TopDom:一种有效的确定性识别方法基因组中的拓扑结构域

“TopDom”方法从Hi-C序列数据中识别基因组中的拓扑结构域(Shin等人,2016<doi:10.1093/nar/gkv1505>). 作者将其方法的实现发布为R脚本(两个不同的版本;也可在此包中获得)。此软件包源自那些原始的“TopDom”R脚本,并提供了从原始“TopDom”PDF文档中采用的帮助页面。它还为原始代码提供了少量错误修复。

版本: 0.10.1
取决于: R(≥3.3.0)
进口: 矩阵统计,网格,ggplot2,重塑2,易怒的
建议: 差异对象(≥ 0.1.11)
出版: 2021-05-06
内政部: 10.32614/CRAN.包装。TopDom公司
作者: 亨利克·本特森[aut,cre,cph],申汉军[aut,ctr,cph],Harris Lazaris[ctr,cph](纽约大学博士生),胡刚庆[ctr,cph](NIH科学家),周向红[ctr]
维护人员: 亨利克·本特森(Henrik Bengtsson)
错误报告: https://github.com/HenrikBengtsson/TopDom/问题
许可证: GPL-2型|GPL-3型[扩展自:GPL]
网址: https://github.com/HenrikBengtsson/TopDom网站
需要编译:
引用: TopDom引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: TopDom结果

文档:

参考手册: TopDom.pdf格式

下载内容:

包源: 顶部Dom_0.10.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:顶部Dom_0.10.1.zip,r版本:顶部Dom_0.10.1.zip,r-oldrel:顶部Dom_0.10.1.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):顶部圆顶_0.10.1.tgz,r-oldrel(arm64):顶部Dom_0.10.1.tgz,r-release(x86_64):顶部Dom_0.10.1.tgz,r-oldrel(x86_64):顶部Dom_0.10.1.tgz

链接:

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