chicane:Capture Hi-C分析引擎

用于处理和调用捕获Hi-C数据中的交互的工具包。将BAM文件转换为链接限制片段的读取数,并识别出交互次数超过预期的成对片段。通过比较观察到的读取计数与计数回归模型中的预期背景速率,可以确定显著的交互作用。

版本: 0.1.8
取决于: R(≥3.5.0),gamlss.tr公司,形状的广义可加模型,数据表
进口: MASS(质量),统计,foreach公司,do并行,迭代器,,针织物,市场营销
建议: 测试那个,基因组相互作用,基因组范围,Gviz公司,国家
发布时间: 2021-11-06
内政部: 10.32614/CRAN.包装.智利
作者: 埃尔·霍尔格森[aut],奥利维娅·莱维〔aut〕,奥利维娅·弗莱彻,弗兰克·杜德布里奇,赛义德·海德尔
维护人员: 赛义德·海德尔。海德尔在icr.ac.uk>
许可证: GPL-2型
需要编译:
系统要求: 床上工具
其他存储(_R): http://R-Forge.R-project.org/
材料: 新闻
CRAN检查: 芝加哥结果

文件:

参考手册: 芝加哥.pdf
渐晕图: 入门
可视化交互

下载内容:

包源: 芝加哥_0.1.8.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:芝加哥_0.1.8.zip,r版本:芝加哥_0.1.8.zip,r-oldrel:芝加哥_0.1.8.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):芝加哥0.1.8.tgz,r-oldrel(arm64):芝加哥0.1.8.tgz,r-版本(x86_64):芝加哥0.1.8.tgz,r-oldrel(x86_64):芝加哥0.1.8.tgz
旧来源: 芝加哥档案馆

链接:

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