贝叶斯后验中的流氓分类群检测树集合

图书馆(“树工具”)#阅读和绘制树

图书馆(“流氓”)#找到流氓分类群

如果（在线）{
dataFolder（数据文件夹）<- "https://raw.githubusercontent.com/ms609/hyoliths/master/MrBayes/"
运行1.t<- 粘贴0（数据文件夹，“hyo.nex.run1.t”)
  #阅读10k棵树需要一两秒钟。。。
运行1树<-猿::阅读.nexus（运行1.t）
  如果(软件包版本(“猿”)<= "5.6.1") {
    #针对猿中一个错误的解决方法，希望在v5.6.2中修复
运行1树<- 结构(重叠地（运行1树，功能（土耳其）{
信托收据$提示标签<- 属性（运行1Trees，“TipLabel”)
信托收据
}),类= “multiPhylo”)
}
}其他的{
  #如果没有互联网连接，我们可以生成一些示例树
运行1树<- 结构(未列出的(重叠地(0:21,功能（主干）{
    添加TipEverywhere（猿::as.phylo公司(0,n提示= 12),“罗格”)
}),递归的= 错误的),类= “multiPhylo”)
}

燃烧压裂<- 0.25
n棵树<- 长度（运行1Tree）
树<-运行1树[序列(来自=燃烧压裂*n棵树，至=n棵树）]

样本大小<- 100
树<-运行1树[序列(来自=燃烧压裂*n棵树，至=n棵树，
                       输出长度=样本大小）]

n次跑步<- 4
所有树<- 重叠地(seq_len（n次跑步），功能（运行）{
runTrees（运行树）<-猿::阅读.nexus(粘贴0（数据文件夹，“hyo.nex.run”，运行。“t”))
runTrees（运行树）<-runTrees（运行树）[序列(来自=燃烧压裂*n棵树，至=n棵树，
                           长度.out=样本大小/n跑步）]
})
树<- 结构(未列出的（所有树，递归的= 错误的),类= “multiPhylo”)

全体会议<- 共识（树木，第页= 0.5)

标准(三月= 代表(0,4),cex公司= 0.85)
情节（全体会议，尖端.颜色= 科尔比稳定性（树木）
绘图工具::Spectrum图例(
  “右下角”,图例= c（c）(“稳定”,“不稳定”),
  调色板= hcl.颜色(131,“地狱”)[1:101]
)

流氓<- QuickRogue公司（树木）
#盗贼<-RugueTaxa（树）可能会做得更好，速度慢得多
流氓

#第一行报告全体树的信息内容
流氓出租车<-流氓$分类单元[-1]

标准(三月= 代表(0,4))#删除绘图边距
标准(mfrow公司= c（c）(1,2))#多屏绘图
标准(cex公司= 0.85)#较小的标签

全体会议<- 共识（树木，第页= 0.5)
减少<- 无共识（树木、流氓出租车、，第页= 0.5)

情节（全体会议，
     尖端.颜色= 如果不是这样（全体会议$提示标签%单位：%流氓出租车，2,1))
标签拆分（全体会议，分路频率（全体，树）
情节（减少）
标签拆分（减少，分路频率（减少，树木）

标准(马尔= 代表(0,4),cex公司= 0.8)
哪辆出租车<- 长度（流氓出租车）#选择一个发光分类单元
位置<- 罗格曲线图（树木，rogueTaxa〔which Taxon〕，第页= 0.5,
                       图例= “左下角”,传奇.inset= 0.06)