单倍体捕捉器:预测性单倍体包
用于预测基因型在特定位点/QTL/基因的等位基因状态。这是通过使用基因型矩阵和一个单独的文件来实现的,该文件对基因型矩阵中个人感兴趣的位点/QTL/基因进行了分类。训练群体可以从之前筛选过特定位点/QTL/基因的一组个人中创建,而之前的筛选可以归纳为一个类别。通过使用全基因组标记平台对已进行基因分型的个体进行分类,可以训练一个模型,根据个体在与位点/QTL/基因相关的区域中的遗传序列预测其所属的类别(单倍型)。然后,这些经过训练的模型可以用于预测基因座/QTL/基因的单倍型,这些单倍型的个体已经用基因组平台进行了基因分型,但尚未对特定基因座/QTL/基因进行基因分型。该方案基于Winn等人2021年完成的工作。有关此方法的详细信息,请参阅<doi:10.1007/s00122-022-04178-w>.
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