MicrobiomeSurv:微生物生存的生物标记验证分类和预测
通过发现用于预测存活率的微生物组并将受试者分为风险组,确定事件发生时间数据的微生物组生物标记物的方法。如有必要,分类器是重要微生物群和治疗效果的线性组合。采用了几种方法来估计微生物组风险评分,如Robert Tibshirani(1998)的LASSO方法<doi:10.1002/(SICI)1097-0258(19970228)16:4%3C385::AID-SIM380%3E3.0.CO;2-3>,Hui Zou和Trevor Hastie的弹性网方法(2005)<数字对象标识代码:10.1111/j.1467-9868.2005.0050.x>,监督Wold Svante等人(1987)的主成分分析<doi:10.1016/0169-7439(87)80084-9>和Inge S.Helland监督的偏最小二乘分析<https://www.jstor.org/stable/4616159>.还可以对用于分类的分位数进行敏感性分析,以检查基于指定分位数的分类组的偏差。可以进行大规模交叉验证,以调查大多数选定的微生物组并进行内部验证。在评估过程中,使用测试集的危险比(HR)分布进行验证,推断主要基于重采样和置换技术。
版本: |
0.1.0 |
取决于: |
R(≥2.10) |
进口: |
图形、统计数据,ggplot2,生存,侦察机,格尔姆奈特、方法、,超级计算机,lmtest测试,gplots(gplots),第三年,数字播放器,微生物群,请,gr设备 |
建议: |
针织物,rmarkdown公司 |
出版: |
2023-10-12 |
内政部: |
10.32614/CRAN.包装。微生物监测 |
作者: |
Thi Huyen Nguyen【aut,cre】,Olajumoke Evangelina Owokotomo[aut],齐夫·什凯迪 |
维护人员: |
Thi Huyen Nguyen<uhasselt.be的thihuyen.Nguyen> |
错误报告: |
https://github.com/N-T-Huyen/MicrobiomeSurv/issues/new |
许可证: |
GPL-3公司 |
网址: |
https://github.com/N-T-Huyen/MicrobiomeSurv网站 |
需要编译: |
不 |
CRAN检查: |
MicrobiomeSurv结果 |
文档:
下载内容:
链接:
请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=MicrobiomeSurv链接到此页面。