phyloTop公司:计算谱系的拓扑性质

phyloTop公司提供用于计算和查看的工具系统发育树的拓扑性质。

正在安装phyloTop公司

要从github安装开发版本，请执行以下操作：

库（devtools）install_github（“michellekendall/phyloTop”）

稳定版本可以从CRAN安装，使用：

install.packages（“phyloTop”）

然后，要加载包，请使用：

库（“phyloTop”）##加载所需的包：ape

内容概述

中提供的关键功能phyloTop公司是：

树木统计和拓扑属性：

• 平均梯形图：找到平均阶梯树的大小

• 樱桃：查找的编号树上的樱桃

• 乙烯共聚物：找到Colless树的不平衡数

• 获取深度：找到每个的深度树中的节点

• IL编号：查找节点数只有一个小费孩子

• 梯子尺寸：查找任何树中的“阶梯”（连续节点，每个节点只有一个尖端儿童）

• maxHeight（最大高度）：找到最大高度树中节点的（相当于深度）

• n配置：查找所有树中的配置（相当于分支）

• 节点深度：查找深度树中的给定节点

• 节点深度压裂：查找的分数树中给定深度的节点

• 节点Emb：查找树中的给定节点

• 节点ImbFrac：查找的分数树中具有给定阈值或更高不平衡度的节点

• phyloTop公司：查找树的范围树列表的统计信息（比调用每个函数更快单独）

• 干草叉：查找的编号树上的干草叉

• 萨金·菲洛：查找Sackin索引一棵树

• splitTop（拆分顶部）：查找拆分拓扑树的大小-给定深度处分支的大小

• 楼梯：找到“楼梯间”Norstrom等人2012年定义的措施

• 树状柱：找到树的不平衡-每个节点的不平衡

• 宽度：查找处的节点数树的每个深度

树可视化工具：

• 配置显示：绘制树，突出显示给定大小的配置

• 阶梯秀：绘制树，突出显示“阶梯”

• 子树显示：绘制树，突出显示从给定节点降序的子树

模拟流行病并创建相应的系谱：

• 制作EpiRecord：模拟感染者、受感染者、感染时间和恢复时间

• 获取实验室系谱：创建系谱来自流行病学记录

示例

树统计信息：

将树统计函数应用于10个随机树的列表，每个树50条提示：

种子（123）phyloTop（rmtree（10,50））##avg梯形樱桃colless.phylo ILnumber maxHeight干草叉麻袋.phylo## 1      0.000       19            82       12         9          9          312## 2      2.167       16           120       18         9          7          330## 3      2.500       19           192       12        12          6          394## 4      2.333       16           139       18        11          9          345## 5      2.000       18           150       14        10          8          358## 6      2.333       17           105       16        11         10          321## 7      2.333       19           112       12        10          5          330## 8      2.333       15           229       20        13          9          421## 9      3.000       17           121       16        11          7          331## 10     3.000       16           181       18        12          7          377##楼梯1楼梯2## 1   0.5510  0.7257## 2   0.5306  0.6752## 3   0.5102  0.6907## 4   0.6327  0.6487## 5   0.5714  0.6880## 6   0.6122  0.6649## 7   0.5714  0.6696## 8   0.6735  0.5760## 9   0.6122  0.6487## 10  0.6122  0.6237

树可视化工具：

用20个提示绘制随机树，突出显示分支从节点25和33下降：

subtreeShow（rtree（20），nodeList=c（25,33），mainCol=“海军”，subtreeCol=“青色”，nodeLabelCol=“青色”，edge.width=2）

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