基本数据处理示例

#读取isox测试数据
数据流<- 
  system.file（系统文件）(“外部数据”,“测试文件_双输入_新建.isox”,包装= “isoorbi”)|>
  orbi_read_isox公司()|> #读取.isox测试数据
  orbi简单isox()|> #可选：只保留最重要的列；等效于IsoX中的简化复选框
  #检查问题
  orbi_flag_卫星_峰值()|> #删除IsoX在感兴趣的峰值所在的同一容差窗口中报告的次要信号
  orbi_flag_weak_isotopocules公司(最小百分比（_P）= 10)|> #删除至少在最小百分比扫描中未检测到的同位素气泡信号
  orbi_flag_outliers(agc折叠切断= 2)|> #移除Orbitrap分析仪中离子平均数量超过2倍或少于1/2倍的外围扫描；另一种方法：agcwindow（有关详细信息，请参阅函数文档）
  orbi_define_base峰值(基峰_def= “M0”)#设置数据集中的一个同位素作为比率计算的基峰（分母）

没有卫星峰，没有弱同位素，有一些AGC折叠异常值：

数据流|> orbi_plot_raw_data(同位素穴= “15牛顿”,年=抽搐*it.ms，y_刻度= “日志”)

定义双入口块

#定义块
df_w_块<-
数据流|>
  #一般定义
  orbi_define块用于双入口(
    参考块时间min= 10,#参考试块长10分钟
    样本块时间min= 10,#样品块长10分钟
    启动时间min= 5,#在参考试块开始之前有5分钟的数据，以稳定喷雾条件
    更改超时时间min= 2,#切换阀门后，需要2分钟才能确保测量到正确的溶液
    示例块名称= “样本”,
    参考块名称= “参考”
)|> 
  #精细调整
  orbi_adjust_block（或调整块）(块= 1,班次开始时间min= 2)|> #第一个参考试块从起点开始缩短2分钟
  orbi_adjust_block（或调整块）(块= 4,设置开始时间min= 38,设置结束时间min= 44)#手动设置第二个参考块的起点和终点

#获取块信息
块_信息<-df_w_块|> orbi获取块信息()
块_信息|>针织物::卡布尔的()

文件名	数据组	块	示例名称	数据类型	段	开始扫描编号	结束扫描号	开始时间min	结束时间min
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	1	0	参考	启动	不适用	5	820	0.031	4.985
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	2	1	参考	未使用的	不适用	825	1150	5.015	6.990
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	三	1	参考	数据	不适用	1155	2465	7.021	14.982
20230518_05_USGS32_vs_USGS34型	4	2	样品	转换	不适用	2470	2795	15.016	16.990
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	5	2	样品	数据	不适用	2800	4110	17.021	24.982
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	6	三	参考	转换	不适用	4115	4440	25.016	26.991
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	7	三	参考	数据	不适用	4445	5755	27.022	34.984
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	8	4	样品	转换	不适用	5760	6085	35.017	36.992
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	9	4	样品	未使用的	不适用	6090	6250	37.023	37.995
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	10	4	样品	数据	不适用	6255	7235	38.025	43.982
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	11	4	样品	未使用的	不适用	7240	7400	44.012	44.984
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	12	5	参考	转换	不适用	7405	7730	45.018	46.994
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	13	5	参考	数据	不适用	7735	9045	47.024	54.985
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	14	6	样品	转换	不适用	9050	9375	55.019	56.994
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	15	6	样品	数据	不适用	9380	10690	57.024	64.985
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	16	7	参考	转换	不适用	10695	11020	65.019	66.994
20230518_05_USGS32_vs_USGS34	17	7	参考	数据	不适用	11025	12335	67.025	74.985

原始数据图

图1：默认块高光+异常值

#离子
df_w_块|> 
  orbi_plot_raw_data(
    同位素小泡= “15牛顿”,
    年=离子增量
)


#比率-您可以看到，即使是AGC异常值也会产生适当的比率
df_w_块|> 
  orbi_plot_raw_data(
    同位素小泡= “15牛顿”,
    年=比率
)

图2：突出显示数据中的块+无异常值

df_w_块|> 
  轨道_轨道_轨道_数据(
    同位素小泡= “15牛顿”,
    年=比率，
    颜色= 无效的,
    添加所有块= 真的,
    显示外部（_O）= 错误的
)+
  #添加其他ggplot元素，例如更具体的轴标签
  实验室(x个= “时间[min]”,年= “15N/M0比率”)

图3：在顶部突出显示示例块

df_w_块|> 
  orbi_plot_raw_data(
    等位分子= “15牛顿”,
    年=比率，
    添加所有块= 真的,
    显示外部（_O）= 错误的,
    颜色= 因素（区块）
)+
  实验室(x个= “时间[min]”,年= “15N/M0比率”,颜色= “块#”)

数据摘要

#计算摘要
数据框摘要<- 
df_w_块|>
  #段（可选）
  orbi段块(into_segments（_S）= 三)|>
  #计算结果，包括数据块中未使用的部分
  orbi_汇总_结果(
    比率_方法= “总和”,
    包括未使用的数据= 真的
)

图1：按区块和分段汇总的比率

#从头开始用ggplot绘制所有同位素谱
数据框摘要|>
  滤波器（数据类型== “数据”)|>
  突变(块_段= 把格式数据写成串(“%s.%s”，块，段）|> fct顺序())|>
  #数据
  ggplot图()+
  原子发射光谱(
    x个=块_ seg，
    年=比率，伊敏=比率-比率sem，ymax公司=比率+比率sem，
    颜色=示例名称
)+
  地理点范围()+
  面_网格（同位素囊~.,天平= “免费（_y）”)+
  #天平
  缩放彩色打印机(调色板= “设置1”)+
  主题_bw()+
  实验室(x个= “块.段”,年= “比率”)

图2：具有块背景和原始数据的比率

#绘制15N的图
图2<-df_w_块|>
  滤波器（等分子== “15牛顿”)|>
  突变(面板= “原始比率”)|>
  #原始数据绘图
  orbi_plot_raw_data(
    年=比率，
    颜色= 无效的,
    添加所有块= 真的,
    显示外部（_O）= 错误的
)+
   #比率汇总数据
  地理点范围(
    数据= 功能（df）{
数据框摘要|> 
        滤波器(作为字符（同位素小囊）==数据流$同位素穴[1])|> 
        突变(面板= “摘要”)
},
    地图= 原子发射光谱(
      x个=平均时间min，年=比率，
      伊敏=比率-比率sem，ymax公司=比率+比率sem，
      形状=示例名称
),
    尺寸= 0.5
)+
  面_网格（面板~.,开关= “y”)+
  主题(条带放置= “外部”)+
  实验室(年= 无效的,标题= “15N/M0”)

图2

#相同，但带有18O
绘图2%+% 
（df_w_块|> 滤波器（同位素囊== “18O”)|> 突变(面板= “原始比率”))+
  实验室(标题= “18O/M0”)