MCMC。OTU:DNA中多变量计数数据的贝叶斯分析元条码与生态学

使用MCMC对多元计数数据进行泊松对数正态广义线性混合模型分析,旨在推断单个变量相对比例的变化。该软件包最初设计用于微生物群落的基于序列的分析(“元条形码”,变量=操作分类单元,OTU),但可以用于其他类型的多元计数,例如生态应用(变量=物种)。使用“ggplot2”函数对结果进行汇总和绘制。包括删除样本和变量异常值的函数,并将计数重新格式化为标准化的日志转换值,以进行相关性和主成分/坐标分析。演练和示例:http://www.bio.utexas.edu/research/matz_lab/matzlab/Methods_files/walkthrough示例_mcmcOTU_R.txt.

版本: 1.0.10
取决于: MCMCglmm公司,ggplot2,尾波
出版: 2016-02-12
内政部: 10.32614/CRAN.包装。MCMC。OTU(OTU)
作者: 米哈伊尔·马茨
维护人员: 米哈伊尔·马茨(Mikhail V.Matz)
许可证: GPL-3公司
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CRAN检查: MCMC。OTU结果

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旧来源: MCMC。OTU存档

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