BinMat:处理从片段分析中获得的二进制数据(例如AFLP、ISSR和RFLP)

处理片段分析二进制数据的分子遗传学工具。它合并复制样本对,输出摘要统计信息,并生成层次聚类树和nMDS图。此软件包是根据以下出版物开发的:<https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1049964420306538>. 此软件包的GUI版本可在R Shiny在线服务器上获得,网址为:<https://clarkevanstenderen.shinyapps.io/BINMAT/>或者可以通过GitHub在R中的控制台中键入:shin::runGitHup(“BinMat”,“clarkevanstenderen”)来访问它。软件包附带了两个真实世界的数据集:来自Tewes等人(2017)的Bunias orientalis样本的AFLP数据集<https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1365-2745.12869>以及来自Reid等人(2021)的睡莲标本ISSR数据集<https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304377021000218> . 感谢这些出版物的作者允许使用他们的数据。

版本: 0.1.5
取决于: R(≥3.0)
进口: pvclust(群集)(≥ 2.0),MASS(质量)(≥7.3)、统计(≥3.4.0)、图形(≥3.4.0.)、基础(≥3.4.0-)、,ggpubr公司(≥ 0.4.0),易怒的(≥3.1.4)
建议: 针织物,rmarkdown公司
出版: 2022-03-06
内政部: 10.32614/CRAN.包装。BinMat公司
作者: 克拉克·范·斯坦登ORCID标识[aut,cre]
维护人员: 克拉克·范·斯坦德伦(Clarke van Steenderen)<vsteenderen at gmail.com>
许可证: GPL-3型
需要编译:
CRAN检查: BinMat结果

文档:

参考手册: 宾马.pdf
渐晕图: BinMat公司

下载内容:

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macOS二进制文件: r释放(arm64):箱子材料_0.1.5.tgz,r-oldrel(arm64):箱子材料_0.1.5.tgz,r-release(x86_64):箱子材料_0.1.5.tgz,r-oldrel(x86_64):箱子材料_0.1.5.tgz
旧来源: BinMat存档

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