版本1.3.0:9月29日，2023

向后不兼容更改：

• 一些函数现在需要参数轨迹:生成更改克隆

概述：

• 更新了对ggplot2的依赖性>=3.4.0，airr>=1.4.1，igraph>=1.5.0。
• 更新了示例数据示例树使用igprah1.5.0格式。请参见https://r.igraph.org/news/index.html#igraph-150用于细节。
• 性能改进折叠重复项.

多样性：

• 修复了中的一个错误绘制多样性曲线和绘制平衡曲线未应用限额的地方正确放大绘图。

基因：

• 修复了中的一个错误群体基因其中TCR链不在在检测之前的重链序列时考虑次设置。

版本1.2.1:9月19日，2022

概述：

• 修复了TCR基因名称解析中的错误。
• 修复了缺少的导入类人猿：：read.fastq.

版本1.2.0:10月31日，2021

概述：

• 将相关性更新为R>=4.0和ggplot2>=3.3.4。
• 删除了lazyeval依赖项。
• 补充连接对齐，它统计参考种系中的核苷酸在比对中不存在，以及CDR3中V和J核苷酸的数量。

基因使用：

• 修复了中的一个错误获取家庭其中临时指定基因名称没有被正确地归入集群（家族）级别。

血统：

• 修复了中的一个错误runPhylip（运行Phylip）这是导致构建PhylipLineage在Windows上运行时失败。

1.1.0版：2月6日，2021

概述：

• 补充读取快速qDb，它读取一个曲目的.fastq文件并导入的排序质量分数序列_对齐。已添加按质量屏蔽位置屏蔽具有测序质量分数低于指定的阈值。这个便利功能获取位置质量将创建一个数据帧每个职位的质量分数。
• 添加了一个小插曲，描述如何读/写Change-O和AIRR重新排列格式化文件。
• 增加数字播放器依赖v1.0。
• 添加了BioConductor依赖性Biostring、GenomicAlignments、，和I范围。
• 在padSeqEnds（焊盘序列结束），论点mod3=真有添加，以便将序列填充到倍数的长度第页，共3页。
• 修复了中的一个错误翻译DNA哪里不适用没有正确转换值。

氨基酸分析：

• 修复了的默认参数设置中的冲突氨基酸性质，现在默认为nt=真.

多样性：+为添加了一个参数count克隆(删除na)将删除中包含NA值的所有行克隆列，如果真的（默认）并发出警告许多人被撤走了。如果错误的，将保留这些行而不是。

基因使用：

• 增加了功能获取位置提取轨迹来自段调用的信息。
• 增加了功能获取链从定义链段或轨迹调用。
• 更改了中空列的检查countGenes基因到发出警告而不是错误，以免中断运行工作流。
• 修复了中的一个错误获取细分其中筛选从调用时未应用非定位基因获取家庭，因为名称的“NL”部分已删除在过滤步骤之前。
• 更新了中的正则表达式获取Allele,获取基因,获取家庭和获取位置,正确解析常量区域基因名。
• 更新了中的正则表达式获取细分能够正确解析常量区域基因名称，不从中删除“D”“IGHD”，当strip_d=真.

血统：

• 补充分支_长度的参数建筑物理线、和增强图形到Phylo和phyloToGraph（物理ToGraph）跟踪节点中的中间序列对于phylo对象。
• 将参数添加到countGenes基因(删除na)将删除中包含NA值的所有行基因列if真的（默认）并发出警告许多人被撤走了。如果错误的，将保留这些行而不是。

版本1.0.2:2020年7月17日

多样性：

• 修复了中的一个错误plot多样性测试导致了所有的价值观属于q个出现在绘图中，而不仅仅是指定的一个。

基因使用：

• 修复了单单元模式中的一个主要错误组基因其中v_call（调用）
  列正在中使用，而不是j_调用J列基因分组。
• 增加了对TCR基因的支持组基因.
• 更改了仅限高的论点组基因到仅限重型.

