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RRphylo包、search.shift和辅助功能
Silvia Castiglione、Gianmarco Tesone、Martina Piccolo、Marina Melchionna、Alessandro Mondanaro、Carmela Serio、Mirko Di Febbraro、Pasquale Raia（2018）。“一种测试进化速率变化和表型进化变化的新方法。”生态学和进化方法,9, 974-983.https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.12954.
RRphylo的多元回归版本
卡梅拉·塞里奥（Carmela Serio）、西尔维娅·卡斯蒂格利奥内（Silvia Castiglione）、吉安马尔科·特索内（Gianmarco Tesone）、马蒂娜·皮科洛（Martina Piccolo）、玛丽娜·梅尔基昂纳（Marina Melchionna）、亚历山德罗·蒙达纳罗（Alessandro Mondanaro。“齿鲸的宏观进化——大脑相对大小异常。”进化生物学,46, 332-342.https://link.springer.com/article/10.1007/s11692-019-09485-7.
玛丽娜·梅尔基昂纳（Marina Melchionna）、亚历山德罗·蒙达纳罗（Alessandro Mondanaro）、卡梅拉·塞里奥（Carmela Serio）、西尔维亚·卡斯蒂格利奥内（Silvia Castiglione）、米尔科·迪费布拉罗（Mirko Di Febbraro）、洛伦佐·鲁克（Lorenzo Rook）、何塞·亚历山大·迪尼斯·菲略（JoséAlexa。“灵长类动物大脑质量的宏观进化趋势。”林奈学会生物学杂志,129, 14-25.https://academic.oup.com/biolinnean/advance-article/doi/10.1093/bilinnean/blz161/5614248.
RRphylo（RRphylo-noder）中的祖先状态集成
Silvia Castiglione、Carmela Serio、Alessandro Mondanaro、Marina Melchionna、Francesco Carotenuto、Mirko Di Febbraro、Antonio Profico、Davide Tamagnini、Pasquale Raia（2020）。“利用系统发生岭回归进行祖先状态估计。”进化生物学,47, 220-232.https://link.springer.com/article/10.1007/s11692-020-09505-x.
搜索.trend
Silvia Castiglione、Carmela Serio、Alessandro Mondanaro、Mirko Di Febbraro、Antponio Profico、Giorgia Girardi、Pasquale Raia（2019年）。“同时检测包括灭绝物种在内的系统发育树的表型平均值和变化率中的宏观进化模式。”公共科学图书馆,14，e0210101。https://journals.plos.org/plosone/article？id=10.1371/journal.pone.0210101.
搜索.conf
Silvia Castiglione、Carmela Serio、Davide Tamagnini、Marina Melchionna、Alessandro Mondanaro、Mirko Di Febbraro、Antonio Profico、Paolo Piras、Filippo Barattolo、Pasquale Raia（2019）。“用形状数据搜索形态收敛的一种新的快速方法。”公共科学图书馆,14，e0226949。https://doi.org/10.1371/journal.pone.0226949.
固定聚乙烯
Silvia Castiglione、Carmela Serio、Martina Piccolo、Alessandro Mondanaro、Marina Melchionna、Mirko Di Febbraro、Gabriele Sansalone、Stephen Wroe、Pasquale Raia（2020）。“驯化、孤立性和社会性对哺乳动物大脑大小进化速度和模式的影响。”林奈学会生物学杂志,132, 221-231.https://doi.org/10.1093/biolinnean/blaa186.
转换映射
玛丽娜·梅尔基昂纳、安东尼奥·菲里科、西尔维亚·卡斯蒂格利翁、卡梅拉·塞里奥、亚历山德罗·蒙达纳罗、玛丽亚·莫达弗里、大卫·塔马尼尼、路易吉·马约拉诺、帕斯夸尔·雷亚、劳伦斯·维特默、斯蒂芬·沃罗、加布里埃尔·桑萨诺（2021年）。“一种在三维数字模型上绘制形态收敛图的方法：以哺乳动物剑齿为例。”古生物学,64, 573–584.https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pala.12542.
速率.map
西尔维娅·卡斯蒂格利奥内、玛丽娜·梅尔基昂纳、安东尼奥·菲里科、加布里埃尔·桑索兰、玛丽亚·莫达弗里、亚历山德罗·蒙达纳罗、斯蒂芬·沃罗、保罗·皮拉斯、帕斯夸尔·雷亚（2021）。“人类面对面：在三维数字模型上绘制进化速率的新方法。”古生物学,65，e12582。https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pala.12582.
树.园丁
Silvia Castiglione、Carmela Serio、Alessandro Mondanaro、Marina Melchionna、Pasquale Raia（2022年）。“用树快速生产大型、时间校准的非正式超级树。合并。”古生物学,65，e12588。https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pala.12588.
