2019年11月16日，RAINBOWR 0.1.15版

主要变化

我们修复了一些与标记基因型缺失处理相关的部分。

• 与前一版本一样，如果标记基因型缺少值，则在RGWAS正常,RGWAS.多功能,RGWAS.epistasis公司,RGWAS.两步、和RGWAS.twstep.epi公司功能。

• 然后，我们在RGWAS正常,RGWAS.多功能、和RGWAS.epistasis公司功能如下。

• 之前

M.now<-Z.A[非NA，]%*%M

• 之后

if（总和（是.na（M））==0）{M.now<-Z.A[非NA，]%*%M}其他{M.now<-M[应用（Z.A[非NA，]，1，函数（x）其中（x==1）），]}

2020年4月28日，RAINBOWR 0.1.16版

主要变化

• 我们添加了RAINBOWR的引用文件，因为我们关于RAINBOWR的论文已经发表在PLOS计算生物学上(https://journals.plos.org/ploscompbiol/article？id=10.1371/journal.pcbi.1007663). 我们还更改了描述在中描述文件以更新参考信息。

• 我们添加了estPhylo公司用于估计和绘制感兴趣块的系统发育树。此函数还将估计感兴趣区块的基因型值。我们还添加了猿和集群中的包NAMESPACE公司和描述文件，因为这些包用于estPhylo公司功能。

2020年4月29日，RAINBOWR 0.1.17版

主要变化

• 在版本0.1.16中，显示了以下注释：

发现以下（可能）无效URL：网址：https://cran.r-project.org/web/packages/RAINBOWR/index.html发件人：inst/doc/RAINBOWR.html自述.md状态：200消息：OKCRAN URL不是规范形式软件包的CRAN页面的规范URL为https://CRAN.R-project.org/package=pkgname

然后，我们使用CRAN包的规范URL修复了此问题“https://cran.r-project.org/package=RAINBOWR“在中inst/doc/RAINBOWR.html和自述.md文件夹。

2020年3月19日，RAINBOWR版本0.1.18

主要变化

• 关于的重要错误光谱G.cpp由于Ishimori博士的帮助，功能得以修复。
• 类（obj）==“try-error”已修改为类（obj）中的try-error%为了处理obj有多个类的情况（避免警告）。

2020年7月22日，RAINBOWR 0.1.19版

主要变化

• 我们添加了计算GRM计算基因组关系矩阵（GRM）的功能。在其他函数和示例中计算GRM的部件被替换为使用计算GRM功能。我们还添加了字符串中的包NAMESPACE公司和描述文件，因为这些包用于计算GRM功能。

• 我们修正了一些与估计显性效应重要性有关的部分计分计算器LR,记分卡LC.LR.MC,计分.calc.score,score.calc.score。国会议员,记分得分。左后,记分.epistasis.score功能。

2020年8月1日，RAINBOWR 0.1.20版

主要变化

• 我们添加了est网络估计和绘制单倍型网络的功能。我们还添加了聚乙二醇中的包NAMESPACE公司和描述文件，因为此包用于est网络功能。

• 我们修复了与单倍型效应估计相关的部分estPhylo公司功能。我们还在estPhylo公司&est网络功能。

2020年8月18日，RAINBOWR 0.1.21版

主要变化

• 我们修改了estPhylo公司和est网络功能。现在，这些功能可以输出系统发育树或单倍型网络的ggplot版本。我们还添加了ggtree（ggtree）,ggplot2,散乱的,藻糖酶,单倍型、和吉马格中的包NAMESPACE公司和描述文件，因为这些包用于estPhylo公司和est网络功能。

• 我们还添加了plotPhyloTree图和plotHaplo网络根据估计结果绘制系统发育树/单倍型网络。

2020年10月29日，RAINBOWR 0.1.22版

主要变化

• 为了处理Windows用户的错误，我们修改了包，以便用户可以选择核数，甚至可以用GEMMA求解混合效应模型(EMM1.cpp公司功能）。我们还添加了论点n.芯对于包含混合效应模型的函数EMM1.cpp公司.

2020年11月3日，RAINBOWR 0.1.23版

主要变化

• 为了处理染色体编号不是从第1号染色体开始的错误，我们修复了与遗传图处理相关的脚本。

2020年11月11日，RAINBOWR 0.1.24版

主要变化

• 我们修复了计算高斯核以计算系统发育关系的错误estPhylo公司功能。
• 我们还修复了中的一个错误基因图谱与单倍型阻止列表中的标记不包括在标记基因型中的情况有关的功能。

2020年12月15日，RAINBOWR版本0.1.25

主要变化

• 我们删除了对的依赖项rgl公司包的未来rgl公司程序包不稳定。相反，我们使用plot_ly（打印）中的函数巧妙地软件包绘制上位性GWAS结果的三维图。我们增加了对的依赖性巧妙地,在这里、和html小部件包装。