版本1.0.1:2020年5月8日

向后不兼容更改：

• 更改了Change-O数据格式的默认预期数据格式符合AIRR重新安排标准。例如：使用函数的位置列名V_呼叫（Change-O）作为默认值识别存储V基因调用的字段，他们现在使用v_call（调用）（AIRR）。这意味着依赖默认值的脚本值（之前，v_call=“v_call”)，现在将失败，如果对函数的调用没有更新以反映正确的值数据。如果数据是Change-O格式，则当前默认值v_call=“v_call”将无法识别带有V的列基因称为列v_call（调用）不存在。在这个案例，v_call=“v_call”需要在函数中指定呼叫。
• 示例Db转换为AIRR重新安排标准以及相应更新的示例。传统的Change-O版本是可用形式示例DbChangeo.
• 为了与新数据格式的默认样式保持一致字段名称已更新为使用相同的大小写。这个变化影响：
  • 氨基酸理化性质（例如肉汁到肉汁);
  • countGenes基因,count克隆（例如。，序列_计数到序列_计数)
  • 估计金额（例如。，等级到等级)
  • 组基因（例如。，VJ组到vj_组)
  • 折叠重复项和生成更改克隆（例如。，序列_ID到序列id,坍塌_计数到塌陷_计数)
  • 谱系树函数(summarizeTrees（汇总树）,获取路径长度,获取MRCA,表格边缘,测试边缘)还返回中的列小写（例如。，起源,小孩,超出程度,步骤,注释,p值)
• IG_颜色名称转换为官方C区域标识符（IGHA、IGHD、IGHE、IGHG、IGHM、IGHK、IGHL）。

概述：

• 许可证更改为AGPL-3。
• 基本主题现在，所有人的外表都是一致的调整大小选项。
• cpuCount（cpu计数）现在将返回1如果核心无法确定计数。
• 修复了中的一个错误焊盘顺序结束其中焊盘_字符参数被忽略。

多样性：

• 修复了用于查看测试的多样性渐晕图中的文档错误结果。
• 估计金额狭槽克隆人（_B）现在包含具有克隆组标识符的列的名称，如下所示在函数调用中指定。例如，如果调用了函数具有clone=“clone_id”，然后是克隆（_B）狭槽将克隆id.

血统：

• 重命名为构建PhylipLineage论据vcall（虚拟电话）,jcall公司和dnapars_exec到v_call（调用）,j_调用和phylip执行,分别是。

版本0.3.0:2019年7月17日

不推荐：

• 稀有多样性不赞成使用α多样性，其中包含相同的功能。
• 测试多样性已弃用。测试计算有已添加到的正常输出α多样性.

概述：

• 补充猿和易怒的依赖关系。

血统：

• 补充读取免疫球蛋白读取IgPhyML输出和联合免疫球蛋白合并参数估计样品。
• 补充图形到Phylo和门到图到允许在图形和phylo格式之间进行转换。

多样性：

• 修复了中的一个错误估计金额其中设置克隆列设置为非默认值时出错。
• 为添加了稀疏选项估计金额通过这个最小n,最大n、和制服论据。
• 将分集函数的稀疏计算移动到估计金额.α多样性将呼叫估计丰度用于引导（如果未提供）现有的丰度曲线对象。
• 重组了多样性曲线和丰度曲线适应新多样性的目标方法。

基因使用：

• 组基因现在支持按V基因、J基因和接头长度(junc_len公司)除了分组之外无连接长度的V基因和J基因。还添加了对的支持添加新参数的单单元格输入数据单元格id,轨迹、和仅限高.

版本0.2.11：9月12日，2018

概述：

• 补充非正方形列表函数计算序列的非平方距离矩阵。
• 导出了一些内部实用程序函数，以便依赖程序包：进度列,基本主题,检查列和cpu计数.

