var-cov矩阵树类phylo4vcov以及与其他类之间的转换方法现在已经存在。
在phylo4类定义中将tip.label和node.label插槽替换为统一的标签插槽。
已将tip.data和node.data替换为phylo4d类定义中的单个数据槽。
phylo4类增加了一个注释槽。
phylo4d类增加了一个元数据槽。
在phylo4类定义中添加了一个顺序槽，并更新了as（）方法，以便在ape和phylobase树格式之间进行转换时分配适当的顺序（如果可能）。
Nnode插槽已从phylo4类定义中删除。
已将显式根边添加到边矩阵中，0作为祖先，nTips（phy）+1作为根节点。
现在，edgeLabels（）和edgeLength（）访问器以与边缘矩阵行相同的顺序返回带有命名元素的向量，即使某些/所有值都丢失了。
labels（）访问器和nodeID（）方法现在总是按节点ID的升序返回标签
许多函数和参数的名称和默认值都已更改，以使它们更加一致，大多数函数都遵循getNode（）模式。
绘图功能已被替换（见下文）。
现在，数据与节点号而不是节点标签进行匹配。
提示和内部节点标签现在有了内部名称，这些名称是它们所对应的节点号的字符串。因此，可以按任何顺序存储标签，并且标签的分配更加稳健。
我们现在使用RUnit包（正常使用不需要）添加单元测试。现在，将单元测试添加到inst/unitTests/比tests/目录更可取。
对修剪和树子集代码进行了大量更改。它更加强大，不再依赖于对APE的调用。
添加了一个函数nodeType（），用于识别节点是root、tip还是internal。
将nodeNumbers更改为nodeId（）并扩展了它的功能。
添加了方法reorder（），用于将边矩阵转换为前序或后序。
添加了edgeOrder访问器以获取phylobase对象的顺序。
添加了可从访问的程序包帮助文件？藻糖酶。
添加labels（）<-用于分配标签。
添加了edgeLength（）<-用于指定edgeLeng。
添加了用于导入APE phylo对象的phylo4（）方法。
添加了hasTipData（）方法。
添加了一个edgeId（）方法。
创建了用于向phylo4对象添加数据的addData（）方法。
添加了tipData和nodeData getter/setter方法
如果所有节点标签都是数值，则会自动转换为数据。从MrBayes导入共识树时很有用。
现在可以使用printphylo4（）中的edgeOrder参数按边缘顺序打印树对象。
reorder（）、descendants（）、ancestors（）和部分绘图代码已在C中重新编码，以提高性能。
添加了一个开发人员小插曲来记录和指导phylobase包的开发。
以前基于基础图形的绘图功能已被基于网格图形设备的功能所取代。
添加了一个S4通用plot（）函数，调用treePlot（），它基于对象类和参数分派一个绘图函数。
使用基于网格的代码的绘图可以使用plot（）中的tip.plot.fun参数插入树提示
getNode（）方法得到了增强，允许与特定节点类型进行匹配，如果缺少请求的节点，则返回指定类型的所有节点。
将getEdge（）更改为不允许节点参数，这将返回适用于给定类型的所有边。