分析FBD参数

##从所有运行中导入所有日志（.p）文件并合并它们，burn-in=25%
##并在每个日志文件中向下采样到2.5k棵树
后3p<- 组合日志(“日志文件3p”,燃烧= 0.25,下采样= 1000)

数据（后3p）

##显示组合日志文件的前5行
头（后3p，5)

##使用FBD_Reshape将导入的组合日志文件从宽改为长
后3p_long<- FBD_重塑（后3p，变量= 无效的,日志类型= “贝叶斯先生”)

##按时间段汇总参数并进行分析
t3（第三节）.1 <- FBD_摘要（后3p_long）
t3（第三节）.1

##导出表格
写入.csv（t3.1,文件= “FBD_summary.csv”)

##按时间仓绘制所需FBD参数的分布
##核密度图
FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后3p_long，参数= “网络规范”,
              类型= “密度”,堆栈= 错误的)

##使用
##堆芯密度图
FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后3p_long，参数= “网络规范”,
              类型= “密度”,堆栈= 真的)

##使用
##小提琴情节
FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后3p_long，参数= “网络规范”,
              类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “红色”)

##用提琴图按时间段绘制所有FBD参数的分布
第1页<- FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后3p_long，参数= “网络规范”,
                    类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “红色”)
第2页<- FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后3p_long，参数= “relative_extinction”,
                    类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “青色3”)
第3页<- FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后3p_long，参数= “相对石化”,
                    类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “绿色3”)

图书馆（拼凑）
第1页+第2页+第3页+ 绘图_布局(nrow公司= 1)

##将绘图保存为PDF格式的工作目录
ggplot2::ggsave公司(“Plot_regs.pdf”,宽度= 12,高度= 4)

#####所有时间段的每个FBD参数的正态性和同方差测试
t3（第三节）.2 <- FBD_测试1（后3p_long）

###导出所有测试的输出表
写入.csv（t3.2,文件= “FBD_Tests1_Assum.csv”)

#输出为单独的表
t3（第三节）.2$夏皮罗

#OR作为单个合并表
t3（第三节）.2$夏皮罗$网络规范（_S）$箱子<- 行名称（t3.2$夏皮罗$网络规范）
t3（第三节）.2$夏皮罗$相对_消亡$箱子<- 行名称（t3.2$夏皮罗$relative_extinction）
t3（第三节）.2$夏皮罗$相对石化作用$箱子<- 行名称（t3.2$夏皮罗$相对石化）

k1全部<- 旋转（t3.2$夏皮罗$网络规范，
t3（第三节）.2$夏皮罗$相对灭绝，
t3（第三节）.2$夏皮罗$相对石化，
               品牌名称= 错误的)

k1全部

##Bartlett方差齐性检验
t3（第三节）.2$巴特利特

##方差齐性的Fligner-Killeen检验
t3（第三节）.2$飞行员

##可视化偏离正态分布和方差相似性
FBD_正常_槽（后3p_long）

##将绘图保存为PDF格式的工作目录
ggplot2::ggsave公司(“Plot_normTests.pdf”,宽度= 8,高度= 6)

#####测试每个FBD参数的每个时间段之间的显著差异
t3（第三节）.3 <- FBD_测试2（后3p_long）

###导出所有测试的输出表
写入.csv（t3.3,文件= “FBD_Tests2_Sign.csv”)

##成对t检验
#输出为单独的表
t3（第三节）.3$t测试

#OR作为单个合并表
立方公里.3一<- 旋转（t3.3$t测试$网络专用，
t3（第三节）.3$t测试$相对灭绝，
t3（第三节）.3$t测试$相对分类，
               品牌名称= 错误的)

立方公里.3一

##Mann-Whitney测试（如果步骤4中的测试未通过假设，则使用）
#输出为单独的表格
t3（第三节）.3$mwu_测试

#OR作为单个合并表
立方公里.3b条<- 旋转（t3.3$mwu_测试$网络规范，
t3.3$mwu_测试$相对灭绝，
t3.3$mwu_测试$相对石化，
               品牌名称= 错误的)

立方公里.3b条

后面的<- system.file（系统文件）(“外部数据”,“Penguins_log.log”,包装= “EvoPhylo”)
后面的<- 可读表格（后部，收割台= 真的)

##显示合并日志文件的前10行
头（后部，5)

##使用FBD_Reshape将导入的组合日志文件从宽改为长
后_长<- FBD_重塑（后部，变量= 无效的,日志类型= “野兽2”)

##按时间段汇总参数并进行分析
t3（第三节）.1 <- FBD_摘要（后_长）
t3（第三节）.1

##导出表格
写入.csv（t3.1,文件= “FBD_summary_BEAST2.csv”)

##使用
##核密度图
FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后_长，参数= “多样化费率FBD”,
              类型= “密度”,堆栈= 错误的)

##使用
##小提琴情节
FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后_长，参数= “多样化比率FBD”,
              类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “红色”)

##用提琴图按时间段绘制所有FBD参数的分布
第1页<- FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后_长，参数= “多样化比率FBD”,
                    类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “红色”)
第2页<- FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后_长，参数= “周转FBD”,
                    类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “青色3”)
第3页<- FBD_dens_plot（FBD_dens_plot）（后_长，参数= “采样比例FBD”,
                    类型= “小提琴”,堆栈= 错误的,颜色= “绿色3”)

图书馆（拼凑）
第1页+第2页+第3页+ 绘图_布局(nrow公司= 1)

##将绘图保存为PDF格式的工作目录
ggplot2::ggsave公司(“Plot_regs.pdf”,宽度= 12,高度= 4)