基于PhyloP的保护

描述

基于Multiz比对的PhyloP基守恒得分共有46种脊椎动物。本系列包括两个SGA文件，一个用于所有脊椎动物，一种仅用于胎盘哺乳动物。

来源

从UCSC基因组浏览器数据库下载的文件：

样品

来自H.sapiens（2009年2月GRCh37/hg19）。
文件名 描述 功能 地理标识
1 藻门_vert.sga PhyloP脊椎动物46路（得分>=2） PhyloP公司 -
2 藻_胎盘.sga PhyloP胎盘哺乳动物46路（得分>=2） PhyloP公司 -

技术说明

源文件采用WIG fixedStep格式。转换为SGA使用一个特别的Perl脚本。为了合理保存SGA文件只考虑phyloP得分≥2的紧凑型体位。原件phyloP分数反映在SGA文件的计数（第5）字段中。真实的phyloP评分值首先减少1然后向下舍入到最接近的整数：

计数=int（phyoP_score-1）
UCSC还为灵长类提供phyloP文件。那些没有转换为SGA文件，因为它们主要包含反映加速的负值进化而非保护。

工具书类

  1. Pollard KS、Hubisz MJ、Siepel A。
    哺乳动物系统发育的非中性替代率检测基因组研究，2010年1月；20(1):110-21. PMID：19858363