MetabolicSurv:一种用于分类和鉴定的生物标志物验证方法使用代谢组学特征预测存活率

一种通过发现预测存活率的预测代谢产物并将患者分为风险组来识别代谢数据的代谢生物标志物特征的方法。分类器构建为预测/重要代谢物、预测因素和治疗效果(如有必要)的线性组合。采用了几种方法来减少代谢组学矩阵,如Wold Svante等人(1987)的主成分分析<doi:10.1016/0169-7439(87)80084-9> , Robert Tibshirani(1998)的LASSO方法<doi:10.1002/(SICI)1097-0258(19970228)16:4%3C385::AID-SIM380%3E3.0.CO;2-3>,的Hui Zou和Trevor Hastie的弹性网方法(2005)<数字对象标识代码:10.1111/j.1467-9868.2005.0050.x>. 还可以对用于分类的分位数进行敏感性分析,以检查基于指定分位数的分类组的偏差。可以进行大规模交叉验证,以调查大多数选定的预测代谢物并进行内部验证。在评估过程中,使用测试集的危险比(HR)分布进行验证,推断主要基于重采样和置换技术。

版本: 1.1.2
取决于: R(≥4.1.0)
进口: 超级计算机,格尔姆奈特,矩阵统计,监督员,生存,rms(有效值),第三年,,Rdpack公司,方法,统计信息,ggplot2,数字播放器
建议: 针织物,rmarkdown公司
出版: 2021-06-11
内政部: 10.32614/CRAN.包装。代谢监测
作者: Olajumoke Evangelina Owokotomo【aut,cre】,齐夫·什凯迪
维护人员: Olajumoke Evangelina Owokotomo在uhasselt.be>
错误报告: https://github.com/OlajumokeEvangelina/MetabolicSurv/issues/new
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/OlajumokeEvangelina/MetabolicSurv网站
需要编译:
在视图中: 组学
CRAN检查: 代谢监测结果

文档:

参考手册: 代谢监测.pdf
渐晕图: 代谢监测:一种利用代谢组学特征进行分类和预测存活率的生物标记物验证方法

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旧来源: 代谢监测档案

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