使用该功能国际航空公司带着这个论点valuereturn=真，然后可以使用plot函数绘制结果对象。
• 功能爆裂声现在将在一个单面图中绘制所有种群，而不是每个种群绘制一个图。
• aboot的和布鲁沃·布托现在可以使用任何函数生成树（建议参见第18期）。
• genclone对象中的mlg插槽现在可以选择性地容纳mlg类对象。此对象将包含多焦点基因型的不同定义，允许用户在给定遗传距离阈值的观察、自定义和定义的mlg之间切换。
• 最小跨度网络函数使用该选项获得包含网状结构的能力包括.ties
• 最小跨越网络函数通过选择遗传距离获得折叠多位点基因型的能力门槛.
• 罂粟获得计算前过滤多位点基因型的能力。
• informloci公司获得参数“MAF”，该参数允许指定除截止参数外的次要等位基因频率截止。示例已更新。
• aboot的现在可以拍摄genlight对象。
• poppr.msn（弹出.msn）和plot_popper_msn（打印弹出消息）现在可以获取genlight对象。
• plot_popper_msn（打印弹出消息）现在，用户可以选择排除图例。
• 默认打印mlg.表格将不再为每个人口生产一个地块。现在，它将为所有人口生成单个ggplot对象。请注意，条形不再按计数着色。
• 爆裂声将不再计算“Hexp”。相反，辛普森的索引将被诽谤，但旧的索引可以通过使用（N/（N-1））*lambda来检索。
• 爆裂声现在可以从多位点基因型计数表中计算出任何统计数据。
• genind2genalex公司获得有选择地书写不同层次的能力。

新功能

• mlg.过滤器将使用三种算法中的一种在给定遗传距离和阈值的情况下收缩多焦点基因型。它可以报告统计数据，如返回的多位点基因型、每个多位点基因类型内的样本数、多点基因型崩溃的阈值以及代表新多位点基因的遗传距离矩阵。
• 过滤器状态将显示中所有算法的图形输出mlg.过滤器.
• 截止预测值将从以下方面预测截止阈值mlg.过滤器.
• 按位.dist可以有效计算genlight对象的绝对遗传距离。
• 毫升“多焦点谱系”是mlg.矢量它获得了从mlg插槽中选择多位点基因型定义的功能。
• 国家计量实验室统计多焦点谱系的数量
• mll.自定义允许用户定义自定义多焦点基因型。
• mll.水平允许用户编辑自定义多焦点基因型的名称。
• poppr_has_parallel组合将返回真的如果poppr是用OpenMP并行库构建的。
• 赢了。ia计算窗口{r} （_d）沿着genlight染色体。
• 桑皮亚计算{r} 日期（_d）对genlight对象随机采样用户定义数量的SNP。
• 测试重新填写将测试微卫星标记重复长度的一致性。
• 修复（_replen）将修复微卫星标记不一致的重复长度。
• 多样性统计返回包含多样性统计信息的矩阵。默认值为4，位于爆裂声，但可以扩展到可以在MLG计数向量上计算的任何统计。
• 多样性_脚部将在为指定的统计信息上引导MLG矩阵获取统计信息。也可以执行稀疏引导。
• 多样性将计算并绘制MLG矩阵自举重采样的置信区间。这包括稀疏到最小样本大小。
• 国际货币基金组织为构建最小跨度网络提供了一个交互式闪亮界面。
• 配对将计算成对位点的关联指数并绘制热图。

新款

• snpclone是genlight对象的扩展，其行为与genclone非常相似。它包含一个mlg插槽。
• MLG是一个内部类，位于snpclone和genclone对象的MLG插槽中。它允许用户在多位点基因型定义之间轻松切换。

BUG修复

• 我跑得太快了，数不清。

弹出1.1.5

BUG修复

• 修复了的内部错误修复_负分支当只有一个分支具有负边缘时。
• 修复了中的错误diss.dist（演示.dist）单个轨迹会返回错误。
• 修复了中的错误罂粟其中一个轨迹会因以下原因返回错误复醇单倍型.
• 修复了未来的错误！mlg.table现在将一直返回矩阵（修复#25）。

弹出1.1.4

BUG修复

• 修复了一个仅在Windows操作系统上失败的内部错误。

弹出1.1.3

新功能

• 的新参数plot_popper_msn（打印弹出消息）以便更容易地操作节点大小和标记
• read.genalex现在可以将读文本连接作为输入。解决问题#8
• 用户现在可以为中缺少的值指定截止值aboot的

BUG修复

• 修复了单态基因座会导致错误的问题记录_多倍体
• 修正了导致布鲁沃距离无限等位基因模型膨胀距离的逻辑错误。（由Michael Metzger发现。解决问题#5）。
• AMOVA现在可以获取子集genclone对象（解决问题#7）。
• 在里面mlg.表格，mlgsub参数现在将按名称而不是索引进行子集（在#7中修复）。
• 修复了邻接树的问题，其中修复负分支长度的内部函数意外地移动了更正的分支。解决了问题11。
• diss.dist（演示.dist）现在可以与一起使用aboot的

