RADstackshelpR:通过R优化De Novo Stacks管道

提供了一些有用的包装器函数,可以简化在R中读取、分析和可视化可变调用格式(vcf)文件。此包旨在促进显式管道优化斯塔克斯(Rochette等人,2019年)(<doi:10.1111/mec.15253>)从头组装(无参考基因组)和变异过程中的参数限制酶相关DNA序列(RADseq)数据的调用。这个此处实施的管道基于2017年的论文“迷失在参数空间”(巴黎等,2017)(<doi:10.1111/2041-210X.12775>)其中为优化参数制定明确的建议“m”、“m”和“n”,在装配轨迹的过程中。

版本: 0.1.0
进口: 真空断路器,ggplot2,ggridges公司,额外网格
建议: 针织者,rmarkdown公司
出版: 2021-08-19
内政部: 10.32614/CRAN.包装。雷达堆栈帮助
作者: 德文·德拉德ORCID标识[aut,cre]
维护人员: 德文·德拉德(Devon DeRaad)<devonderad at gmail.com>
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
需要编译:
材料: 自述文件
CRAN检查: RADstackhelpR结果

文档:

参考手册: RADstackshelpR.pdf
渐晕图: 可复制示例

下载:

包源: RADstackshelpR_0.1.0.tar.gz(雷达堆栈帮助)
Windows二进制文件: r-devel公司:RADstackshelpR_0.1.0.zip文件,r-释放:RADstackshelpR_0.1.0.zip文件,r-oldrel:RADstackshelpR_0.1.0.zip文件
macOS二进制文件: r释放(arm64):RADstackshelpR_0.1.0.tgz,r-oldrel(arm64):RADstackshelpR_0.1.0.tgz,r-release(x86_64):无线电堆栈帮助R_0.1.0.tgz,r-oldrel(x86_64):RADstackshelpR_0.1.0.tgz

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