今年夏天，Jason Menkiti加入了Open Targets团队，通过 英国健康数据研究和10000名黑人实习生计划 旨在通过数据研究为STEM学生和毕业生提供与改善医疗保健相关的经验。
杰森最近毕业于华威大学计算机科学硕士。 他在Open Targets的项目探索了四种癌症资源的数据，以了解它们是否以及如何整合到 开放目标平台 我们和他聊了聊他的工作以及他在Open Targets的经历。
你的项目涉及什么？ Open Targets Platform团队正在研究癌症数据，这些数据将为癌症类型带来新的靶向疾病关联。 我的项目探索了四个平台- NCI的分子靶点平台 （中期计划）， 癌症变异的临床解释 , OncoKB公司 、和 cBioPortal公司 -将其数据与平台上已有的数据进行比较，确定整合数据所需的步骤，并研究显示目标-疾病关联的新方法，以促进目标的识别和优先排序。 总体目标是改进肿瘤学中药物成功发现的过程。
你最大的挑战是什么？ 使用这种大小的数据集的一个挑战是，很难检查您是否执行了正确的步骤，因为一旦获得结果，就无法逐项检查并再次检查您的工作。因此，您必须考虑代码的逻辑，并确保它正在做您想做的事情。 数据集成和协调所涉及的工作量之大也给我留下了深刻印象。
例如，我必须做大量工作，将不同平台的疾病术语映射到OpenTargets平台使用的本体。 就分子靶点平台而言，有许多术语没有准确映射或在 实验因素本体（EFO） 。我的项目是与 样本、表型和本体团队 因为他们希望改善EFO中与儿童癌症相关的术语。 我项目的成果之一是在EFO中添加了12个新术语，这将有助于将MTP的数据集成到Open Targets平台中。
你对开放目标的体验如何？ 接下来你会做什么？ 我真的很喜欢团队中的开放和协作精神。 当有我觉得有趣的讨论或话题时，我能够把人们拉到一边，和他们聊一聊； 人们有时间和精力与你交谈，给你指点迷津。
我知道我想在计算机科学、健康和医学的交叉领域工作，所以这次实习对我来说是一个很好的机会，让我了解如何将这两个领域结合起来。 我以前没有听说过这个平台，但通过这个项目，我很快了解了它是如何工作的，以及它的不同用例。看到我的项目如何适应组织更广泛的目标也很有趣； 我可以看到我的项目是如何帮助平台进一步工作的。 我很享受这次经历，我正在申请这方面的其他工作。