多样性：

• 估计金额、和绘制平衡曲线,现在将允许组=空按性能规定未分组数据的丰度计算。

基因使用：

• 补充填满的参数countGenes基因.何时设置真的这将向组对数据中不存在的。
• 添加了新功能组基因对序列进行分组共享相同的V和J基因。

拓扑分析：

• 修复了tableEdges中的一个错误，该错误在没有父级/子级时导致失败指定时存在关系间接=真.
• 生成更改克隆现在将发出错误并终止，当所有序列都不是长度相同。

版本0.2.10：3月30日，2018

概述：

• 修复了中的一个错误IPUAC_AA公司其中X不正确与Q队比赛。
• 中更改的行为获取AAMatrix治疗*（终止密码子）作为不匹配。

版本0.2.9:2018年3月21日

概述：

• 将已知列的显式类型转换添加到读取更改Db.
• 添加了padSeqEnds（焊盘序列结束）填充序列的函数N表示长度相等。
• 添加了对唯一序列ID的验证折叠重复项.

多样性：

• 添加了制服的参数稀有多样性允许用户切换制服与非均匀采样。
• 已重命名绘图丰富到绘制平衡曲线.
• 改变估计金额从返回对象data.frame到新丰度曲线自定义类。
• 设置默认值情节需要丰度曲线到绘制平衡曲线.
• 添加了注释参数来自绘制多样性曲线到绘制平衡曲线.
• 添加了分数的参数绘制多样性曲线在打印多样性或均匀度。
• 增加了功能plot多样性测试生成简单绘图多样性测试对象摘要。

基因使用：

• 添加了忽略nl的参数getAllele公司,获取基因和获取家庭允许可选非定位（NL）基因的筛选。

血统：

• 修复了中的一个错误生成更改克隆阻止它解释身份证件参数正确。
• 添加了焊盘结束（_E）的参数生成更改克隆允许自动填充末端序列长度相同。

版本0.2.8:9月21日，2017

概述：

• 将Rcpp依赖项更新为0.12.12。
• 补充干的的参数折叠重复项它将注释重复的序列，但在设置为时不会删除它们真的.
• 修复了一个错误，其中折叠重复项正在返回一个如果所有序列都被认为是不明确的，则返回sequence。

血统：

• 增加了更改掩蔽字符和使用的距离矩阵的功能在里面使更改为克隆和构建PhylipLineage对于（可选）将indels视为不匹配的目的。
• 修复了中的一个错误构建PhylipLineage当PHYLIP没有生成推断序列，并且只有一个块。

版本0.2.7:2017年6月12日

概述：

• 修复了中的一个错误读取更改Db导致选择什么都不做的论点。
• 添加了进度包依赖项。
• 支持Rcpp 0.12.11的内部变更。

基因使用：

• 将输出的计数/频率列重命名为countGenes基因当克隆参数是指定给克隆_计数/克隆请求.
• 增加了一个描述基本基因使用分析的小插曲。

版本0.2.6:2017年3月21日

概述：

• 许可证更改为Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0国际（CC BY-SA 4.0）。
• 删除了data.table依赖项并添加了readr依赖项。
• 性能改进读取更改Db和写入更改数据库.

版本0.2.5：2016年8月5日

概述：

• 修复了中的一个错误序列分布（）其中距离不是在包含间隙字符的某些序列中正确计算。
• 向添加了停止和间隙字符获取AAMatrix（）返回矩阵。

版本0.2.4:2016年7月20日

概述：

• 添加了Rcpp和data.table依赖项。
• 被改进的读ChangeoDb（）包裹data.table:：fread（）而不是实用程序：：read.table（）如果输入文件不是压缩的。
• 已移植testSeqEqual（）,获取序列距离（）和获取序列矩阵（）到C++以提高的性能折叠重复项（）和其他相关功能。
• 已重命名testSeqEqual（）,获取序列距离（）和获取序列矩阵（）到seqEqual（）,序列分布（）和成对分布（）,分别是。
• 补充成对相等（）它创建了一个逻辑序列距离矩阵；如果序列相同，则为TRUE；如果序列不同，则为FALSE，不包括Ns和间隙。
• 添加了歧义和空白字符的翻译X（X）在里面translateDNA（）.
• 修复了中的错误折叠重复项（）其中输入数据类型健全性检查将导致vignette无法在R下构建3.3.
• 已替换示例Db.gz包含更大、更多克隆的，示例Db数据对象。
• 已替换示例树有一组更大的树。
• 已重命名多重绘图（）到网格图（）.

