与hahmmr集成
更好地检查pileup_and_phase的输入
修复与igraph v2.0+和tidygraph v1.3+(#150)的兼容性
修复多等位CNV状态概率报告(#146)
修复绘图问题#135
修复CRAN检查编译问题
为输入文件添加更好的检查
改进错误处理(#122、#127)
分段_ loh
呼叫段
允许用户通过segs_consunsus_fix参数
segs_consunsus_fix
正在添加呼叫克隆在中调用克隆LOH事件的选项运行_ umbat
呼叫克隆
运行_ umbat
修复错误#81
修复中的过度细分问题查找公共二元体由…引起注释_分段
查找公共二元体
注释_分段
介绍n_切割参数指定要从系统发育中定义的克隆数
n_切割
允许用户通过以下方式从系统发育中重新定义子克隆nb$cutree公司
nb$cutree公司
Numbat现在适用于F1杂交小鼠!查看下的新教程文章.
文章
修复错误#80、#82
在中提供堆叠克隆栏绘制物理热图
绘制物理热图
将系统发育模块作为单独的包外部化(科学工作者)
科学工作者
准备新的CRAN版本
更好的CNV状态图例plot_bulks(散装)
plot_bulks(散装)
修复错误#65、#66、#67
取消对的依赖关系重塑2
重塑2
改进错误处理并删除python依赖项(参数解析)英寸堆积和相位。对
参数解析
堆积和相位。对
允许在中打印多个注释绘制物理热图(多亏了@whtns公司)
添加诊断消息
之后没有CNV时优雅地失败重新测试块(_B)
重新测试块(_B)
经过伽马射线参数到重新测试块(_B)
伽马射线
符合CRAN指南
从包数据中删除ATC2示例-用户可以从实验室服务器链接下载
指定基因组版本的新选项(基因组='hg38'或'hg19'). 支持绘制hg19的着丝粒和间隙区域。
基因组='hg38'或'hg19'
从软件包数据中删除了基因图,它们不再作为输入提供给运行_ umbat遗传距离注释在桩号和相位。对而是使用Eagle2中包含的基因图编写脚本。
桩号和相位。对
使用RcppParallel加速NNI(#34)。速度提高了10倍,内存利用率也大大提高(内存需求与线程数量有关)。
使用roptim加快表达单细胞测试。大约2倍的加速。
CNV过滤的新LLR指标未膨胀(默认值:5)。
仅在alelle数据帧中保留杂合SNP以减少内存使用