BClustLonG:一个纵向聚类的Dirichlet过程混合模型基因表达数据

已经提出了许多聚类方法,但它们大多不能用于纵向基因表达数据。“BClustLonG”是一个软件包,允许我们对纵向基因表达数据。它采用线性混合效应框架对基因随时间的轨迹进行建模,而聚类是联合的根据从所有基因获得的回归系数进行。为了解释基因之间的相关性并缓解高维挑战,采用因子分析模型回归系数。Dirichlet过程先验分布用于回归系数的平均值以诱导聚类。此包允许用户指定用于集群的变量(截距或斜率或两者)以及是否需要因子分析模型。有关该方法的更多详细信息,请参阅Jiehuan Sun等人(2017)<数字对象标识代码:10.1002/sim.7374>.

版本: 0.1.3
取决于: R(≥3.4.0),MASS(质量)(≥ 7.3-47),lme4公司(≥ 1.1-13),麦克洛斯特(≥1.0)
进口: 卢比(≥ 0.12.7)
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司
建议: 针织物,晶格
出版: 2020-05-07
内政部: 10.32614/CRAN.包装。BClustLonG集团
作者: 孙杰寰[aut,cre],何塞·D·赫拉佐·马亚[aut],纳夫塔利·卡明斯基[aut].赵宏宇[aut],约书亚·L·沃伦[aut',
维护人员: 孙捷焕<gmail.com>
许可证: GPL-2型
需要编译:
在视图中: 组学
CRAN检查: BClustLongG结果

文档:

参考手册: BClustLonG.pdf
渐晕图: BClustLonG集团

下载内容:

包源: B集群龙G_0.1.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:BClustLonG_0.1.3.zip系列,r版本:BClustLonG_0.1.3.zip系列,r-oldrel:BClustLonG_0.1.3.zip系列
macOS二进制文件: r释放(arm64):B集群龙G_0.1.3.tgz,r-oldrel(arm64):B集群龙G_0.1.3.tgz,r-版本(x86_64):B集群龙G_0.1.3.tgz,r-oldrel(x86_64):B集群龙G_0.1.3.tgz
旧来源: BClustLongG存档

链接:

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