氨基酸分析：

• 将默认设置为normalize=假用于费用计算与之前发布的曲目排序更加一致结果。

多样性分析：

• 添加了一个进步的参数稀有多样性（）和测试多样性（）到启用（以前默认的）进度条。
• 修复了中的一个错误估计余额（）是功能如果每组只有一个输入序列，则会失败。
• 中更改的列名数据和总结插槽，共个多样性测试改为大写，以便与其他工具。
• 增加了的调度情节到绘制多样性曲线对于多样性曲线物体。

基因使用：

• 补充排序基因（）按名称排序V（D）J基因的功能或轨迹位置。
• 补充克隆的参数countGenes（）到允许将基因丰度限制为每个克隆一个基因。

拓扑分析：

• 添加了一组用于谱系树拓扑分析的函数。
• 添加了一个显示基本树拓扑分析的小插曲。

版本0.2.3:2月22日，2016

概述：

• 修复了一个错误，其中包将不会在R<3.2.0上构建中的更改基数：：nchar（）.
• 将R相关性更改为R>=3.1.2。

版本0.2.2：1月29日，2016

概述：

• 将CC BY-NC-SA 3.0的许可证更新为CC BY-NC-SA 4.0。
• 内部变更以符合CRAN政策。

氨基酸分析：

• 修复了以下错误：脂肪族（）功能没有通过的省略号参数氨基酸性质（）.
• 改进的氨基酸分析小插曲。
• 增加了氨基酸序列正确性检查氨基酸性质（）.
• 已重命名AA_变速箱到ABBREV_AA公司.

多样性：

• 将均匀度和引导标准偏差添加到稀有多样性（）输出。

血统：

• 补充示例树数据及其输出示例构建PhylipLineage（）.

版本0.2.1:12月18日，2015

概述：

• 删除了plyr依赖性。
• 添加了dplyr、lazyeval和stringi依赖项。
• 增加了igraph版本>=1.0.0的严格要求。
• 已重命名获取DNADistMatrix（）和获取AADistMatrix（）到获取DNA矩阵和获取AAMatrix（）分别是。
• 补充获取序列矩阵（）计算成对一组序列的距离矩阵。
• 修改默认打印大小以更适合导出到宽度为7-8英寸的PDF数字。
• 补充多重绘图（）用于执行多重面板图。

氨基酸分析：

• 从Change-O-CTL到alakazam的迁移氨基酸特性分析。包括新功能格雷（）,散装（）,脂肪族（）,极（）,充电（）,计数模式（）和氨基酸性质（）.

注释：

• 增加了对不寻常的TCR基因名称的支持，如“TRGVA*01”。
• 添加了从基因名称中删除“D”标签（基因复制）的功能用解析获取段（）,获取通道（）,获取基因（）和获取家庭（）。可能被禁用提供论据strip_d=假.
• 补充countGenes（）将V（D）J等位基因、基因和家庭使用。

多样性：

• 添加了与克隆大小分析相关的几个功能分配，包括countClones（）,估计余额（）和绘图增强（）.
• 已重命名重采样多样性（）到稀有多样性（）并改变了许多内部结构。现在对推断出的完整亲属执行引导丰度分布。
• 增加了对在克隆大小中包含拷贝号的支持确定范围稀有多样性（）和测试多样性（）.
• 多样性得分和置信区间稀有多样性（）和测试多样性（）现在是使用bootstrap的平均值和标准偏差计算实现，而不是中间分位数和上/下分位数。
• 添加了向中的图例添加计数的功能绘制多样性曲线（）.

版本0.2.0:2015年6月15日

首次公开发布。

概述：

• 增加了对引文（“alakazam”）命令。

版本0.2.0.beta-2015-05-30:2015年5月30日

血统：

• 向添加了更多错误检查构建PhylipLineage（）.

版本0.2.0.beta-2015-05-26:2015年5月26日

血统：

• 修复了以下问题构建PhylipLineage（）会挂在R上3.2由于R变更请求PR#15508。

版本0.2.0.beta-2015-05-05:2015年5月5日

预发布以供审查。