mcmcr公司

CRAN下载

mcmcr公司是一个R包，用于操作蒙特卡洛·马尔可夫链（MCMC）样品（Brooks等人，2011年）。

安装

安装.包(“百万立方厘米”)

从安装开发版本github

#install.packages（“远程”）
遥控器::安装github(“poissonconsulting/mcmcr”)

介绍

就本讨论而言样品表示的值学期从单个迭代单曲的链。虽然很简单参数例如截距对应于单个项，更复杂的参数，如两个因素之间的相互作用由多个术语及其自身固有维度-在本例中为矩阵。一组MCMC样品可以用不同的方式储存。

现有类别

三个最常见的S3类存储MCMC示例如下：

尾码：：mcmc存储来自单个链的MCMC样本作为一个矩阵，其中每一行代表一个迭代，每一列表示变量
尾码：：mcmc.list存储多个mcmc公司对象（具有相同尺寸）作为列表，其中每个对象表示平行链
rjags:：mcarray存储单个样本参数，其中初始尺寸是参数尺寸倒数第二个维度是迭代，最后一个维度是链。

在前两种情况下，术语/参数由单一维度意味着参数存储在变量的标签中，即，“bIntercept”，“bInteraction[1,2]”，“b Interaction[2,1]”。。。.的结构mcmc公司和mcmc.列表objects强调MCMC样本的时间序列性质针对减薄进行了优化。相比之下微阵列对象保留参数的维数。

新建类

这个mcmcr公司包定义了三个相关的S3类还保留参数的维数：

mcmcr：：mcmcarray非常类似于rjags:：mcarray除了第一个维度是链，第二个维度是迭代和后续维度表示参数的维数（称为mcmcarray阵列强调MCMC维度即链和迭代是第一位的）；
mcmcr：：mcmcr存储多个唯一命名的mcmcarray阵列具有相同链数的对象和迭代。
mcmcr：：mcmcr存储多个mcmcr公司具有相同参数、链和迭代的对象。

所有五个班级(mcmc公司,mcmc.列表,微阵列,mcmcarray阵列,mcmcr公司和mcmcrs公司)统称为MCMC对象。

为什么是mcmcr？

mcmcarray阵列开发对象是为了方便MCMC样品的操作。mcmcr公司个对象开发用于允许从将单个分析作为一个整体进行操作。mcmcrs公司对象的开发允许使用要一起操作的同一模型。

这个mcmcr公司包（连同学期和列表包）引入各种（通常）通用函数来操作和查询mcmcarray阵列,mcmcr公司和mcmcrs公司对象（和学期和列表和列表对象）。

特别是它提供了以下功能

强迫往返微阵列,mcmc公司和mcmc.列表物体；
提取对象系数表（作为tibble）；
查询对象的香肠,硝石,术语：：npar,术语：：interms,列表：：nsims和nlist:：nsams以及它的参数标注(术语：：pdims)和期限指数(术语：：tindex);
子集按链、迭代和/或参数；
绑定_xx一对物体xx_链,xx_重复,xx_参数或（参数）xx_尺寸;
使用以下命令组合两个（或多个）MCMC对象的样本组合样本（_S）（或组合_样本n)或通过减小尺寸来组合单个MCMC对象的样本使用组合_尺寸;
塌陷_链或拆分链一个物体链；
mcmc_地图超过对象值；
使用转置对象参数标注mcmc_允许;
评估物体是否有聚合的使用拉哈特和电子自旋共振（有效采样率）；
当然了薄的,拉哈特,字母S（有效样本量），打印,情节等说物体。

该代码固执己见，其优点是提供了一个一组流线函数。例如，唯一的“收敛”指标是未修正、未转换的单变量分离R-hat（电位缩放系数）。如果你能说服我重要的是，我会添加它们或接受拉取请求（见下文）。或者，您可能希望使用mcmcr公司打包到在将样本强制为mcmc.列表利用中的所有摘要功能包，例如尾波.

演示

图书馆（千立方厘米）

mcmcr_示例
#>$阿尔法
#> [1] 3.718025 4.718025
#>
#>锚链：2
#>尼特斯：400
#>
#>$测试版
#>           [,1]     [,2]
#> [1,] 0.9716535 1.971654
#> [2,] 1.9716535 2.971654
#>
#>锚链：2
#>尼特斯：400
#>
#>$西格玛
#> [1] 0.7911975
#>
#>锚链：2
#>尼特斯：400

系数（mcmcr示例，简化= 真的)
#>项估计上下值
#>1α[1]3.7180250 2.2120540 5.232403 9.645658
#>2α[2]4.7180250 3.2120540 6.232403 9.645658
#>3β[1,1]0.9716535 0.2514796 1.713996 5.397731
#>4β[2,1]1.9716535 1.2514796 2.713996 7.323730
#>5β[1，2]1.9716535 1.2514796 2.713996 7.323730
#>6β[2,2]2.9716535 2.2514796 3.713996 9.645658
#>7西格玛0.7911975 0.4249618 2.559520 9.645658
拉哈特（mcmcr示例，由= “术语”)
#>$阿尔法
#> [1] 2.002 2.002
#>
#>$测试版
#>       [,1]  [,2]
#> [1,] 1.147 1.147
#> [2,] 1.147 1.147
#>
#>$西格玛
#> [1] 1
情节（mcmcr_示例[[“阿尔法”]])

灵感

尾波和罗杰斯

贡献

请报告任何问题.

拉动请求总是受欢迎的。

行为准则

请注意，mcmcr项目发布时带有贡献者行为准则。通过参与此项目，您同意遵守根据其条款。

工具书类

Brooks，S.、Gelman，A.、Jones，G.L.和Meng，X.-L.（编辑）。2011马尔可夫链蒙特卡罗手册。Taylor&Francis，博卡拉顿。国际标准图书编号：978-1-4200-7941-8。