公里

生物序列分析中的K-mer计数和聚类

公里是用于快速计算距离的R包矩阵与快速聚类大序列数据集无对齐k-mer计数和递归k-means分区。

安装

要下载公里从CRAN加载程序包，运行

安装.包(“公里”)
图书馆(“公里”)

要从GitHub下载开发版本，首先确保C/C++编译器可用，并且开发工具R包为安装。Linux用户通常会安装编译器违约；但是Windows用户可能需要下载R工具和MacOSX用户需要X代码（注意这些是不是R包）。要下载并安装devtools，请运行

安装.包(“开发工具”)

这个公里然后可以通过安装和加载程序包运行

开发工具::安装github(“肖普威尔金森/kmer”)
图书馆(“千米”)

帮助

可以通过以下方式查看包及其功能的概述运行

?公里

要查看教程，您可以运行

渐晕(“kmer-vignette”)

或直接从CRAN（起重机）.

如果您在使用此软件包时遇到问题，请随时将其作为问题提出github.任何感谢您的反馈。

致谢

该软件是在惠灵顿维多利亚大学由卢瑟福基金会博士后研究资助新西兰皇家学会奖学金。