全传动链
传动链是诺索伊模拟。可以使用表格.hosts及时链接主机的表。它也可以是以模仿系统发育树的形式提取，并可视化或使用可用的系统发育树工具进行保存，如猿和潮树.为此，您可以使用获取传输树（）功能，哪些参数是诺索伊模拟输出，以及主机类型将是树的提示（默认为“A”，如果是双宿主模拟）。
从形式上讲，传播树被提取为一个过时的系统发育树树，其中：
- 每个分支代表宿主的寿命；
- 每个内部节点表示传输事件；
- 每个提示代表主机的退出点；
- 根表示第一个主机的入口点。
这样的树是二进制的，其提示数与受感染的主机，以及与传输事件数量一样多的节点。它跨越了从第一个主机的第一个条目开始的一段时间（通常为，按照约定，0）到最后一个主机的退出。
它可以被视为代表感染每个寄主的病原体。
获取传输树（）提取完整的传输树。如果发生大规模模拟疫情，这可能需要一些时间。它绘制/可视化也可能非常复杂。
作为示例，我们模拟了单一主机的单一引入病原体处于3种不同状态（命名为“A”、“B”和“C”）之间恒定的退出和移动概率以及大量接触取决于每个位置的位置和主机数：
图书馆（无）
t_incub_fct<- 功能（x）{rnorm公司（x，平均值= 5,标准偏差=1)}
p_最大值<- 功能（x）{罗贝塔（x，形状1= 5,形状2=2)}
p_移动_fct<- 功能（t）{返回(0.1)}
p_退出_fct<- 功能（t）{返回(0.05)}
先证<- 功能（t，p_max，t_incub）{
如果（t）<=t_incub）{p=0}
如果（t）>=t_incub）{p=p_最大值}
返回（p）
}
时间_联系人<- 功能（t，current.in，host.count）{
温度值= 30 -主机计数
如果（温度值<= 0) {
返回(0)
}
如果（温度值>= 0) {
如果（电流.in==“A”){
返回(圆（临时/30)*rnorm公司(1,三,1),0))}
如果（当前输入==“B”){返回(0)}
如果（当前输入==“C”){
返回(圆（（温度值/30)*rnorm公司(1,6,1),0))}
}
}
转换矩阵<- 矩阵(c（c）(0,0.2,0.4,0.5,0,0.6,0.5,0.8,0),nrow公司= 三,ncol公司= 三,数据名=列表(c（c）(“A”,“B”,“C”),c（c）(“A”,“B”,“C”)))
设置种子(1050)
测试nosiA<- nosoiSim公司(类型=“单身”,pop结构=“离散”,
长度=100,
最大受影响=200,
初始化个人=1,
初始结构=“A”,
结构矩阵=transition.max矩阵，
p移动=p_Move_fct，
参数.移动=不适用,
diff.n联系人=真的,
hostCount.n联系人=真的,
n联系=时间联系人，
param.n联系人=不适用,
pTrans公司=先证医学，
参数.Trans= 列表(p_最大值=p_max_fct，
t_incub公司=t_incub_fct），
p退出=p_退出_，
参数.退出=不适用
)
该模拟运行了46个时间步，感染了204台主机。这个因此可以提取以下传输树（作为潮汐树：：treedata对象）并使用打印ggtree（ggtree）:
test.nosoiA.tree测试目录树<- 获取传输树（测试nosoiA）
如果(requireNamespace（必需命名空间）(“ggtree”（ggtree）,悄悄地= 真的)&&
requireNamespace（必需命名空间）(“ggplot2”,悄悄地= 真的)) {
图书馆（ggtree）
图书馆（ggplot2）
ggtree（ggtree）（test.nosoiA.tree，测试树，颜色= “灰色30”)+
地理节点点(原子发射光谱(颜色=状态））+
地理_顶点(原子发射光谱(颜色=状态））+
主题树2()+ xlab公司(“时间（t）”)+
主题(图例.位置= c（c）(0,0.8),
图例.标题= 元素_空白(),
图例.key= 元素_空白())
}其他的{
消息(“绘图需要包‘ggtree’和‘ggplot2’”)
}
每个色点表示位置/状态，位于退出模拟时的传输（节点）或主机（或结束模拟点；小费）。此传输树已计时（time模拟步骤）。正如你所见，在位置“B”（绿色）；这与被选中的人是一致的n联系功能，当主机位于“B”。
对传动链进行采样
通常，整个传输链（即每个宿主）将在疫情监测期间进行采样，或地方性传播。功能示例传输树（）和示例从退出传输树（）两者都可以用于从这个传输链中抽取主机样本并构建新树基于现有主机（提示）。
示例传输树（）需要以下内容论据：
nosoiInf公司、模拟输出(nosoiSim公司对象）树，一个树形纲对象创建的功能获取传输树（）（见上文）。样品，一个数据表对象以下条目：
主机，独一无二主持人。身份证件个人的待取样。次，主机采样的时间。标签，树中相应提示的名称
在上面的示例中，我们想对以下20台主机进行采样：
test.nosoiA.tree.采样<- 示例传输树（test.nosiA、test.nosoiA.tree、samples.data.table）
如前所述，获得的树是树形纲对象，以及可以绘制：
如果(!requireNamespace（必需命名空间）(“ggtree”（ggtree）,悄悄地= 真的)) {
ggtree（ggtree）（测试.土壤.树木.取样，颜色= “灰色30”)+ 地理节点点(原子发射光谱(颜色=状态））+ 地理倾点(原子发射光谱(颜色=状态））+ 地理实验室(原子发射光谱(标签=主机））+
主题树2()+ xlab公司(“时间（t）”)+ 主题(图例位置= c（c）(0,0.8),
图例.标题= 元素_空白(),
图例.key= 元素_空白())
}
或者，您可以在退出的主机（即不再在模拟结束时激活）使用功能示例从退出传输树（），模拟采样具有破坏性或将宿主从种群中剔除的过程。Be公司但是要小心，因为它不会影响流行病学过程：主机仅在退出模拟时采样。
示例TransmissionTreeFromExiting（）需要以下内容论据：
树，一个树形纲对象创建的功能获取传输树（）（见上文）。主机，一个带有宿主的向量。已退出主机的ID取样。
在我们的示例中，我们想对这些样本进行采样：
test.nosoiA.tree.sampled.exiting退出<- 退出时的传输树示例（test.nosoiA.tree，sampled.hosts）
如前所述，获得的树是树形纲对象，以及可以绘制：
如果(requireNamespace（必需命名空间）(“ggtree”（ggtree）,悄悄地= 真的)) {
ggtree（ggtree）（test.nosoiA.tree.sampled.exiting，颜色= “灰色30”)+ 地理节点点(原子发射光谱(颜色=状态））+ 地理_顶点(原子发射光谱(颜色=状态））+ 地理实验室(原子发射光谱(标签=主机））+
主题树2()+ xlab公司(“时间（t）”)+ 主题(图例.位置= c（c）(0,0.8),
图例.标题= 元素_空白(),
图例.键= 元素_blank())
}其他的{
消息(“绘图需要“ggtree”包”)
}
导出传输树
上述所有函数都会生成一个潮汐树：：treedata对象。这是一个系统发育树节点和提示上标注了疫情的所有特征，包括地理位置（如适用）。此格式为由他的开发人员在本文中详细描述电子书.
这样可以很容易地将生成的数据导出到其他软件下游分析，得益于该软件包树（treeio）。对于实例中，可以将树写入野兽兼容格式得益于功能treeio:：write.beast（）:
树（treeio）::书写野兽（test.nosoiA.tree.sampled.exiting）
