pathwayTMB:基于通路的肿瘤突变负荷

一种系统生物信息学工具,用于开发新的基于路径的肿瘤突变负担(TMB)评估基因面板(基于路径的癌症突变负担,PTMB),只要数据位于突变注释文件(MAF)中,就可以有效地使用来自癌症基因组图谱来源或任何内部研究的体细胞突变文件格式。此外,我们开发了一种多机器学习方法,使用样本的PTMB谱来识别癌症特异性功能障碍途径,这可以作为癌症免疫治疗预后和预测的生物标记物。

版本: 0.1.3
取决于: R(≥4.1.0)
进口: 生物遗传学,呜呜声,实用程序,格尔姆奈特,随机森林,统计,生存,侦察机,插入符号,数据表,R彩色啤酒,gr设备,pROC公司、图形、,黑手党,clusterProfiler(群集探查器)
建议: 斯特林吉,针织物,rmarkdown公司,测试那个,生物技术经理,xfun游戏,e1071号,qpdf格式,锡锡合金,拼写
出版: 2022-08-09
内政部: 10.32614/CRAN.包装.通道TMB
作者: 韩俊伟[aut,cre,cph],李香梅[aut]
维护人员: 韩俊伟<hanjunwei 1981 at 163.com>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译:
语言: 英语-美国
在视图中: 组学
CRAN检查: pathwayTMB结果

文档:

参考手册: 路径TMB.pdf
渐晕图: 路径TMB

下载内容:

包源: 路径TMB_0.1.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:路径TMB_0.1.3.zip,r版本:路径TMB_0.1.3.zip,r-oldrel:路径TMB_0.1.3.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):路径TMB_0.1.3.tgz,r-oldrel(arm64):路径TMB_0.1.3.tgz,r-release(x86_64):路径TMB_0.1.3.tgz,r-oldrel(x86_64):路径TMB_0.1.3.tgz
旧来源: pathwayTMB存档

反向依赖关系:

反向进口: 程序模块

链接:

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