lnmCluster:对微生物组进行Logistic正态多项式聚类成分数据

logistic正态多项式(LNM)聚类的实现。它是Fang和Subedi(2020)提出的LNM混合模型的扩展<doi:10.48550/arXiv.2011.06682>,并设计用于聚类合成数据。该软件包包括3个扩展模型:LNM因子分析仪(LNM-FA)、LNM双簇混合模型(LNM-BMM)和惩罚型LNM因素分析仪(LMM-FA)。LNM模型有几个优点:1。LNM提供了更灵活的协方差结构;2.因子分析仪可以减少估计的参数数量;3.双聚类可以同时聚类主题和分类群,并提供重要的生物学见解;4.惩罚项允许在协方差矩阵中进行稀疏估计。有关模型假设和解释的详细信息,请参阅论文:Tu和Subedi(2021)<doi:10.48550/arXiv.2101.01871>Tu和Subedi(2022年)<doi:10.1002/sam.11555>.

版本: 0.3.1
取决于: R(≥3.50)
进口: 麦克卢斯特,foreach公司,MASS(质量),字符串,gtools(工具),每加仑毫米,实用程序
链接到: 卢比
建议: 针织物,rmarkdown公司,测试那个,mvtnorm公司
出版: 2022-07-20
内政部: 10.32614/CRAN.包装.lnmCluster
作者: 王叔图[aut,cre],Sanjeena Dang[aut],袁芳[aut]
维护人员: 王叔图(Wangshu-Tu at carleton.ca>)
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译:
CRAN检查: lnmCluster结果

文档:

参考手册: lnm集群.pdf
渐晕图: lnm集群

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