expDB(扩展数据库)

R-CMD检查 CRAN_状态_标签

expDB的R接口,用于存储基于实验的数据。

介绍

数据库设计

A类数据库数据库是用于存储基于实验的数据的所有信息。

导入数据

可以从excel文件导入基于实验的数据,该文件支撑方式读xl包裹。expDB对大小写敏感。澳大利亚风格应适用于所有人日期相关字段(日/月/年)。

特点

植物生长发育的过程可以分为几个层次,例如生物圈、生态系统或作物系统、领域或地块、整个植物、植物器官、细胞、分子、原子,和亚原子粒子(Hodges 1991)。我们可以从现场收集数据,农业实验中的植物、器官。较高的值能级可以从较低的能级导出。在大多数情况下,我们不会直接记录以上级别的数据,但要通过特定的协议。这些观察值用于导出其他级别的值。对于例如,人口是从机构计数换算而来的;干的叶片、茎和头的重量由样方收获换算而来。惯例中增加了额外的水平测量。

水平 前缀 例子
字段 F类_ F_项目编号
工厂 P(P)_ P_Stem编号
器官 O(运行)_ 树叶面积(_O)
测量 M(M)_ M_DryWeightGreenLeaf

expDB的发布版本中提供了特性列表。

提取数据集的观测结果

低级功能dbGet表型提供给从数据库中提取原始观测值。可以观察到一些特征或根据其他性状计算得出。

人口

植物种群(F_人口)定义为单位面积内的植物数量。F_人口已检索从数据库中,然后根据测量建立计数计算(M_建立计数)和行间距(行间距). 假设密度等于人口如果数据库中没有指定上述特征。

最终叶数

最终叶数(_最终叶号)定义为抽穗后可育茎的总完成叶片数(主要茎和分蘖)。_最终叶号检索自数据库,然后根据Haun指数计算。假设环指数为记录完整展开的旗叶。因此,最大整数观测值被视为_最终叶号.

茎/分蘖数田地和植物

茎/分蘖数定义为每个茎/分分蘖的数量单位面积和每个工厂。4个性状之间的关系如下跟随。

\[P\_StemNumber=P\_TillerNumber(项目编号)+1\] \[F\_StemNumber=项目编号\次数F\_Population\] \[F\_TillerNumber=P\_Tiller编号\次F\_人口\] \[F\_StemNumber(项目编号)=(PILLERNumber+1)乘以F人口

从观察结果中检索茎/分蘖数,然后由其他性状计算。