2021年1月19日，RAINBOWR版本0.1.26

主要变化

• 我们添加了对的依赖项快速包来执行更快的距离矩阵计算。我们还添加了一个选项pamonce=5在里面集群：：pam函数以节省执行k-medoids分析的成本。

• 我们删除了对的依赖项pblapply地包，因为RAINBOWR包中实际上不需要该包。我们还删除了平行DESCRIPTION文件中Imports列表中的包，因为平行软件包最初安装在R中。我们还删除了巧妙地包，并将其移动到DESCRIPTION文件中的Suggests列表中。

2021年4月6日，RAINBOWR版本0.1.27

主要变化

• 我们删除了单倍型包，并将其移动到DESCRIPTION文件中的Suggests列表中。这是因为包裹潘戈恩，用于单倍型计划于2021-04-19年存档。

2022年1月5日，RAINBOWR 0.1.28版

注意：与旧版本相比，有很大的变化。我们强烈建议您安装最新版本并检查以下更改！！

CRAN维护人员指出的纠正错误的重大变更

• 我们删除了ggtree（ggtree）包，并将其移动到DESCRIPTION文件中的Suggests列表中。通过执行此操作ggtree公司包现在被删除了。

主要变化

• 我们实现了新的功能来测试每个SNP和遗传背景之间的相互作用。计算这些影响的p值的函数如下score.calc.int评分和score.calc.int.MC评分，执行基于SNP的GWAS（包括此类交互效应）的功能是RGWAS正常交互。我们还将添加到NAMESPACE公司文件。

• 我们实现了一个新功能是诊断码判断矩阵是否对角。

• 我们实现了一个新功能并行计算，这使我们能够使用三种不同的方法轻松执行并行计算：麦克拉普利,毛皮商、和foreach公司。此功能用于计分.calc.MC,计分计算器LR.MC,score.calc.score。国会议员,score.calc.epistasis评分。LR.MC公司,score.calc.epistasis.score。国会议员、和score.calc.int.MC评分功能。

• 我们实现了一个新功能EM3.概述，这使我们能够用三个不同的包来求解混合效应模型：降雨,加斯顿、和MM4毫米.

• 我们还将上述四个函数添加到NAMESPACE文件中，以便正确导出。

• 我们修正了一些错误EM3.cpp公司和EM3.链接器.cpp计算时的函数维尼（Vinv）。我们还添加了新参数返回.u.always,返回.u.each、和返回。Hinv公司，以及的新回报每个用户作为一个u个在旧版本中。我们还修改了u个到基因型值的总和。

• 我们重写了代码计分calc,计分.calc.MC、和GWAS_F_测试（C++）函数，以便可以同时测试多个固定效果。

• 我们安装了一些部件RGWAS正常,RGWAS.多功能、和RGWAS.epstasis公司使用时的函数协变的,协变量因子、和结构矩阵论据。

• 我们添加了一个新论点滑雪检查在里面RGWAS正常,RGWAS.多功能,RGWAS.epstasis公司,RGWAS.两步、和RGWAS.twstep.epi公司功能。默认情况下，RAINBOWR会检查输入数据的类型，并将其修改为正确的格式。但是，这需要一些时间，因此如果您准备正确的输入数据格式，可以通过设置跳过此过程skip.check=真.

• 我们提出了一个新论点包裹。MM（毫米）在里面RGWAS正常,RGWAS.多功能,RGWAS.epstasis公司,RGWAS.两步,RGWAS.twstep.epi公司,计分calc,计分.calc.MC,计分计算器LR,计分计算器LR.MC,score.calc.epistasis评分。左后,score.calc.epistasis评分。LR.MC公司,score.calc.int评分、和score.calc.int.MC评分功能。通过更改此参数，您可以从以下三个包中选择用于求解GWAS中混合效应模型的包：降雨,加斯顿、和MM4毫米.

• 我们提出了一个新论点平行法在里面RGWAS正常,RGWAS.多功能,RGWAS.epstasis公司,RGWAS.两步,RGWAS.twostep.epi,计分.calc.MC,计分计算器LR.MC,score.calc.score。国会议员,score.calc.epistasis评分。LR.MC公司,score.calc.epistasis.score。国会议员、和score.calc.int.MC评分功能。在旧版本中，您只需使用pbm应用程序：：pbm应用程序函数进行并行计算，但现在您可以从以下三种方法中选择并行计算方法：麦克拉普利,毛皮商、和foreach公司.