其他

• 信息表当type=“ploidy”时，将打印与颜色栏相对的离散比例
• 试图在文档中更清楚地选择布鲁沃距离的模型

弹出1.1.2

错误修复

• 修复了内存分配错误（进一步解决了问题#2）。
• 在C函数bruvo_dist中分配的内存现在被正确释放。

弹出1.1.1

BUG修复

• 修复了Bruvo距离的丢失和添加选项被切换的错误。
• 修复了UBSAN的非法内存访问错误。使内部C函数的内存管理更加健全。（解决问题#2）。
• 修正了小牛队产生的定向引语和em-dash（解决问题#3）。

弹出1.1.0

新功能

• 基因型不明确的多倍体现在在罂粟中得到支持。参见文档了解记录_多倍体了解详细信息。
• 布鲁沃距离的计算现在利用布鲁沃等人2004年提出的基因组添加和基因组丢失模型对部分缺失数据进行校正。
• diss.dist（演示.dist）现在可以选择返回原始距离和矩阵，而不是dist对象。
• 读取.启用现在可以选择作为genclone对象导入。这是默认操作。
• 全部弹出将能够分析genind或genclone对象的列表。
• 国际航空公司现在有了参数valuereturn，它将返回采样数据。
• [bruvo，poppr].msn（布鲁沃，波普尔）函数现在为用户提供了显示图形的选择。
• 布鲁沃·布托具有更清晰的打印样式。

新数据类别

• 这个基因克隆对象是天才来自adegenet的对象。该对象包含包含种群层次结构和多点基因型定义的插槽，将用于adegenet和popper中的所有分析。

新功能

• [get，set，name，split，add]hierarchy-将在基因克隆使用层次公式作为简化参数的对象。
• 机顶盒将设置基因克隆对象使用有关层次槽的模型公式。
• as.genclone公司将自动将genind对象转换为genclone对象。
• is.genclone公司检查genclone对象的有效性。
• 罂粟将在任何层级上运行amova。这还包括在克隆审查数据集上运行amova的功能。它使用ade4版本的amova。
• 信息表将计算每个基因座每个群体或每个基因座单个个体的倍性缺失数据，并为用户提供将其可视化为热图的选项。
• 本地表将计算genind或genclone对象中所有位点的多样性和均匀性统计信息。
• *.dist（距离）这些函数将计算Nei距离、Rogers距离、Edwards距离、Reynolds距离和Provestis距离。
• aboot公司将允许用户为可以在genind或genpop对象上计算的任何距离创建引导树状图。
• 绘图oppr_msn将绘制使用poppr生成的最小生成网络。
• 私人房间将提供有关genind或genclone对象中存在私有等位基因的信息。
• 记录_多倍体将获取一个多倍体genind/genclone对象（丢失的等位基因编码为额外的零值等位基因），并对其进行重新编码，使其具有相对于观察到的等位数的频率。
• 基因型曲线将为增加基因座数量创建一条基因型累积曲线。
• mlg.id（mlg.id）将返回一个列表，指示属于特定多位点基因型的样本。

新数据集

• Pinf-来自晚疫病病菌致病疫霉不同种群的86个分离物的数据集。艾丽卡·戈斯提供
• monpop-一个大型数据集，包含三年来从一个果园分离出的694个Monilinia fructicola菌株。由Sydney E.Everhart提供

新款汽车

• 不是真的。

名称变更

• popper不再依赖pegas。
• 现在明确需要ade4和重新整形2。

改进

• 默认的洗牌算法已在C中实现，以提高速度。
• mlg函数的输出现在表示为整数，以减小其在内存中的大小。
• mlg.矩阵现在可以利用R的内部制表功能更快地进行计算。
• 功能爆裂声将不再返回四舍五入结果，而是打印三个有效数字。

其他

• 添加了单元测试。
• popper用户手册被缩短为仅包含数据操作说明。
• 一个新的小插曲“算法和方程”给出了在poppr中执行的计算的算法细节。

弹出1.0.7

更新

• 更新了自述文件，包括poppr google group的链接。

BUG FIX更新

• 使上一个错误修复更稳定（在猿侧进行了更正）。

弹出1.0.6

BUG修复

• 修复了下载了ape 3.1或更高版本的用户的错误，其中bruvo.boot会抛出错误。

其他

• 更新的引文信息。

爆裂1.0.5

显著变化

• 计算关联指数的默认洗牌算法已从多点式采样改为等位基因排列。所有这四种方法都可用，但新的分配如下：方法1：排列等位基因，方法2：参数自举，方法3：非参数自举和方法4：多焦点取样。此前，Multiocus是1，其余的顺序相同。此更改不应存在兼容性问题。受影响的功能：国际航空公司,爆裂声 洗牌

BUG修复

• 的引导算法布鲁沃函数没有改变每个位点的重复长度，从而导致潜在的错误引导支持值。通过实现内部S4类，可以直接引导数据并一起重复长度，这一问题得到了解决。
• 偶尔出现错误，“INTEGER（）只能应用于中的“整数”，而不能应用于“NULL””布鲁沃·布托或布鲁沃.dist固定的。

