执行生物医学命名实体识别,统一医学语言系统(UMLS)概念映射和否定使用Python“spaCy”、“scisapCy”和“medspaCy”包进行检测,以及将提取的数据转换为广泛格式以包含在机器中学习模型。“scispaCy”包的开发描述如下诺依曼(2019)<doi:10.18653/v1/W19-5034>. “medspacy”包使用“ConText”,一种用于确定临床陈述上下文的算法Harkema(2009)描述<doi:10.1016/j.jbi.2009.05.002>. 临床还支持“scispaCy”和UMLS“cui2vec”概念中的实体嵌入Beam开发的预埋件(2018年)<doi:10.48550/arXiv.1804.01486>.
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