模拟化石中的树木生-死过程

模拟fbd功能

化石模拟人可以用于直接从使用模拟fbd家庭函数，其接口类似于模拟.bd中的函数树图像。这些函数返回SA树对象，因为模拟树可能包含采样的祖先表示为具有零长度分支的尖端。

从时间均匀的死产化石模拟树木过程

如中所示树图像，可以在调节时模拟树既可以是现有分类群的抽样数量（使用模拟联邦调查局分类功能），或进程的总时间（使用sim.fbd.年龄功能）。这些功能需要化石采样率参数磅/平方英寸作为一个论点，但是否则，使用与sim.bd.分类群和sim.bd.年龄中的函数树图像.

树木<-sim.fbd.taxa（n=10，numbsim=10，lambda=3，mu=2，psi=2）绘图（树[[1]）

树木和化石样本的地层范围表示可以使用非对称测图功能，假设所有物种形成事件都是不对称的。

非对称距离图（树[1]）

请注意，当模拟完整的树时(完成=真)，结果中的提示SA树对象表示灭绝事件，而它们表示树中没有未采样谱系的化石采样事件(完成=假). 这个完成的字段导致SA树对象的值完成函数参数。

树木<-sim.fbd.taxa（n=10，numbsim=10，lambda=3，mu=2，psi=2，complete=T）打印（树[1]]$完成）

##[1]正确

非对称距离图（树[1]）

从一个偶然的死亡化石模拟树木过程

树也可以从时变的分段常量中进行模拟使用sim.fbd.rateshift.taxa公司功能。除了向量间隔特定的磅/平方英寸参数，此函数还需要与相应参数相同的大多数参数sim.ratefhift.taxa（模拟变速箱）中的函数树图像。在矩，此函数假定现有分类群的采样分数(压裂)在所有时间间隔内均等于1.0。

树=sim.fbd.速率偏移.taxa（n=10，numbsim=1，λ=c（2,1），mu=c（0,0.3），psi=c（1,0.1），倍数=c（0.0.3））非对称距离图（树[1]）