相应的BibTeX条目：
@第{条，title={一种测试进化速率变化和表型进化的转变。}，作者={西尔维娅·卡斯蒂格利奥内}和{吉安马尔科·特索内}以及{玛蒂娜短笛乐队（Piccolo）、{玛丽娜·梅尔基昂纳（Marina Melchionna）和{亚历山德罗·蒙达纳罗（Alessandro Mondanaro）以及{Carmela Serio}和{Mirko Di Febbraro}以及{Pasquale Raia}}，journal={生态学与进化方法}，年份={2018年}，体积＝{9}，页码={974-983}，网址={https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.12954},}
@第{条，title={齿鲸的大进化大脑大小。}，作者={卡梅拉·斯里奥}和{西尔维娅·卡斯蒂格利奥内}以及{詹马尔科Tesone和Martina Piccolo和Marina Melchionna{Alessandro Mondanaro}和{Mirko Di Febbraro}以及{PasqualeRaia}}，期刊＝{进化生物学}，年份={2019}，体积={46}，页码={332-342}，网址={https://link.springer.com/article/10.1007/s11692-019-09485-7},}
@第{条，title={灵长类脑质量的宏观进化趋势。}，author={{Marina Melchionna}和{Alessandro Mondanaro}以及{Carmela Serio}和{Silvia Castiglione}以及{Mirko Di Febbraro}和{Lorenzo Rook}、{JoséAlexandre Diniz-Filho}和{GiorgioManzi和{Antonio Profico和{Gabriele Sansalone和{Pasquale Raia}}，journal={Linnean Society生物杂志}，年份＝{2020}，体积={129}，页数={14-25}，网址={https://academic.oup.com/biolinnean/advance-article/doi/10.1093/bilinnean/blz161/5614248},}
@第{条，title={利用系统发生脊进行祖先状态估计回归}，作者={西尔维娅·卡斯蒂格里奥内}和{卡梅拉·塞里奥}以及{亚历山德罗蒙达纳罗（Mondanaro）、{玛丽娜·梅尔基昂纳（Marina Melchionna）和{弗朗西斯科·卡洛特努托（Francesco Carotenuto）和{Mirko Di Febbraro}和{Antonio Profico}以及{Davide Tamagnini}和{Pasquale Raia}}，journal={进化生物学}，年份={2020年}，体积={47}，页数={220-232}，网址={https://link.springer.com/article/10.1007/s11692-020-09505-x链接},}
@第{条，title={同时检测表型平均值和随系统发育变化的变化率树木，包括已灭绝的物种。}，作者={西尔维娅·卡斯蒂格里奥内}和{卡梅拉·塞里奥}以及{亚历山德罗Mondanaro}和{Mirko Di Febbraro}以及{Antponio Profico}和{Giorgia Girardi}和{Pasquale Raia}}，日志={PLoS ONE}，年份={2019}，体积＝{14}，页码={e0210101}，网址={https://journals.plos.org/plosone/article？id=10.1371/journal.pone.0210101},}
@第{条，title={一种新的快速形态收敛搜索方法带有形状数据。}，作者={西尔维娅·卡斯蒂格里奥内}和{卡梅拉·塞里奥}以及{戴维德塔马尼尼（Tamagnini）、{玛丽娜·梅尔基昂纳（Marina Melchionna）和{亚历山德罗·蒙达纳罗（Alessandro Mondanaro）和{米尔科·迪·费布拉罗}和{安东尼奥·Profico}以及{保罗·皮拉斯}和{Filippo Barattolo}和{Pasquale Raia}}，日志={PLoS ONE}，年份={2019}，体积={14}，pages＝{e0226949}，url={https://doi.org/10.1371/journal.pone.0226949},}
@第{条，title={归化、孤立和社会性的影响哺乳动物大脑大小进化的速度和模式。}，作者={Silvia Castiglione}和{Carmela Serio}以及{Martina短笛乐队和{Alessandro Mondanaro}以及{Marina Melchionna}和{Mirko Di Febbraro和{Gabriele Sansalone和{Stephen Wroe}和{Pasquale Raia}}，journal={Linnean Society生物杂志}，年份={2020年}，体积={132}，页码={221-231}，url={https://doi.org/10.1093/biolinnean/blaa186},}
@第{条，title=｛一种映射形态学收敛的方法三维数字模型：以哺乳动物为例军刀对战}，作者={玛丽娜·梅尔基昂纳}和{安东尼奥·Profico}以及{西尔维亚卡斯蒂格利奥内（Castiglione）、{卡梅拉·斯里奥（Carmela Serio）和{亚历山德罗·蒙达纳罗（Alessandro Mondanaro）以及{Maria Modaferi}和{Davide Tamagnini}以及{Luigi Maiorano}和{Pasquale Raia}和{Lawrence M.Witmer}以及{Stephen Wroe}和{Gabriele Sansalone}}，journal={古生物学}，年份={2021}，体积＝{64}，页码={573–584}，url={https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pala.12542},}
@第{条，title={Human face-off：一种绘制进化图的新方法三维数字模型上的速率}，作者={西尔维娅·卡斯蒂格利奥内}和{玛丽娜·梅尔基昂纳}以及{安东尼奥Profico}和{Gabriele Sansalone}以及{Maria Modafferi}和{Alessandro Mondanaro}和{Stephen Wroe}以及{Paolo Piras}和{Pasquale Raia}}，journal={古生物学}，年份={2021}，体积={65}，pages＝{e12582}，url={https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pala.12582},}
@第{条，title={快速生产大型、时间校准非正式带树的超级树。合并}，作者={西尔维娅·卡斯蒂格里奥内}和{卡梅拉·塞里奥}以及{亚历山德罗蒙达纳罗（Mondanaro）}和{玛丽娜·梅尔基昂纳（Marina Melchionna）}以及{帕斯奎尔·莱亚（Pasquale Raia）}，journal={古生物学}，年份={2022}，体积={65}，页数={e12588}，url={https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pala.12588},}