嗯

描述

物种群落的层次建模(嗯)是联合物种分布建模的灵活框架（JSDM）。该框架可用于将物种发生或环境协变量丰度、物种特征和系统发育关系。JSDM是物种分布模型的特例考虑到社区多元性的（SDM）这使我们能够估计社区层面的反应以及捕获生物相互作用及残留物中缺失协变量的影响物种协会。

这个嗯包中包含适合JSDM的函数，分析输出并使用这些JSDM生成预测。这个HMSC分析的强制性数据包括物种矩阵出现或丰度以及环境协变量矩阵。用户可以选择包括物种特征信息，系统发育关系和时空背景信息抽样设计中考虑抽样之间的相关性单位。

入门

要开始使用该软件包，我们建议从阅读开始可以通过键入找到的程序包文档帮助（“Hmsc-package”），遵循小插曲和阅读的帮助页面嗯,Hmsc随机级别和样品Mcmc功能。小插曲可在中找到“vignette”文件夹，或者可以从中访问R（右）通过键入例如vignette（主题=“vignette_1_univariate”，包=“Hmsc”）.要查看渐晕图列表，请键入渐晕图（package=“Hmsc”）.

文档

对于那些有兴趣使用嗯文件包包括以下文件：

Ovaskainen，O.，Tikhonov，G.，Norberg，A.，Blanchet，F.G.，Duan，L。，Dunson，D.、Roslin，T.和Abrego，N.，2017年。如何利用社区数据？概念框架及其作为模型的实现和软件。生态学快报 20,561-576https://doi.org/10.1111/ele.12757

在开发过程中嗯几家报纸都有已发布，描述了模型的不同组件。收件人了解更多关于这些不同成分和联合物种的信息一般来说，我们建议阅读以下内容文章。

对于空间潜在因素：

O.Ovaskainen，D.B.、D.B.Roy、R.Fox和B.J.Anderson，2017年。揭示物种群落中隐藏的空间结构空间显式联合物种分布模型。中的方法生态与进化， 7,428-436.https://doi.org/10.1111/2041-210X.12502

用于时间序列分析数据：

O.Ovaskainen、G.Tikhonov、D.Dunson、V.Grötan、S.Engen、。，Sther，B.-E.和Abrego，N.2017。物种如何相互作用在物种丰富的社区中构建？一种新的分析方法时间序列数据。英国皇家学会学报B：生物学科学， 284,20170768https://doi.org/10.1098/rspb.2017.0768

对于协变量从属物种协会：

Tikhonov，G.、Abrego，N.、Dunson，D.和Ovaskainen，O.，2017年。使用用于评估物种与物种之间关系的联合物种分布模型关联取决于环境背景。生态学方法和进化 8,443-452.https://doi.org/10.1111/2041-210X.12723