Phylocanvas的高级使用

扎克·夏洛普

2017-10-30

基本树

图书馆（magrittr）图书馆（猿）图书馆（phylocanvas）数据(“鸟。家庭”)藻纲纲（鸟类科，树型= “径向”,宽度= 700,文本大小= 10,调整节点大小= 10)

最近的共同祖先

突出显示最近的共同祖先（MRCA）。

#添加内部节点名鸟<- 生成节点标签（鸟类科）#转换为phylo4，它有一些很好的方便方法，包括
#获取节点名称的功能。鸟<- 藻糖酶::门4（鸟）#获取MRCA节点<- 藻糖酶::MRCA公司（鸟类，c（c）(“蜡虫科”,“乌贼科”))#获取节点名称节点名<- 姓名（节点）#突出显示MRCA的所有子成员
藻纲纲（鸟类，宽度= 700,文本大小= 10,调整节点大小= 10)%>%
  选择分支(诺德=节点名称，级联=T）

藻纲纲（鸟类，宽度= 700,文本大小= 10,调整节点大小= 10,树型= “径向”)%>% 
  选择分支(诺德=节点名，级联=T）

多个MRCA

要突出显示多个分支，您可以通过节点编号来识别分支，在本例中是通过MRCA。然后可以设置子体节点的样式。

菲律宾<- 藻纲纲（鸟类，宽度= 700,文本大小= 10,调整节点大小= 10,树型= “径向”) 节点名<- 获取子项（鸟，节点名）clade2名称<- 获取子项（鸟类，藻糖酶::MRCA公司（鸟类，c（c）(“翼手龙科”,“蜥蜴科”)))对于（节点名在里面节点名）{菲坎夫<- 样式_模式（菲坎夫，诺德=节点名，填充色=“绿色”)}对于（节点名在里面分支2名称）{菲坎夫<- 样式_模式（菲坎夫，诺德=节点名，填充色=“红色”)}菲坎夫