cubfits:密码子使用偏差匹配

同义词突变和选择系数的估计基于核糖体间接成本(ROC)模型的密码子偏向用法。多项式logistic回归和马尔可夫链蒙特卡罗用于估计和预测有/无蛋白质产生率表达式和测量误差。工作流及其示例还提供了模拟、估计和预测过程并行化加速。整个框架用Yassour等人(2009)的酵母基因组和基因表达数据<doi:10.1073/pnas.0812841106>.

版本: 0.1-4
取决于: R(≥4.0.0),方法,尾波,foreach公司,并行,统计,图形,实用程序
建议: 顺序,VGAM公司,EMC群集
增强功能: pbdMPI接口(≥ 0.3-1)
出版: 2021-11-07
内政部: 10.32614/CRAN.包装.管件
作者: 陈伟晨[aut,cre],Russell Zaretzki[作者],威廉·豪厄尔,塞德里克·兰德雷尔〔aut〕,德鲁·施密特[aut],Michael A.Gilchrist(作者),普雷斯顿·休格利,学生REU13
维护人员: 陈伟晨(Wei-Chen Chen)<wccsnow at gmail.com>
错误报告: https://github.com/snoweye/cufits/问题
许可证: Mozilla公共许可证2.0
网址: https://github.com/snoweye/cubfits
需要编译:
引用: 立方引用信息
材料: 自述文件 更改日志 安装
在视图中: 组学
CRAN检查: 立方体结果

文档:

参考手册: 立方.pdf
渐晕图: 隔间导轨

下载内容:

包源: 立方=0.1-4.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:cubbits_0.1-4.zip包,r版本:cubbits_0.1-4.zip包,r-oldrel:cubbits_0.1-4.zip包
macOS二进制文件: r释放(arm64):立方-0.1-4.tgz,r-oldrel(arm64):立方-0.1-4.tgz,r-release(x86_64):立方-0.1-4.tgz,r-oldrel(x86_64):立方-0.1-4.tgz
旧来源: 立方体档案

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