lfproQC:无标签蛋白质组表达数据的质量控制

无标签自下而上的蛋白质组学表达数据经常受到数据异质性和缺失值的影响。归一化和缺失值插补是解决这些问题并使数据集适合进一步下游分析的常用技术。该软件包为数据集提供了归一化和插补方法的最佳组合。该软件包使用了三种归一化方法和三种插补方法。使用统合方差系数、统合方差估计值和统合中值绝对偏差等统计评价指标,为给定数据集选择归一化和插补方法的最佳组合。用户还可以使用此软件包中提供的各种绘图来可视化结果。用户还可以使用此包中包含的函数在两个样本组之间执行差异表达分析。根据Välikangas等人(2016)发表的研究论文,为本研究选择了三种归一化方法、三种插补方法和三种评价方法<doi:10.1093/bib/bbw095>,Jin等人(2021)<doi:10.1038/s41598-021-81279-4>和Srivastava等人(2023年)<数字标识代码:10.2174/157489361866623022150253>.

版本: 0.1.0
取决于: R(≥4.2)
进口: VIM公司,数字播放器,利马,矩阵统计,pca方法,vsn(vsn),重塑2,莱肯,ggplot2,Hmisc公司,重塑,统计,第三年,马格里特,巧妙地,MASS(质量),潮汐选择
建议: 针织物,普利尔,rmarkdown公司,测试那个(≥ 3.0.0),易怒的
出版: 2024-05-23
内政部: 10.32614/CRAN.包装.lfproQC
作者: 卡比兰S[aut,cre],Shashi Bhushan Lal博士,Sudhir Srivastava博士,Krishna Kumar Chaturvedi博士,Yasin Jeshima K博士,Ramasubramanian V博士,Girish Kumar Jha博士
维护人员: 卡比兰S<Kabilan 151414,网址:gmail.com>
许可证: GPL-3型
需要编译:
CRAN检查: lfproQC结果

文档:

参考手册: lfproQC.pdf文件
渐晕图: 用户指南(_G)

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Windows二进制文件: r-devel公司:lfproQC_0.1.0.zip文件,r版本:lfproQC_0.1.0.zip文件,r-oldrel:lfproQC_0.1.0.zip文件
macOS二进制文件: r释放(arm64):lfproQC_0.1.0.tgz,r-oldrel(arm64):lfproQC_0.1.0.tgz,r-release(x86_64):lfproQC_0.1.0.tgz,r-oldrel(x86_64):lfproQC_0.1.0.tgz

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