• 我们主要修正了与epstatic测试相关的功能；RGWAS.epistasis公司,RGWAS.twostep.epi,score.calc.epistasis评分。左后,记分.calc.epistasis.score,score.calc.epistasis评分。LR.MC公司、和score.calc.epistasis.score。国会议员功能。这是因为在旧版本中，如何计算两个单倍型块之间的相互作用项是错误的。我们还添加了一个新论点skip.self.int（跳过自我）选择是否跳过自我交互的上位机计算。

• 我们添加了加斯顿和MM4毫米DESCRIPTION文件中的“要导入的包”列表，因为在使用这些包时需要这些包包裹。MM（毫米）参数。我们还添加了lmm.aireml公司,lmm.diago公司、和MMEst公司要导入NAMESPACE文件中的函数。

• 我们添加了阿德根特,毛皮商,未来,进步者,foreach公司、和doParallel（并行）根据新函数和参数的实现将包添加到DESCRIPTION文件中的Suggests列表中。我们还删除了ggplot2,ggtree（ggtree）,散乱的、和藻糖酶包，并将其移动到DESCRIPTION文件中的Suggests列表中。

2022年1月6日，RAINBOWR 0.1.29版

主要变化

• 我们修改了对应于RGWAS正常,RGWAS.正常交互,RGWAS.多功能,RGWAS.epstasis公司,RGWAS.两步、和RGWAS.twstep.epi公司函数，因为函数参数有一些修改。

2022年2月1日，RAINBOWR版本0.1.30

主要变更（新功能等）

• 我们实现了新的功能来测试每个SNP集（单倍型块）和遗传背景（或与多基因的上位性）之间的相互作用。计算这些影响的p值的函数如下分数.calc.LR.int和计分卡.LR.int.MC，执行基于单倍型块的GWAS的功能，包括这种交互作用RGWAS.多点交互。我们还将函数添加到NAMESPACE公司文件。

• 我们实现了一个新功能调整GRM，当存在种群结构时调整基因组关系矩阵。该函数利用真实/估计的子总体信息（总体成员资格）来估计对应于每个子总体的每个方差分量。我们将函数添加到NAMESPACE公司文件。

• 我们实现了一个新功能转换块列表，它将PLINK估计的单倍型块列表转换为可作为基因集中的参数RGWAS.多功能,RGWAS.多点交互、和RGWAS.epistasis公司功能。我们将函数添加到NAMESPACE公司文件。我们还添加了数据表包添加到DESCRIPTION文件中的Suggests列表中。

• 我们删除了RGWAS正常中导入的函数中的函数NAMESPACE公司文件，因为该函数没有赶上最新版本的降雨包裹。

• 我们添加了一个新论点地图.gene.set到RGWAS.多功能,RGWAS.多点交互,RGWAS.epstasis公司,RGWAS.两步、和RGWAS.twstep.epi公司功能。如果此参数为NULL，则映射将由基因图谱SNP-set GWAS之后的函数。这将需要一些时间，因此可以通过预先分配此参数来减少计算时间。

• 我们还更新了自述.md和RAINBOWR.md公司对于小插曲。

2022年6月25日，RAINBOWR版本0.1.31

主要变更（新功能等）

• 我们添加了子顶部的参数计算GRM功能。通过利用子顶部参数，您可以在计算基因组关系矩阵时考虑子群体之间的等位基因频率差异。此参数仅在选择NOIA方法时有效。

• 我们在以下示例中添加了如何根据GBLUP结果计算标记效果EMM.cpp公司功能。

2023年7月25日，RAINBOWR 0.1.32版

重大变更（新功能等）

• 我们修改了关于请参见显示时的功能阵列物体。

2023年9月11日，RAINBOWR 0.1.33版

重大变更（新功能等）

• 我们添加了最大HE参数MAF.切割这样它还可以去除杂合率较高的标记。
• 我们添加了一些代码来预先在计分calc和计分.calc.MC功能。
• 我们添加了一些代码以减少MAF基因集在内部预先论证RGWAS.多功能,RGWAS.epistasis公司、和RGWAS.多点交互功能。
• 如果在使用计分计算器LR,计分计算器LR.MC、和EM3.概述功能。

2023年10月2日，RAINBOWR版本0.1.34

主要变更（新功能等）

• 我们更改了参数名称n孔到n.芯并添加了参数平行法在中estPhylo公司和est网络功能。
• 我们修改了estPhylo公司和est网络函数，以便即使在Windows操作系统中也可以使用并行计算机功能。
• 我们修改了estPhylo公司和est网络函数，以便它们可以返回一个n x h矩阵，其中n是基因型的数量，h是每个感兴趣的块的单倍型的数量。此外，它们还被扩展，以便在单倍型数量预先确定时，可以进行k-medoids聚类来定义单倍型。
• 我们还修改了并行计算机功能，以便parallel.method=“foreach”选项可以返回与相同的值parallel.method=“mclapply”.

2024年3月3日，RAINBOWR版本0.1.35

主要变更（新功能等）

• 我们修改了计算GRM函数，以便它可以计算基因组关系矩阵，其中标记基因型的输入用{0，1，2}评分。
• 我们修改了请参见函数，以便它可以显示以下项的较短结果列表物体。
• 我们添加了方法=“Sidak”中的选项计算阈值功能。
• 我们修复了中的错误“error:no match for'operator/'”EMM_函数.cpp通过使用.系数.