betaclust:一类贝塔值DNA聚类的贝塔混合模型甲基化数据

Majumdar等人(2022年)开发了一系列新型β混合模型(BMM)<doi:10.48550/arXiv.2211.01938>恰当地建模β值胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)位点,客观地确定甲基化状态阈值,并使用基于模型的聚类方法确定差异甲基化CpG(DMC)位点。贝塔混合模型系列采用适用于不同研究环境的不同参数约束。EM算法用于参数估计,在M步中采用了一种新的近似值,提供了可处理性并确保了计算的可行性。

版本: 1.0.3
取决于: R(≥3.5.0)
进口: foreach公司,do并行,统计,实用程序,ggplot2,巧妙地,规模,中华人民共和国
建议: rmarkdown公司,针织物
出版: 2023-09-29
内政部: 10.32614/CRAN.包装.包
作者: 科耶尔·马朱姆达尔ORCID标识[aut,cre],罗米娜·席尔瓦[aut],Antoinette Sabrina Perry[奥特],罗纳德·威廉·沃森,安德烈亚·劳ORCID标识[aut],佛罗伦斯·贾夫雷齐克[aut],托马斯·布伦丹·墨菲ORCID标识[aut],伊索贝尔·克莱尔·戈姆利ORCID标识[自动]
维护人员: Koyel Majumdar在ucdconnect.ie>
许可证: GPL-3公司
需要编译:
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: 桦树丛生结果

文档:

参考手册: betaclust.pdf(贝塔克鲁斯)
渐晕图: betaclust:β值DNA甲基化数据的β混合模型家族

下载内容:

包源: betaclust_1.0.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:betaclust_1.0.3.zip码,r版本:betaclust_1.0.3.zip码,r-oldrel:贝塔集群1.0.3.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):betaclust_1.0.3.tgz,r-oldrel(arm64):betaclust_1.0.3.tgz,r-版本(x86_64):betaclust_1.0.3.tgz,r-oldrel(x86_64):betaclust_1.0.3.tgz
旧来源: betaclust档案

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