生态位条形码
这是一个快速入门指南功能。
安装
您可以安装的稳定发布版本{小生境条形码}从github具有：
#install.packages（“devtools”）
开发工具::安装github(“Yangcq-Ivy/NicheBarcoding”)
或直接从安装CRAN（起重机）具有：
功能
此软件包提供三个主要操作：
国家统计局和NBSI2公司函数执行main整合DNA条形码和生态位的识别建模。提取SpeInfo,利基。模型。生成,伪当前点和伪观测点函数是可提取的中间步骤国家统计局和NBSI2公司执行信息提取，利基建模和伪点生成。单系prop,spe.mantel.test测试和利基。PCA公司函数执行引用或/和查询数据集的特征，包括系统发育单系比例种间成对遗传距离和生态距离，以及数据集之间生态位的主成分分析。
用法
rm（毫米）(列表=最小二乘法())
图书馆（生态位条形码）
首先加载示例生物气候层。
或者如果你想从下载完整的生物气候层联机世界气候,运行：
嫉妒<-光栅::获取数据(“世界气候”,下载=错误的,无功功率，无功功率=“生物”,资源=2.5)
环境病毒<-光栅::砖（环境）
#生成随机背景点
后面<-肢解::随机点数(掩模=环境病毒，n个=5000,扩展名=无效的,外部=1.1,
排除=真的,问题=错误的,
手机号码=错误的,尝试=三,警告=2,
lonlat校正=真的)
bak.vir公司<-光栅::提取物（英文版，背面）
在这里，用户可以从三个不同的下面的场景。
场景0
这是大多数用户的典型情况供参考和查询的研究物种的DNA条形码样本，从其自身记录物种/样本的坐标收藏。
#################################################################
###场景0
###NBSI DNA条形码+物种分布坐标
###可用（使用在线气候数据）
#################################################################
图书馆（猿）
数据（笔记本电脑虫）
参考seq<-笔记本电脑虫$参考seq
魁塞克<-笔记本电脑虫$魁塞克
NBSI.输出<-国家统计局（参考公式，魁北克公式，参考添加=无效的,
独立=真的,
模型=“射频”,变量=“全部”,
环境病毒=环境病毒，bak.vir公司=bak.vir）
NBSI.输出
此外，从GBIF公司或已发布文献也可以通过参考添加参数。
当您有其他参考坐标信息时，运行：
参考添加<-笔记本电脑虫$参考添加
NBSI输出2<-氮硼硅（参考公式，魁北克公式，参考添加=参考添加，
独立=真的,
模型=“射频”,变量=“选择”,
环境病毒=环境病毒，bak.vir公司=bak.vir）
NBSI输出2
场景1
在这种情况下，用户可能已经拥有由另一个物种识别的物种条形码方法。
他们试图进一步确认自己与利基的身份由环境数据建立的模型。
功能NBSI2公司是专门为此设计的目的。
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###场景1
###通过其他方法或条形码识别的NBSI2物种+
###可用物种分布坐标
###（用于使用在线气候数据）
#################################################################
数据（LappetMoths）
条形码标识结果<-笔记本电脑虫$条形码标识结果
参考文件<-笔记本电脑虫$ref.in用于
que.infor（队列输入）<-笔记本电脑虫$que.infor（队列输入）
NBSI2.输出<-NBSI2公司(参考文件=ref.in代表，que.infor（队列输入）=排队等待，
条形码标识结果=条形码标识结果，
模型=“射频”,变量=“选择”,
环境病毒=环境病毒，bak.vir公司=bak.vir）
NBSI2.输出
场景2
有时用户可能通过其他方法或单独使用条形码或自己收集的环境数据（或其他在线来源）。
显然，用户不再需要提供物种分布数据（坐标），或在此情况下使用在线环境数据。
他们应准备两个环境数据集，以供参考和查询样本。
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###场景2
###通过其他方法或条形码识别的NBSI2物种+
###拥有自己环境数据的用户
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数据（笔记本电脑虫）
条形码标识结果<-拉普特蛾$条形码标识结果
参考env<-笔记本电脑虫$参考env
队列env<-笔记本电脑虫$队列env
NBSI2.输出2<-NBSI2公司(参考env=参考版本，队列env=que.env、，
条形码标识结果=条形码标识结果，
模型=“射频”,变量=“全部”,
环境病毒=环境病毒，bak.vir公司=bak.vir）
NBSI2.out2
完整的示例也可以在每个的帮助文档中找到功能。
用户还可以阅读手册以了解更多信息。
引用此包
引用{小生境条形码}，使用：
Yang，C.Q.，X.H.Li，M.C.Orr，A.B.Zhang（2021）。生态位条形码：使用集成DNA条形码进行物种识别的R包环境生态位模型。R软件包版本1.0。https://github.com/Yangcq-Ivy/NicheBarcode
致谢
我们感谢评审员ldecicco美国征求意见在包的早期版本上。
这项工作得到了国家杰出人才基金的支持《青年科学家》（致张，批准号：31425023），自然科学出版社中国基金会（给张，批准号31071963和31272340），项目长江学者和大学创新研究团队（IRT13081）和科技基金项目（2012财年110803）。