改进

• 对的更改布鲁沃·布托允许更快的引导。

其他

• I_A和{r} （_d）现在显示为进度条而不是点。

弹出1.0.4

BUG修复

• 以前的错误，其中报告的引导程序值大于100布鲁沃·布托UPGMA上的树已修复。
• 使用Kuhner和Felsenstein修正负分支长度
  1994. 新泽西州树木的标准化。

其他

• poppr的github存储库已从github.com/poppr/poppr更改为githubcom/grunwaldlab/popper

弹出1.0.3

改进

• 优化的内部采样功能，运行速度快2倍。
• 利用rmultinom函数提高了shuffepop和ia的bootstrap采样方法的速度。

新功能

• 功能informloci公司将删除系统发育上无信息的基因座。

NAMESPACE公司

• 由于依赖性问题，现在从igraph和ape导入特定函数。
• 删除了“依赖项”形式的igraph、ape、ggplot2和phangorn，但将它们保留在“导入”中。

BUG修复

• 读取.启用将不再在具有数字名称的位置前插入“X”。

弹出1.0.2

BUG修复

• 修复了diss.dist函数中返回单倍体膨胀距离的错误。

文档

• 在poppr_manual中添加了关联索引的解释。
• 扩展了安装部分，包括github的安装说明。

其他

• 内部置换算法不再以相反的顺序列出置换

弹出1.0.1

改进

• 更新了关联索引的算法以提高速度。

BUG修复

• 删除了中缺失数据的不必要舍入因子布鲁沃.dist.
• 对重复条目的正确处理阅读.genid.
• 输入值不是Bruvo距离的指定重复长度的倍数，现在将四舍五入（而不是强制为整数）。

其他

• Vignette更新了美学并反映了算法的变化。

爆裂1.0.0

其他

• Poppr已被确认可在R 3.0.0的Linux、Mac和Windows系统上运行。
• 渐晕弹出_手动现在有了对不同部分的交叉引用。
• 渐晕弹出_手动装载更快。

BUG修复

• 从I_A和{r} （_d）由于警告。

爆裂0.4.1

新功能

• 获取文件有一个新参数“combine”，它会自动将路径添加到文件列表中，这样就可以在不切换工作目录的情况下读取文件。
• 打印到屏幕上的信息没有遗漏和mlg.交叉弹起现在将被包装为80个字符。

BUG修复

• 爆裂声现在将能够正确识别带有地理和区域数据的GenAlEx文件。
• 对缺失值的P/A数据关联指数的计算将不再返回错误。

爆裂0.4

BUG修复

• 布鲁沃距离中的错误——它没有正确检查倍性水平——得到了纠正。
• 读取.启用将能够正确区分SNP和AFLP数据。
• 读取.启用现在可以在没有额外列的情况下正确识别区域格式。

新功能

• 读取.启用现在可以接收用区域和地理数据格式化的文件。
• genind2genalex公司现在可以将xy坐标导出为GenAlEx格式。
• 弹出_手动vignette现在包含示例GenAlEx文件的图像。

新文件

• rootrot2.csv病毒是用区域数据格式化的GenAlEx文件的示例。

其他更新

• 用于猜测移动到内部文件中的Bruvo距离的重复长度的函数。
• 中的冗余读取.启用已删除。
• 更改了自述文件中的说明

爆裂0.3.1

BUG修复

• 读取.启用现在，只要输入文件不是以逗号分隔的，就会发出警告。

爆裂0.3

新功能

• poppr.msn（弹出.msn）将为从数据集导出的任何距离矩阵绘制最小跨度网络。

新功能

• vignette现在有描述poppr.msn（弹出.msn）,diss.dist（演示.dist）,灰色曲线，以及讨论如何导出图形的部分。

BUG修复

• 由输出的图形爆裂声和国际航空公司现在将显示{r} （_d）而不是{r} _D。
• 布鲁沃·布托现在有一个专用安静的参数。

罂粟0.2.2

新功能

• 关联指数分布现在的特点是在底部有一个地毯图，这是一种更好的方式，可以直观地显示来自洗牌数据集的关联指数分布。

罂粟0.2.1

新功能

• diss.dist（演示.dist）将基于离散距离生成距离矩阵。
• 灰色曲线将生成一个根据用户提供的参数进行调整的灰度。这将有助于未来的最小跨度网络功能。

新功能

• 布鲁沃msn现在可以调整边缘灰度，使其适合近距离加权或远距离加权的个体。
• 布鲁沃msn现在将返回一个列表，为用户提供图形的所有颜色、标签和权重属性，以便用户自己绘制。还将返回图例参数。

BUG修复

• 修复了shufflepop，使其现在可以使用特定方法洗牌PA标记
• 修复了clonecorrect函数中的警告消息错误。

爆裂0.2

新功能

• 添加了NEWS文件，现在将增加版本号（2013年3月15日）

爆裂0.1

• poppr的第一个开发版本（2012-3/2013）