Phylocanvas的基本用法

Zach Chrlop-Powers公司

2017-10-30

使用phylocanvas绘制系统发育树。控制树的基本选项在此顶级功能中可用。中的树形状由树型选项。试试“radial”和“hierarchical”。

图书馆（magrittr）图书馆（phylocanvas）树= 猿::read.tree（读取树）(文本= “（A:0.1，B:0.2，（C:0.3，D:0.4）E:0.5）F；”)菲坎夫<- 藻纲纲（树，树型= “矩形”,对齐标签=T）
藻环<- 藻纲纲（树，树型= “圆形”,调整节点大小= 30,线宽= 10)藻环

设置节点样式

节点样式选项可用。节点的大多数外观都可以在此处更改。请注意，颜色可以是颜色名、rgb字符串或十六进制字符串。

#请注意，颜色是名称、RGB或十六进制菲坎夫%>%
  样式_模式(“A”,nodesizeratio（诺德斯泽雷托）= 4,填充色=“rgb（0，255，0）”)%>% 
  样式_模式(“B”,填充色= “蓝色”)%>%
  样式_模式(“C”,标签文本大小= 10,形状=“三角形”)%>%
  样式_模式(“D”,填充色=“#ffa500”,突出显示=真的)

折叠分支

藻环%>% 塌陷_分支(“E”)

旋转分支

藻环%>% 旋转_分支(“E”)

选择分支

菲坎夫%>% 选择分支(“B”)
菲坎夫%>% 选择分支(“E”,级联=真的)

突出显示节点

菲坎夫%>% 高亮_模式(“B”)

使用插件

Phylocanvas有许多不同的插件来扩展基本树。其中包括元数据,比例尺,svg导出,鼠标上的上下文菜单，以及历史。我们将尽量增加合理的数量。目前，这个htmlwidget sis基于phylocanvas快速入门因此，我们可以激活历史、上下文、规模和元数据功能。

#注意，比例尺处于活动状态树= 猿::read.tree（读取树）(文本=“（A:0.1，B:0.2，（C:0.3，D:0.4）E:0.5）F；”)藻纲纲（树，显示比例尺= 真的)