古巴迪
古巴迪是模拟物种的R包多样性、化石记录和系统发育树。而关于物种出生死亡模拟器的文献非常广泛，包括重要的软件，如古树和猿，我们的结论是关于可能的多元化，需要填补有趣的空白情节。与该领域的大多数模拟器不同，我们努力灵活性高于焦点，为用户实施大量方案在一个通用的允许直接扩展可用场景的框架。这样，古巴迪可以用作对其他模拟器，或者在仅在这里实现的场景中，可以允许对新场景进行健壮且简单的模拟。
安装
您可以从安装已发布版本的古巴迪CRAN（起重机）具有：
以及来自的开发版本github具有：
图书馆（开发工具）
开发工具::安装github(“brpetrucci/古巴迪”)
例子
我们运行一个简单的出生-死亡模拟，如下所示
设置种子(1)
编号0<- 1 #物种初始数量
λ<- 0.1 #物种形成率
亩<- 0.05 #消光率
t最大<- 30 #最大模拟时间
#运行模拟
模拟<- bd.sim（bd-sim）（n0，lambda，mu，tMax）
然后我们可以生成化石记录，并将结果可视化
设置种子(1)
ρ<- 1 #采样率
箱子<- 序列（t最大值，0,-1)#模拟地质层段的东西
#获取化石出现时间的数据帧
化石<- 样品.叶片(模拟=模拟，ρ=ρ，t最大=t最大值，垃圾箱=垃圾箱）
#可视化模拟与化石赋存
图纸.sim（sim，化石）
并生成系统发育
物理（phy）<- make.phylo品牌（模拟）#用模拟组制作系统发育树
猿::plot.phylo语言（物理，root.edge（根.边缘）= 真的)#用树干绘制（需要APE）
猿::轴Phylo()#添加轴
重要功能
bd.sim（bd-sim）是出生-死亡模拟函数，允许对于多个参数，可以构建大量可能的场景。可以提供恒定或依赖时间的物种形成速率λ和消光率亩。在基本费率，我们考虑形状参数（如果有）选择解释λ和亩作为刻度年龄相关多元化的威布尔分布。我们采取这种新颖的步长还可以实现随时间变化的规模和形状。一个人可以还提供环境价值参数使速率依赖于时间序列，例如温度。这些都可以作为用户进行组合愿望，创造出无数可能的场景。
样品.叶片生成化石记录，返回具有发生时间或发生时间范围的组织数据帧，只要用户提供相应的间隔向量。它允许a采样率ρ可以像λ和亩除形状参数，因为在给定未使用威布尔分布建模年龄相关文献中的化石采样。相反，我们允许用户提供他们希望用作与年龄相关的采样的函数，广告娱乐，例如中使用的PERT分布PyRate公司.
make.phylo品牌关闭三个最重要的功能包的，取一个古巴迪模拟和返回门（phylo）APE包中的对象（请参见以上）。
图纸.sim允许轻松可视化出生-死亡模拟对象，绘制物种的持续时间和亲缘关系，以及考虑到化石的出现。
除了主要的模拟和可视化功能外，古巴迪还为用户提供了一些有趣的统计工具，例如再膨胀var，概括了这个再膨胀基于R的函数，允许时变指数速率和形状参数，在这种情况下概括了rweibull公司功能。
数据
考虑到以下功能的可能性古巴迪使用环境相关费率，我们已包含在包裹数据中包含环境数据的帧，即温度(临时雇员)和二氧化碳(二氧化碳). 这些已被修改来自RPANDA的数据（RPANDA:Morlon H.等人（2016）RPANDA:一个R包用于系统发育树的宏观进化分析。生态学方法和进化7:589-597）。要查看有关数据来源的更多信息，请参阅?数据，其中数据是数据帧的名称。
作者
古巴迪被布鲁诺·多·罗萨里奥·佩特鲁奇理想化和蒂亚戈·博西西奥·昆塔尔。出生-死亡、统计和部分采样函数由Bruno编写。系统发育和大多数采样函数由Matheus Januário编写。