开放目标项目将来自欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI），的威康桑格研究所,葛兰素史克,赛诺菲-安万特、和百时美施贵宝已经建立了一个新的框架，以评估蛋白质水解靶向嵌合体（PROTACs）是否可以靶向人类蛋白质。
这项研究发表在期刊上自然评论药物发现.
开发细胞机器
PROTACs是一类新的药物，利用细胞自身的机制去除特定的疾病相关蛋白。
安德鲁·利奇解释说：“加速蛋白质降解可能是治疗疾病和探索生物学的有效方法，过去几年来，这一概念在工业界和学术界都得到了越来越多的关注。”，EMBL-EBI行业合作主管和化学生物学主管.
Melanie Schneider补充道：“发现和开发一般的分子降解剂，特别是作为新药物形式的PROTAC，这是一个自然而及时的话题，我们可以将其作为开放目标的一部分来考虑。”，Leach团队中的蛋白质计算科学家，他领导了这项研究。
“PROTACtable”蛋白质
尽管已经开发了越来越多的PROTAC，包括目前正在临床试验的少数，但还没有系统评估使用这种方法可以针对哪些蛋白质。
细胞有一个内置的机制来破坏已经失效的蛋白质，首先通过附着泛素分子来标记蛋白质以进行破坏。然后，泛素标签被识别，被标记的蛋白质被细胞的蛋白酶体破坏。PROTACs旨在加速特定蛋白质的这一过程，并可应用于多种疾病。
利用他们的工作流程，该团队分析了整个人类蛋白质组，并确定了1000多个“可PROTAC”蛋白质，其中许多目前尚未被其他类型的治疗药物所针对。
该团队的工作流程基于葛兰素史克公司的一个团队开发的一种方法，随后进行了扩展，现在集成在开放目标平台使用公开可用的数据源，根据蛋白质的序列、其在细胞中的位置和自然周转率，以及已发表的文献证据，评估是否可以使用PROTAC靶向蛋白质。该框架将帮助药物发现科学家衡量他们感兴趣的蛋白质的可编程性，并相应地优先考虑他们的研究。
Leach和Schneider解释道：“实验数据的解释并不总是简单明了的，可能会因手头的特定项目而有所不同。”。“因此，我们的目标是提供尽可能多的数据，并就如何使用和解释这些信息提供明确的指导，为用户根据他们的具体项目目标调整我们的工作和数据留出空间。”
Open Targets平台数据团队目前正致力于将该框架集成到平台中，以补充现有的蛋白质可处理性评估。关于他们未来的研究计划，施耐德评论道：“PROTAC（以及一般的降解剂）正在迅速发展，因此下一步显而易见的是，随着PROTAC作为一种药物形式的更多数据可用，将完善和更新管道。”
引用
Schneider，M.、Radoux，C.J.、Hercules，A。等。可编程基因组。Nat Rev药物迪斯科(2021).https://doi.org/10.1038/s41573-021-00245-x
