单倍体捕捉器:预测性单倍体包

用于预测基因型在特定位点/QTL/基因的等位基因状态。这是通过使用基因型矩阵和一个单独的文件来实现的,该文件对基因型矩阵中个人感兴趣的位点/QTL/基因进行了分类。训练群体可以从之前筛选过特定位点/QTL/基因的一组个人中创建,而之前的筛选可以归纳为一个类别。通过使用全基因组标记平台对已进行基因分型的个体进行分类,可以训练一个模型,根据个体在与位点/QTL/基因相关的区域中的遗传序列预测其所属的类别(单倍型)。然后,这些经过训练的模型可以用于预测基因座/QTL/基因的单倍型,这些单倍型的个体已经用基因组平台进行了基因分型,但尚未对特定基因座/QTL/基因进行基因分型。该方案基于Winn等人2021年完成的工作。有关此方法的详细信息,请参阅<doi:10.1007/s00122-022-04178-w>.

版本: 1.0.4
取决于: R(≥2.10)
进口: 底座,平行,do并行,foreach公司,插入符号,ggplot2、图形、,针织物,拼凑,晶格,随机森林
建议: rmarkdown公司,测试那个(≥ 3.0.0)
出版: 2023-04-21
内政部: 10.32614/CRAN.包装。单性恋捕手
作者: 扎卡里·温恩ORCID标识[aut,cre]
维护人员: 扎卡里·温恩(Zachary Winn)<zwinn at outlook.com>
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
需要编译:
材料: 自述文件
CRAN检查: HaploCatcher结果

文档:

参考手册: 快乐捕手.pdf
渐晕图: HaploCatcher简介

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旧来源: HaploCatcher档案

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